DreINT0067829 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099139 | fbxw5
Description
F-box and WD repeat domain containing 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2571]
Coordinates
chr5:53811288-53818580:-
Coord C1 exon
chr5:53818368-53818580
Coord A exon
chr5:53814170-53818367
Coord C2 exon
chr5:53811288-53814169
Length
4198 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TAGTGTCATTGTGTGTGCAGTGG
3' ss Score
3.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACTTGTACGTGAACAGTCGAGCATGGCCAGCAGGCTGTGTGATCTCGGACCCCATGTCCCCTCCACCAATCGCAGAGGAGATAGACCTGCATGTGATTGATCTTAAGAGTCTGAGGGAGGAGCGCCGCAGCCTTCGAGCTCACCGGGCCTTCACACCAAATGATGAGTGTTTCTTTATCTTCCTCGATGTCAGCAGAGACTTTGTCGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGTGCAGAGGACAAGCACGGTTACATATGGGACAGACACTACAATATCTGCCTAGCGCGCCTGCAACACGATGACGTGGTCAACTCAGTGGCCTTCAGTCCAGCAGACCAGGAGCTGCTGCTTTCTGCCAGCGATGACTCCACCATCAAAGTGTGGCGGTCACCGCGCATGGTGCGCCTCAGCCAGGCCCCCCGACCCCCATCTCGCGCTCACAAACTGCTTTCCTCCTTGCTCGGCCACAGAAGTATTAACGTAAACGGTAAGCCCTGACCATCACACCGGCGCATTTATAACAAAACCCTAGAGACTGACACTCCGTGAGCAGAGAAGGTCATGTGTGAGGTCAAGAAATTGAGGATGGGGAGGAGGAAGATGCTTAGTGGCACTATTAAAGAATGTACTGTGATCTACCAGATCCCTGAAAGATGAATTGAGAATCAGTTTTTTTATTAAACGTCACCACAAATGGATAAAAACATGGAAGGTGAACATCAATGGGATGCGACTCCAAGAGCAAAGAAACAAGAATATAAAGAAAGATATTAAGGGAAAACTATTGTTTACACTGCAGAAAATGCTTTTCTGACTGATTTTTTTTGTCTTGTTGATGTCCAAATATAAAAAAAATATTAAATCAAGAATAATTGTCAAGACAAGCAAAACATATTGTCTTGTTTTAAGAAATAATATGCTAAAATGAAGTGAGTTTGTCCCTAAAACAAGCAAAATAATCTGCCAAAGGAGTAAGCAAATTAATATTATATCAAAAGGAAAAACAATAATATTTTGCTTACCCCATTGGCAGATTATTTTGCTTGTTTTAAGGAAAAACTCACTTAATATTGGCATATTATTTCTCAAAACAAGACATTATGTTTTGCTTACCTATAAAATGCTTCTTGATATAAGAATTTTTAGTTATTTGGACTAGAAACAAAACAAAAACTCTTTTTTTGCAGTGTATTTGATATATTATGTTTCATTTTATAACTCCCTTAGAGTTACAGTTGATTTTAAATCAATTCAGCTGATTCTGGATCTGGTGGGAGCCCTTTTACCTCAGCTTAGCATAAATAATTGAATGAGATTAGACTGTTAGTGTCTTACACAAAAATGACATTTAAATTGATCCTCTGTTGTTATATTGTGTACTGAGGCTAACGGAAAATGAGAAGTTGATATCTTCTTGGCCAGTTTAGCTATTCTCTCTTTAGGAAATTTGCTCTATAGTTTCTACCCATATCCACCTAGAAAACAACAACTTTTCTTATTAATAATAGAATAGTCGAGCTTCAAAAAAAAATATTGATGATTTTCCAGCAAGATGCTAACGGTCTAATCTGATTCGATGTTCTAAGCTAAGCTAAACATGTTCCACACCAGACCGGAGATCAGCTGAATGGATTCAATAATGGCAAAACTCTAGGAGAGCTGTAAAAGGAGCCATAATATAATAAAAGAATAGTTTCCAAAATAGAGCGTTCCTTTAAGGTTATTTTCACACGTGTGCAGTTGTTAAAACTAGTTAACTGTTTTGATTGCGTGAGCATGACTGCACATTTTTAACATTTATTTTTTCTCAGCGCCTTGTTTAATATGTGTTAATAAAATACTTGATGGTCTGAAGAACAAGAATGTGATCAAATCATTCAAATATTCACTAATGGAAAACAAACCTACAGAGGAACAATGATGTGTCATAGCTTTGGTTCAGTTTGACAAGCTACAGAATGACAATGCAAGTGTTTACATCCGAGGTTTTCCAACTATGCCTTTATTAATGAAATGAGTTGTGTATTTTGGCATACAGGTAATATATTGACAATTCCAAAAACAGTAAAAGCCTACTTGTTGAACATTTAGTCATTGTCTGCTTCATACAATCACTTTGTTTTAACAATGCACTGTTGCTGTGCTTCTGTTATGGTGGCAGGGTTTTTTTTATATTTAAAGGGATAGTTCAGCCAGTCGTTATTTATTCTCCCCCTTGTGGTTTTAAACCATGGCGTTGAACACAAAAGTAGACATTTATTGTCTTCTTTTGTGTTAAGAAGAAAGAATAGGCTTTTAAAAAGTGAAGGGTGACAATATTTGCAGTTTGGATTGTCAAAACCACCAAAAACCAGAAGAAAAGCTCTGGTTGACTGTACACTATTTCCTTCTCCATGATCAATTTTATTATACAACCTAATGTAGCTGTTACTGAACACAAAATATCAGGCATGTTTAAAGGGATAGTTCATCCAAAAATAAAAATGAACCCACTGTTTCATCCGAGAAAGCTGAAAACCTGTAGCCATTGACTTTCGTAGTAGGGTAAAACAGATACAATGGAAGTCGATGGTTACAGGTTTCCAGCTTTCTTCAAAGTATCTTTATTTGTGTTCAACTGTAGGAAAAAATGGAGCAAGTTAACAGTGAGTAAAGGATGATTTCAAAAGAATTGAACGTTTTTGGTGAACTAACCCTTTAGCTCACACTGTTTACCAGCCGTAAATATTCAGCAAAGGTGCTCTTCAAAGGTTGTTATCTCTGATGTCATGAAATGCGCCCCCATATATGAAGCTCATCTGTATACTGGTCAATCTGTTACTCGTGTGTAAGTGTGTTTTTGTAATGGCTGCGTCCGATTTATTATTGATTTCAATTTGGTTGCTTAATTTATGTCTGATCATTGGAATAATTCAGTTAATGTTTAGTTTCCTGCATTTGTCTGTGCGGTTGTAAGTACATCAGTTTTGCTTCAATGAACCTGGTTCTCTGTTTGAGCTTGTGAATCGGATTTTCCCAGCCGACCTTTGCTTGTTCGGCATCGTTAGATTTTGTAGAATTGTGAAATGTGTAAAATTGATTTGATCTATTAAACACTTTTCTTTTATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099139:ENSDART00000165719:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.033
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0040027=WD40=WD(100=40.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]