HsaINT0065139 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157827 | FMNL2
Description
formin like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18267]
Coordinates
chr2:152640791-152649834:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:152647796-152649834
Length
6881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
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8.59
3' ss Seq
TGGCACTCTCCCCTTTACAGATC
3' ss Score
10.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157827:ENST00000288670:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.552 A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development