MmuINT0065121 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036053 | Fmnl2
Description
formin-like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918659]
Coordinates
chr2:53126853-53133804:+
Coord C1 exon
chr2:53126853-53126976
Coord A exon
chr2:53126977-53131839
Coord C2 exon
chr2:53131840-53133804
Length
4863 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TGGCATTTTTCTCCTTACAGATC
3' ss Score
11.45
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCTTAGAAACCAACCCTACAGACGAGCCGATGCGGTGAGACGAAGTGTGAGACGGCGCTTCGATGATCAGAACCTGCGTTCTGTTAATGGTGCCGAAATAACAATGTGACTGGAGACCACCTTCATGAGAGGGTGTCCAAGAAACTGCCATTCCAGCCTTCACTACAGATGAAATACTCTCAAGGGCTCAGATTTAACAAACACATAGGAATTTTAAAGTGATGGGTTCTCTTTTTAACCCCTGTTAACAAGTGCCTAAAATTGGAAGTAACTTGCTCAGATTAATCAAAGCAATAGGTTTGACTTAAATCTTTTTACATCAGTATGTTACTCAGTTTTTTAACCAAAATGTAAACTTCATATTAAATTCATTATTTGCCATTTTGATTGTCCATTGTGGCCCACCCTGATTTCCTGGTAATCTGTAAATAACGGATGTGTGTGCTATGGGTATCCTTTGCTGAGAGGTCTTCTAAGAAATTTTGTGTTCGAGCCATATTCACCAACTCCTAACAAGGGACTGGAAACGGGAGATGGAAGCTGGCATACAATTACATCCTTCTTTAGTCTCAGCAAAGTACAAGCAGGATGCAACTGCAGTGCCACTCCAAGTCATTCGATTTTATCCTATTTCATGTTGTTTCTGTGCAAGGCTGCCATGCACAAAGGCATTCACTTGTATGACTTCAAGATGGCATAAAACATTGAAGACTTATTTGCAGAACTGTGTTAAGCTAGAGGCAGCTTTTAATAACGCAAAGGTTTCTTAATTAGCACTAAAATTAATGTCTCAGTATTCTGATTTTTGAGGACCATTATGGGTGAATCCTTAAAATAGAAATTGGTGCCTTGTTAGTCAGGGAGATTTTTACCACAAGCTCTATCAGTAAGCATTCAAAAATTACATGTATTAATGTAATGTTGGGAACCTGGCCTTATTCTCTTCTGACAATCGAAGGGTCCTTTTTTTTTTTTCTTCCCTTTGTAAATTATACTGATACAGTTGACATTAAGTTATCAGGGCTGAATTGCTTTATGCATTTCTTACTTATGGGAAATTCCCATTAAATTAACATTGAGATTAAGTTTAAATTATCCGCGATAGGGTTAAATGGTTGACTAAGTCACTCACCTTTACTTCCTCACTGACAAGGCATTTCCATCTTTCCCAAAGTCAAAGACTGGACTGAAGCTAAATTTGTACTTTTCATAATATATATTCTGCTTCTGGCTTACCTTGTTGGTACATCAGTATATTAATTGTAAAAATTATTGTATAGTATTTAACCACCAAATCTGTGTTCATGTGAACCCCTTGGTGAAGGCCCCCTTTTCATGGATGTGTAGTTATATGATCTTTAAAATGTACAGATATTTTGCTATAAGATTGGTGCAGTTTTTTATGGTTTTTACACTTCTCTTTAATTCCTACCTAAGCCTTTAGGTACTACTGTAAATATTGTTTTAAAATGCATCAGCCTATGCTACACAATCTGAATGTTACTTTAACTTATAGTTTGTTTTCTGAAATATATATATATTTAACTACAAGGACAGTTTAAAAGTCAGTTACCACATTTCACAGTAGTATGCCTATTTACAGATCCCTTTTAAACTGCCACTTGCTGTCACACTCATAAATGTGTAGTTTAAAAAGAACATGCCAAGATTGTCGTCTTGTTGAGTCAATATCCATCTTGGTGAGTATATTAATTTGATCATGATATCAGAAAAATATGTGGACCTCCTTCACACAAATCAGCTGCTTTCCAAAGGCGTGCATTTGCTTAAAGCAAACTGCCCATTTCCCAGTGTACAAATGGACAATAATGTTGGCATATTCTTCTGTCTGTCTAGTAATGGCCCTGCTTCTTAGCAATATTAGAAATGTTTTATAAAAGCAATCCATGTTACTTTTCTGGTCTTTTCATGCCATTTGAGCAAATAAACTATTTACACTACTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036053:ENSMUST00000090952:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.567 A=NA C2=0.771
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF101074=Endonuc_Holl=FE(43.6=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types