DreINT0069091 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075041 | fmnl2b
Description
formin-like 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-182]
Coordinates
chr6:13156754-13161928:-
Coord C1 exon
chr6:13161813-13161928
Coord A exon
chr6:13157892-13161812
Coord C2 exon
chr6:13156754-13157891
Length
3921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCTT
5' ss Score
4.72
3' ss Seq
AGTTGACCTGTTTTTCTCAGACC
3' ss Score
6.1
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGAAGACCGCCCCTTTTACCGCTCGATCAGCCAAACGCGGCTCGCGGTTCTTCTGTGATCCCGCTCTCTCCGAGGACTTCCATTACTAAACTAAACTCTGTCCCCTCAGAAAG
Seq A exon
GTGCTTTTATGTCCGTCTGTTCTTCGCTCGTCTTCTAGTCATTCCCTCCATTTCTTCATCTATATCTGTTTCTTCTTTATGTATTATTCACATTGGTAAGGGTGAATTTTCTACATGAAAATGCTTGCATCTCATTTTTCCATTTCACATTTCACAAGTCTAGTCACTGATTCCAAAAAAAATAATAATTCTCCCATTAAGAAGTTCTAATATGATTTCAAACGAAATGTGTGTCTTGATAACCACCTTCGGTATAATGTGACTTATAAGGATGCACCAATCAAATTATGACTCATATGATAACAGATTAATAAGCAATATCAAAACTATTTCATATTTTCTAAATAAATGTAATGTAAAATGTCAAAAATTAAAAGCAAAAATTCAACTATTCCATTTTTTCTAAGTAAATGTAATGCCTGTAACCCGGGGTGTGACACTGACAACCGAGGTGAGGGTCCACATGCAGGTTTATTAGAATCGTCAGGCAAGCAGTGGTCAAAACTGGGGTAAACAGATGTACGAGGGCAATCCAGAGTCAAAGTCAAATTAACAGGCAATAGGTCACAGGGGCAGGTAGCAAACAGGAGGAAACAAATAAACGCGGCAAAGGATCAAAACACGGCAAAGACAGACAAAGGAAACGCGTTTTAGTGTCACTGTAGCAGATAACAAGACTCAGCCATGGGAATGAGTGAGTGTGCTGTTTAAATAGTGTGTCTAATCAGTCTTTGACAATCCTCAGGTGGAGCGAGTGTAATCAGTCAGAATCTATAACATGTGTGTGAACAGAGTGCATGTATGAAGTTGTAGTCCATGAACTGGCTGATTTGTAGTTTGTATGAATGTGAATGTTTTCCAGCGACCTCTGGTGGTTAGAGATCGCTGGTGATCATGACAATGCCTCAACCTAATTTAGATTCTGCTATATGAATAATGGGTCACACTTTACAACTAGGTTTCATTAGTTTATGTATTTACTAAACTGAACTAATTATAAACGATACTTGTACAGCATTTATTAATCATAGTTCAACATTTTTTAATGCATTATTTACATCCAAATTCATGCTTGCGTTAACATTAGTTAATGCATCGTGAGTTAAAAGTGCAGTAGGTGCTAACCGCTTAGCATATTAGCTTTGGACGGCGGAGAGGTACTGTGATTCAAAGCCACGCCTCCTGAAATCACGAACGCCCCCACCGCGTCACTACAGCAGACAACCCACTAGTTCATGTCATCCGCCATTAGTTAGAGTTTGGCTAGCGGTGTGCAGGAATTACATTTATTACTAAGCCATACTTACATGCTATTTCAGAGCGAATATTCAGAGTAGCATGGTAAACAGTAAAGGAAGGCTGTCATTAAAATGAACCAATGTGAATATAAAAGCAACTTCAGCTTAATAAAGCAGCGGAATAGCGCTATTTACTGATGTTTTGTCGTTAAACTAAATAAAAATCTACATTATCAATGCTGTCAAGGGTCCCTTATAAAACTAAAAATAGTCACATCAATCTTTTGCTGGGAGATTTTACTGGCTGAACACGTCTGTGCATATACGCCATTCATAACACAACTCACTCTAACGTGAGCTTAGCCTGACAATAATAGTGTTAAAACAGAACATTACCTGTCTAACAGTAATACTTCAGCTATGGTGTCGTCCTTAATCCAGTATGCAAATGTAACTCCAATTTTGATTCAGGATTTTCAAAAGTTTCAATTCAGTATTTGATTGCTGACAGACAGTTTAAACTACTTATCGGAGTTATGGTAGATGTCGGCCCGGCAATATTTAATTGGATGAACATTTTTTAGTTTTATGCCTTACCCCGAATATAAAAATACATATAAACACATTTAGATCATTTACTTTAATTATTACTATTGGACTGTGAAGAGACTTTTAACCAGCACAACAAAAAATGTTTCTTAAGACTATCACCTACTTCAACGTACTAACAACCTTATTTTCATTAATTTGTAATAAATGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATCACTTAGCATTAACTAATACAGCCTTATTGTTACCGAAAAACAAATACTACATTTTAATTTGCTAAACATTACATTTCATAACAAGTCAAATCAGCGTTCTTGCCGCACAATGCCCCGTCACCTATGGTAAGCACTCGGTCCCCTAATATGATTTTAGCCACAAGGATTCAACACCACTGTGCCCTCATGCTGCTTAAACTTAAATTAACCAGATATTTTTTAAAACTATTTGGTAATTTTTTGATTATTCTAATTGGGTTATAAATGAGTAAAGTTATCAAAATTGCCCCAAAGTGCTGTATGTGCTATGTGCTCATTAGCATTGGAGATGATTGTACAAATAATTTAGCAATCTTTTCCTAAAAATAGGCTTAGTAAAGCATGTAAAATGACATGTTCAAATTATTTTTATATTAATGTCTTTTAATTCTAGTGTAAGCTATTTCAATTGTTTTAGAAAAGTTTATTTTTTTTCTTTTTCCTTTTTATTTTACAAAACTTCAGACAAAATATGTTTTCCTTCCTTGTTTTCATTACGTTTTTAAAAACTGTTAACTTTCATGGAGTGCTCAGGTTTGCATCTTTAAACAGTATCTAATTTGTTTCAAATGTAAAGTAGAAATCAACAATCTCAGCCATAGTTCACATGCAGAAGCCTCCTTTTTCTTACAAACAATGGTAATAACTTCTTGATTGTAGTAAAGATTGCAATATTAAATAAATGTGTTATGAAAGATAACCGTAATGCAAAGTAGGCAAATCGTGTTTGCACAATTTAAACTAATAAATTAATTGTTTGATAAAAAAATAAACATTTTGTTGTTGTTTTGCTTTAGATTGCAATTAGCATGTAATGATTGTTAAACAATACATTAACAATTACCATAAAAATTTATGTTTAAGTTTCCATTTTCAACCATCATATACAATCAACACAGGCTCATTGTGAAAACGTAGCCTTATATTCGGTCGGTTGGTCAGTCAGTAAGTCAGTCAGTCGACACCTGCCTCTGGTGGGTTTACTTGAGAATATCAGGCGTGAATGGCACTCGGGACAGATCTGAAAAAGCGTACACAACAGTCTCTGGTGGATTCGCAAAAACTGCAAAAAAAAAAAAGTAGCTCCTGGGATCTCTTTTGCTTTCTCCAGAAATATATATAGGTGTACATAATCAGAATGAGCCTGGGTTGCATGTTCAGTTGAAGTCAGAATTATTAGTCCCCCTCTGCATTTTTTTTATTATTTTTTAAATATTTCTTAAATTATGTTTAACAGAGCAAGGACATTTTCACAGAATGTCTAATAATATTTTTTCTTCTGGTAAAAGTCTTATTTGATTTATTTCGACTAAAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAAAGCCAATTTAAGGACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCAAAATTTTTTTTCCTATAGAACAAACCATCATTATACAATGAAATGCCTAAATACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATATCACTTGTATATGTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTCCTCCGAACAATCTGAAAATTCTTCTCTCCATTAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAACAGGGGGGCTAATAATTCAGGAAGGCTAATAATTCTGACTTGAACTGTGTATGGAGCTGTAATATTGTGCATCCCTACAAAACTGATCTAAAACTAACCCAACATCACACATTTGCCTGCTTCAGCCTCGCCTCATCATCATAATATCCGCAAGCCGACCCTTAAGTTGTTTTTCCACCAATAACAGTTGACCTGTTTTTCTCAG
Seq C2 exon
ACCTGCGCAACCAACCCTTCAGACGGGCTGATGCCCTCAGAAGGAGCGGGAGAAGAAACTTAGAGGTGCAGCACCTTCAGCTACGGACCGTGGAGATCAGCACATGCTAGCCACCATTGTTCAGCTTTTGAATCTACTGAAAACAACACACACAAACACACACACAAAAGCACACTTCAGACCAAGGATAGATGGAGAAATGTGACACGAACACTTCTGTTTACCTGGGATCTGGAATCTCGATTTAATGGACTGTTTTATGTTGGAGAGAACAATGAATATTGTGAATCCTACAAATGGACGATGAGCTAGCAAATGATTTAAGACATTTGGGTTTTATTTCCACGAAAGAGCAGAATGAGGTCTTGGATTTTGGCCTACTTGTGTCGTTTTACCACCGTTTTAAAGCTGCGGGTTTTTCTGAGGGGAAGAGTTACAAGATGCACTTTTATTTTTTATCTTTAAACATTGAACTCGGATCATCTCAACTGGACTTGTTTTCGTTTTTTTTTAAATGTGGATGAAGCTGGACTTGGTACTGTAATGCTATTGAGGTGCTTCTTTGCAGATTTAAACATGTTTACTACCAAGCATTCACTACCAGTGTGACATTGTACACATCTCATTTTAATAATCACAGACTTGCTCTCCTACCGGTTTTATCTCATGTGACGTTTGTGAGCTGTGAAAAAGAGTTTGCTGTTTTTTTTAAAAACAAAAATCAAAGACATTTCATTGGACAAAAAAAAAGGCTTTTTTTTAAATGTACAGATATTTTGCTACGAAATCGAGCCTCTTATTTTTTACATTGTTCATCCATTGTGGTGCTGTACATATTGTTGAAACGAACCGACCTGTCCTGCAATATCACTGGAATGTTATTGACTTTTTATGTTGTGTAGTTTGACAGTATTATTTAATTGGATGGTGAAGACGCTGAATCAACTTTCTCTGTGACCTGAATTGCTCTCTCTCATCACTGTTGTTGCATAATGGTAAATGTCTGTGGTTGCACGTAACACTTGAAAGCTTGAGCAGACACTAGTGGCACATTTAACGTTTTTCTACTTTGATCTCTTTAACTGGAATCAGTGGTTGTGTGCAAATAAAGCAATGACACCAGCACCGTTAAAAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075041:ENSDART00000151566:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.306
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]