DreINT0068670 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001734 | fkbp8
Description
FK506 binding protein 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1849]
Coordinates
chr22:20910282-20915253:-
Coord C1 exon
chr22:20915033-20915253
Coord A exon
chr22:20910455-20915032
Coord C2 exon
chr22:20910282-20910454
Length
4578 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TAATATTTTTTTTTACCCAGTGG
3' ss Score
5.56
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGCTCCTGCTGTTCCTCCTGATGCTGATCTCCTCCTGGAGGTGCAGCTGTTGTCTGCTGATGAAGCCCTGGACCTGGAGCTCATGCCACCGTCTGAGAGGATCATTCTGGCCAACAGGAAGCGAGAGAGAGGAAACGTCCACTACCAGCGCGCCGACTATGCCTTTGCTGTCAACTCGTACGGAATTGCGCTACAGATAACTGAAGCAAGTTCGAGAG
Seq A exon
GTAATGCTCCTTAAAGTCCATGTAAATCGGAAGTTGCTGAGACTTTTATTTCAGTGTGTTGATGTACTGTAACGGAATATTGATTAAGGGGCGGGGCTTTCTTTTTGGTCTTCATTTCCTTATAGCAAACTAACGGTAAAGAATATTGTAGGTAAAACGGTCAAACTGATGTTAGAAGTAAAAAGAGTCACTCGAAACGCAGATGCTTTAATTAAAAACTTTGATTGAAGATTACTAAAACAAACTTTTTTTAAGTGGATTAACTTTACGGAATAATAGTTCACCTAAAGAATAATAATGTGCGGTAGCCAAATAAACATTGTTCATTTTGATAGACTTAAGGGTATCGATTTAGGTGACCCGTTTGGTTTGATTAGACTCTTATTCACAAGCTCTCGATTTGTTTTCCTTTTAATTGAATACATTATTAATAGAAATGCTGTTGATATTCATTAAAAAAAAATCAGTAAACACTATTTCAGGTAAGCAATTAATGCCTAGTTCAGACTGTGTGATTTTAGCCCCGATTTTAGCTCGCCGACAGGTTTTTTAGAAATCGCCGACAAATGCCTGAAATCACAGGCAAATCGCTGCTCGTGCACGTGAGTGACAATCACACAGTATGAACTATCAAAGACGCGATCTGAGAAAATCGCAGATGAGTCGCCGATGCCTGTGAGATATTTGGCATGCTAAATTTCTGGAGCTGTCGGCGATTCAAATCATGCTGTGTGAATTGAGTTTTGACAGAAAATAACATCAGCCATCGCCTACAGCCAATGAGAGAGCAGCTTTCACTTGTGTGTGCGTGTGTGTATACCTGCTGCAGGCCAGCGGGAGGCTGGGGGAGAAGTTAAAAGCGCTCTTTTTCGGTTTATTTGGACCCACGAAATGGAGGAAAAACTAGTGGAGCTTTGAAAGGACTCAGGAGCACCCGTGTCTGTTTGACGTTTCATACAGAAAAAATTAGTTTATTATTAACGTTGAGGAGAAATGGCTAATTCCCTTTAAACCGAGGTAAGCAAACATGTACATGTTCTACCCCATTAAAGCCTTCTTTCTCATTATGTAGTTAATAACAGAAGATATATGACATGTTTTTGGCTGTGAGACGTAGTTTGGACGAAGTTGTCGGCGATTCTTCCTATAGTAAAGTCATGCAATGTGAAAGTCCCTGTCGCCGATCCATCTTGCAGTGTAAACAAAGCAGCGACGAAACGCTAGCCCAGATAGTCATGCAGTGTGAAAACATCTGTGACACGACTACTTTGAAAATCATGCAGTCTGAACTCGGCATTAGACAATAATCAGACTTTGATTGAAGATTACCAAAACAAACCTTTCTTTTCAAGTGGATTTACTTGACAAATTAATAATTTACCTAAAGAAAATCCAGCAAAAAATGACTTAATCGTATCGATTCAGATGACCCCTTTGATTTGATTCTGATTCGCAAGCTTTGTATTCAATGAGTACATTTTAAATACTAATGCTGCTGATATTCATAACAATTATCAGTTAACACTTTATTTCAGGTGCATGTGTAAATTAAAACAGAATTTCAGATGCATGAATTTTAGTCATAATATGAAATATAGAAGGGGTTTTCAAAGTCGGAGACAAGGAATTTTATTCTTTTTATTCATTTAACTTCGTATTTTGTAATTATTCTAAATAAAACACAGCAATGAAACATATTTAGTCAAGAGCAGTGAATGTTTTATTTGTATTTTGTTATTATTAATTAAAGGTAATATTATAACAGGCCTCGAAATCAACTTTTTTACTTCGTAGTGCCAGTGCTTCCAACTTCATATATTTAGGAGCACCAGAAAAAATTTAGGAGCACCCACGAAAAATGAGTGAGCACCACTGCATATTGTATTTTAAAAGATTTATTGTATTTGAAAACAACATCAATTAGGACTAACAAAAAAAAACAGAAACTGTCTAACTAATGCTGTGATTACTTATTAATATTTGTGCAATAACTTCTAAACGAATGAATGATGACGAAAATGACAATAATACTAGCAATGAATTACATTTCTCATTATCATGCTGTCTTGAATGTGCTTAAATGCAAGTTCTTTGCTATCAAAAGTCTGTTACATTATAAAAAATAAATATATGGATTGCATTTAACAAAAATAAAGCATTGCAGTAAGAAATATACAGTTTGCACTATTGTTTTAATATGCATCTCAATTTAATAAATAGTATTTCTGCAACAAAACAAATGAAAGACTATAATAAATCATTCAATTAAATGCTGAAATCTGCAACAGTTTTTTTGTTAGTAACTAAATAGAAAAATAAAAAAAACATCTCAAGAAAGAATGGACAAAAGAAAGGAAGAAAAGTTTCAGTTCTACCACTCTAAAGGTTTTGGTTTGGGTTTTTGTCATTTTAAATGCTCAGTCTCGTTTTGCACTGATTTATATTTTACTTGATTTATATCAAGTACTGATTTATATTTTATTTTACTGTTTACTTTTTTACTCTTCAGCCGTTTGCATTTCCCATGGTCACAAAAGCTCCCTAACATCTGACAGCAGAAAGCCTTGAGTGATTGACAGCTAATATGAACCAATATAGCGGCAGGGAAGAGCGATTCAGCATGTCTTTAGAAAAAATTCTAAACAGGTGACACTATACCCATTACATGCAGTCGCACAAATGCTCCCAAATATCTTATGAGGTCGCATAGATTAAATTTCAGGCGCATATGCAACGAAAATGCTCGCAATTTTGAGCCTTGTATTAATAACTGCATAATATAATAAACATAATAATTATTTATTAGAGATGCTCCACAACTAATATTCTGATCTGAAACTGAAAAATTCTGGGTGCACTTGGCTGAAAACCGAAACCAAAGATGCTTTGTAACATTCATTTATTCATTTTCTTTTCGACTTAGTCCCTTTGTTAATCTGGGGTCGCCACTGTGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAACACCGAACACATCCATACCCACTCATTCACACACCACCCTCATACACTATGGTCAATTTTAGCATACCCATTTCATCTATACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCAGAGGAAACCCACACGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGTCGAAGCTCGAACAAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGTACGTGCTACCCACTGCGTCATCTGCTTTGTAATAATGATTTATTATTTTATAATGTAATATAAAGTAGTTTTGTAAGATTCTAAATTTAACTTTCTATTATACTGATTCATAAAAACACAAGCCAATTAAATAACCCCATTTTATTAACAGTAAAATTGTATTGCCTGTGATTGAGAGGCGTCATTTTACAGTGTTGCCATGACAGCGCAGTGGCACTATTGCAAGCAGCAGGAGGAGCATGCAAAGAGAAATAAGCGTGTACATTGTGGCATATAAGGCTGTTTTGAACTTTGACCATGGTGTATGCGTAGTTGATGGAGCACTCCACTGTTCTTGGGCTTTCAACAGTGCAGCAACAAACCGCCCTTGTCTGATGCAAGCCATTGAAATGAATGGGTTTCAAAGTGCAGCATGGCATATTTTGCGGCTCATATTTTAAGCTGCTTTTCTCTCTCAGTGTTTATTTTAATGCCCAGCCCTACTCCTTAATACGTTGCCCATGTTGTTTATATCAAATTATTTTATACTATAAACTCTACTAAATTATACCCACTATATTATAGGTATTGAAAATGTGTATCTAGTTGACTCATGAAGTTCTGAGATGTGCAGTTATTTTCAGATAAACTCACAGCTAAAGTAGTTCCAGGCAGGTTTTGACCACAATACGGTCCCATATCACTACTCTGAACGATTTCAGTTATCTAACAATTTTTATTAATCTCTAAAGTCTCAATATTCAAAACAAAACAGAAGCCATTAGATTAGAAATGTAAGAAACTAGTCCTAAACACAGGAGAATTGTGAGGTCAAAACCTTACAGATGTTTTAATATGCCACATCGTCTTTAGGTGTGTTTTAACTGTAGTAGGCAAAATAATTAACAATTATGGAATCATTATGAGGGCGGCACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTATCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGTCCCGGCTGGGCTAGTTGTCATTCCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCGCACAGTCATTTGGTGAGCAAAATTGGCCATTCGGAGTGTGTGTGAATGTATGGGTGTTTCCCAGTGCTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCTCTGCGTAAAACATATACTGGAATAGTTGTCGGTTCATTCTGCTGTGTTGACCCCTGATAAATAAGGCACTAAGCCAAAGGAAACTGAAAAAAGGAATGAATTATTATTGTGACCACCTTGGATGTGCATTATAGTCTAATAATTCAGCTTGCTGTCAATTATTGCCTAGATAATTTATTGGTCACATCTGCAATCATATGCTAATATTTTTTTTTACCCAG
Seq C2 exon
TGGATATCAGTCAAGAAGAAGAGGAAGAACTTTTGGACATGAAGGTGAAATGTCTGAACAATATGGCGGCTGCTCAGCTTAAGCTTGACCACTATGAAGCCGCACTGCGCTCCTGCGTCTCTGTTCTGGCGCACCAGCCGGACAATGTCAAAGCCCTGTTCCGCAAAGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001734:ENSDART00000002029:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0025423=FKBP_C=PD(20.0=24.0),PF134141=TPR_11=PU(44.0=49.3)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(54.8=79.3),PF0051523=TPR_1=PU(23.5=13.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]