DreINT0063365 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061108 | ep300b
Description
E1A binding protein p300 b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080403-15]
Coordinates
chr3:24879097-24884715:-
Coord C1 exon
chr3:24884627-24884715
Coord A exon
chr3:24879178-24884626
Coord C2 exon
chr3:24879097-24879177
Length
5449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
TATGGGCTTCTTGCTGACAGGTA
3' ss Score
8.43
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGAGTTTTCTCCTCAAACTCTGTGCTGCTATGGCAAACAGCTGTGTACCATCCCCCGAGATGCTGCGTACTTCAGTTACCAGAACAG
Seq A exon
GTCAGTATTAAACGCATTCACACGCCTGAATACTACACACCACAGCCACTAAAACATGCAGCCATCAGTCATACGAGAATAAAATGAGGTCTATATTATGCACACAGACAGAAGCGAGTTATTATATTCAAAAGGAATGGCTTTGTGAATGGTCAGTGTGGCCTGATGGGTAATTGCCTGATCTCATCACATTATTGCATTTCAGCTTAAAATCAATTTCACGTTGCCTGGCAGCATTCAAGGGATTGTTCACCCAAAAATTCAAATGTACTCACCCTTCATTTGAACCAAACCTGTTTGAGTTTCTTTCTTTTGTTATTGGATAGCTAAAGCCTTTGACTTCCATAACCAAAAAAGATACAATGGAAGTCAGTGGCTTCTTGTTTCCAACATTCTTCAAAATATCTTCTTTTGTGTTCAAGAAAAAAAAGAAACGCAAAGGTTTGAAGCACTTGAGGGTGAGTAATAGGGATGGGTTTATCTTATTAGAGGCCAACAATATCAGTTTTTCTCTGGTCTATGTTGATGTTTTTTTTTTAATAGTAGCAATATATACAGTACAATGGTTTCATATTTACAAACTATAAAGTAACAGAACACAATACTAAAACAAAAGTTTTATTAAATAAAATATATGAAAATAACTGTAACAATAAAACCATAAAATAAATAATATCAATAACTAAATATACATAGGTCAGAGAGGGTTGAATCTTTATTTATTCGCTCAACTTTAGTTTAGTTATTATCAGCTTTAAAGTCCTGATCTAAAAAGAGGATGGGAAGTGCAATGGGTTGTAAATTGAAAAATGTTTGTTTTGTGGATGGGAATAAAGCAGTAATATTTTTCATATTTCTACAAAGATTGGATGTAACAGCCTAATGTATTCAGTCCACTTGGTTGTTTCCAGTTGCTGTTTCAGATAAGAATATAGTTATATAGTTGGGATATAGTTATAATTCTTATTTGTTCAAATCTAACATAAATCAGACCTCATAGTTTTTTTTTGCGATTTGGCAATCACTGAATTCAACGAAAAACAAACAAACATCAACAAAAAGTTAATTTTTTTATTTATTTTTTGTGATCTTGCAAGTTTGTTTTATTTAAAATCAAAAAAATTGCAAAAATGTAAATAATTCCATAAAACACCCATGGATTAATCATATATTTTATGATTTGTGTCATTGTCATTATGCCAGATTGAACACCTAACATTGTAGGCTTCCTAATATGGTAAATAAGATGCATAAATATATATACATATTTTTTAATTTATATATATATTTTTTATCACAAAATTAATTACCACAACTAAATCATTGTTATCGGAAAAAAAAAATCACAAAAGTAATAGCCTGAAAAACTAGGGGGTCTGATAAATGCTGCACTGGAGCAGGGCAATTAATATTGCAGAAAAATCTCATGTACACGTCTGAACCCTCTTTTCCTGATGATTGCTGAATGCTCCACTAGCAGGCCAGTCATTTCATTTGTTTGCTTTCCATTTTCCTTAAAAATGTCTGCCTGAGTCTCGGGGCTTGGTGATCTGTTATGTACTTTTATCATGTTTATTCAAGTTATTGGCAGTTTATTCAGTAAAGACAGCAGCCCTCGATCTGTATAAATTAGCAACCACAAATAAGGGGTTCATTTAAAAATTGCAGAGTGCCACGGAAAATTTTTTGGCAAGTTTAAAAAGACTGGGAACCACTGCATTAGACTTAAGTGTAATCAAAATAGCAAAAATATCCAAACAGGCACAAGGGTGCAGCACAGAACTGACAATACTAATAAATAAGGATATCAAATCTGAGGCAGCACATGAGTTGCTCCATCCCAGACTCTAAGGGACAGAGATTTTCTCTACAGTAACTGAATCGATAACGTTGAAGCTATTTTATACAATGCAGGCTACTATAATAAAGGAAAGATAATACTTTTCTCTAAAGATACAGGAGAGAGGTGAATCATCACTGATATTGCAGTAAATATTGTCATACCGTTATTAGTCCGTATCTTTATCACTAGTTTGAAAATAGTGAGTCAATGTGTATTTTTTTGGGTGAACTATGCCTTTAATATCCCTGCTGTGAAGAACACTTTAGGCCACTTCACTGACTGACATCTTCATTGTACACTTTGTGTTTGTGTGTGAAAAACCTCAGGTGAGTATTTTTAAAGTGTGAAAGTGTAAATGCTGTGAGCACATCAGGGTGTTGATGAATTTCAGGCCTGTTGATTTGACTTTCGGTGGCACAACAGACCACATTTCACATCTCTGCTCTTTCACTGATTTTAAACAGCCATTTTAAAGAGGGTCTGCTTCTTTTGATTAATTGTTTTTTTAATACTGATGTTCTTCCGATTAACTTCATTTGACAGTATTTGTAGTGATGACCTCAGTTGGCAGCTTCGAATTTGAAATGACCAAGTGCTCACGATGGGAAGGAAGCATCGTAACTGTTGCATCGCTCTTGAAATCACTGGCAGTTTGTAACGTTTCATCATCTTAGTCTTCAGCAGCCGATGTGAAATCAAGTTTGCTCTTAGTCTCTTTCTCTAGAGAATCAGAGGTTTTGGAACAAACAGACTTGGGTTATGCTCATAATTTTGTATACCTTAGATTTAAATGTGTTCTTAGCTAAAAGATACATACATTAAAACATATCATTTAATTTCAAGTCTCATTTTAGAACCCTTTTTTGTGATTTATTTCATGATTGTTGTTTTACTCTTATATTATAAAATTTTATAATCCAAATAATGAAAAAAATAGATTAAATTTTTGACTTATTTAACAAATATGTAACTCTATTATGTGATAAATTATTGTTGAATTTCTTTTTTTCCATCAAGTGTTTACATAAAATCTGTTTGGTTTTGTAAAATTTGAATCGTGCTTCATTTACTTTATGCAAACAATCTTTTTTGTATTGAACTTGTGAGCTGAATTTGTGTAGTGCAACGCACTGTGATTCACTCAAAGTACAGACAAACTGTAACATTCAAATTTCTAGAAAAATTGGTATAGTCTTCTTTCACAAACGTTCCTGCTGCCAACTGGACTAACTGCCCCTCTATCCCACATGTGGTTCTCGAGACCCTCTTTAAAATGGCTTGAAAGGATGATGGGTCTCTGTTGTTCACTCAGTTCATTATTGTCTCTCGCTCCTCTGGACGTCTCTGTTGTTTTCAGAGCTCAGAGGATGCGAGGGAGAGCATCTGTGCTTTGCCTCAGCTTCCTACTCACTCTTTTGGTTTAGTTTCATTAGTGATGCACCGATCTTGAGTTTTCATGTCTGATTCCGATTGCCATTTTTGTTTTTCACTAGCAATTATTTTACTCGGTTAAAAAAATAATGTAAAGGATTTGGTTGTAAAAATTCAATGTCAAGTAAAACGCACTGGTAAATTTGAAATTGCCACATGAAACAAAACAAATACAGTAGACATCTTTAATAAAATGTAAAATTTTCATAAAATGCTACATGAAACATTTGTTAAAAAACAAAACAGTAGACAGGATAAATATACATGCAAATTCACTGTCTGGCTTAGGTCACTCATAAATGAGAATTGGGTTATTAATTACTTGCCCTCATGCTGTTCCAAACCCCGAGACCTCCATTTGTCTTCAGAGCACAAATTATAAAAATCGGAGAGCTTCCTCATCCTCCCTAGTAAGGTTGCAAACTCATTCAAGTCCAGAGAAATATCAGAAATAATACTCAAAACAGACAATATACCTGTAGTGGTTCAATCATAGAGAGACATGCATAATCACTCTTGTAAAAGGCGCACAATATACTGACACTGAAGAGAAAAAAACTTGAATTGATGTTATTTTTGTTTTGTGTCCACAAAAGTATTTGTTTTGCTTCAAAACATTACAATTGAACCACTGAAAACACGCAGACTGTTATACACCGGGTTCTTATTGCAGTTTATCATCATGGAATAAAGAGTCACTAAATAACAGGACAAAAATTATATTCTGTGGACTAGGGTTGCATGGTTTACCAGTACTATGGTAGTATCATGATACCATGGCTCCAAAATACTGGCAGTGCCACTGTAGTTTGTAAACGTCGTTAACAATCCATCTACAATAGATAATGTTGCATGTGGAAAAGTCACTAAAACGCTCACGCTTTTGCAACAATAGACCATTTTATTTTAATAGTCGGTGGAGCCCTTTAAGGTTGCAAAACTGTAGAATTTGCGCATTTTGTGCTAGACTATTGCACGTTTTCTAATGCTTCAGTTCAGATGCACATCTGAATCAGATAATTCCGTTCCTGTCAATATGATTTAGTAGCTACAACAACCACAACAATCTCTTAAAAAGAACGACTCACAAAAATTTTGAATTGCTTTGGATTGTTACCTGAGAAGACTGAAAGAAAAAAAAACAACAGATGAAAAACCAGCTGTAAAATCAGCTGCACTGAAGATTAATATGAAATCCATATGAAATTACCATCAGAACTTTTCTAAAGACAGTAAAGATATTCCAGTTCCAGTTTTTGTAGCTTTACGATCGGTCTGATGGTGAATTTCTTTTTCTAATGCACCTATAATCCACACATAAGATCAAATCAACTGATTCACAGATATATGGAATGAAGCCCATGTTGTAGATTAAGAATAGAGGTTTACTTTTTAGATAGATTGGTTTAGAAAGCTTATCAAAAATACAGCTTTTCTTTATTTTTCTTAATAACATAAGAGTACAAGTGATCGCCTAAACGTGATCAATAATGAGAAATGTCATTTTATTTAGTGTTGAAACATCATCAAATTTAGGAAGTATGAAAAGTAAGTCATGCAGAAAGTCTTGTTTTTTCATGTTTATTCGGCTATACTCATGTCCAGTTCAGTGTGTCTCAGTTTGCACACTTTATCCAATAAAATAAATGTTTTGTATGCGACAAACAGCATAAAAACACTTGGAACAAAAATGGTCAGTTTCCAAATTGTGTCCGGTGGATCGGTGCATCTCTAGTTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCTCCTCCTCCTTCATCCGCCTCACCCCTCCACCTGTCCAACACGTAGCTCTTTGTCCCTCATAACGGTTTTGTTCCTCACACTTTGTTAAAATATTCATTCTGCCCTCCTCCTCCCCCCTCTTCCCTCTCTCTCCCTCCTTGTTTTTAACGCTTGTGATGTCTGCATTGGCCTGCTTTGATGTGACCAATCATCCGCTCCGAAATTTACACGCAACCAATCAATCAATGTGCCCACACAAAATCCCCGCTTCATGATTGGCTGCTCCCCGGCGACGACCCTGCCTTCTGCTGTGTGTGCCTTCTGTCCGCTGGCCTGCCCTGCCCTGATTGGTGGCTGCTTCCACGTGCCCTCACTGTGATTGGCTGTGCTCTTGGCGAACGGTCTAGTTCACCCAAATATGGGCTTCTTGCTGACAG
Seq C2 exon
GTACCACTTCTGTGAGAAGTGTTTCAACGAAATCCAGGGGGAGAATGTGTCCCTGGGGGACGACCCAACCCAGCCACAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061108:ENSDART00000156459:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.357
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF060018=DUF902=PD(66.7=93.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]