DreINT0069081 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012586 | fmnl2a
Description
formin-like 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-70]
Coordinates
chr9:4767195-4778861:-
Coord C1 exon
chr9:4778738-4778861
Coord A exon
chr9:4767305-4778737
Coord C2 exon
chr9:4767195-4767304
Length
11433 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TTGTGTTCCTCCTACATCAGATC
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATCTGAGAAACCAACCTTACAGGCGCGCTGATGCCGTCAGGAGGAGTGTCCGGAGACGCTTTGATGATCCCAATTTGCGGCCTGTCAACAACGCAGAGATGGTCATGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012586:ENSDART00000016814:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.551 A=NA C2=0.861
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF035358=Paxillin=FE(41.0=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]