DreINT0069070 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012586 | fmnl2a
Description
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Coordinates
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Length
8801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CTGTGAAAATCAAGAAACCCATCAAGACGAAGTTCCGCATGCCCGTGTTCAATTGGGTGGCGCTGAAACCCAATCAGATCAATGGCACCGTCTTCAACGAGATCGACGATGAAAGAATACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012586:ENSDART00000016814:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.857 A=NA C2=0.021
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0218118=FH2=PU(10.4=90.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]