HsaINT0065139 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000157827 | FMNL2
Description
formin-like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:18267]
Coordinates
chr2:153497305-153506348:+
Coord C1 exon
chr2:153497305-153497428
Coord A exon
chr2:153497429-153504309
Coord C2 exon
chr2:153504310-153506348
Length
6881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TGGCACTCTCCCCTTTACAGATC
3' ss Score
10.94
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTCCTTCTCATAAATCAAAGAGGCAGCAGCAAGAGTTAATTGCAGAATTAAGAAGACGACAAGTTAAAGATAACAGACATGTATATGAGGGAAAAGATGGTGCCATTGAAGATATTATCACAG
Seq A exon
GTAAAAGATATTTCTTCACTGTGGCCCATGGAGATCCCACTGGCCTCACCTAGACTGGGATGCATGCAGATTTTGCAGCTTCTTTTGTCCAGGGTTGTCAAGTTCATTAGTTGACTTTATTCACACCCAGAGTGATGCAGAGAGGCTTTGAAGTCCATTTACAGCAGCATGTATACTGCCCCAATACTCTGCATTGGAACCCTGTAAGTTTCAGCAGAGCTCCTTCATTTAAAGGATTTCCATTGTTATTGATATGTCATCATGCTCCATTTTTTTTTTCCTCGTGGCCACACCTAGCCACCTGCCTGATTAATAAACACTGTGGACAAGACCCATTCAGCAATGTACTAATCACAGTCCATGGATGCTCTTTAAGAGCCTCTTTACTCATTCAAAGTAACTGAAGTCAGTAGGTACTTTAATTTGGGTGAGCCAACAGGCTTCCAGCCCAGGGTTGGGAACTGGTTTTATCAGCCAAGAATTGTGTTAACCCAGCCTGGTTCCTGTCTGATTGAATTAGCATAATGCTATCTCCTCGAACCAATTCTCCCAAATTTCTGTACTTCCTTTTACAGATCAGAGTAATAACTTGGGCACTAGTAGGAGAGGCAGCAAGTGACTTTTCCTTCATGTCTGTTGCACATGAATGTTGCTTATAAGCTTCCAGATGCTTATAGCTTTTTATAATGGGACAGTCCAATAATATGCAGATGTACTGAAAATAGTATGATGAGGTCCCATGTATCCCTCATCCATTTCAACAATTACGAACTCATGGCCAATCTTGTTACATGTACACTCTACCTACCCCCATATCCAACCCTTGACAACCAAGACGTAGAATTTCACTTGGAAATATTTCAGTATGTATCTTCAAAAGATAAGGACTCTTAAAAAATAAAAACAAAAACATACTTTACACCATTATCACATCTAAGAATCCCTTAATATCAAATATCTAGTCATTAGTTCACATTTCCCCAACTGTCCTGATTTTTAAAAATAGAATTCCTAGACTCTTGATGTCTCATTTCTTTTTTTTTTTTGATGGAGTCTCATTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCTATCTCAGCTCACTGCAAGCTTTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGATAATTTTTTGTATTTGTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCAGCCTGTCTCATTTCTTGTTATAGCTTAGTGAACATTGTACATTGGGATCCTAAATGGTCAAAACCACAAATTTTTTTCTCAACAGCTCAAACCCAGGGAAATTAAATACATAGGTTAGGTGATTAGGTAGATTAGATAGATTAAAAAGGAAGTCAATAATGAATTCCCTTCCAGATTAAAGCAGTGTAGGTCTTAGATAGTAAGTGGCTGATGAAAATGCCATTCTCTACACATGGCACACACACTCTGCACAAATGTGCCTATTGGTATCTCAGTGTACATAGTGCAGTGGCTTATAGATGCCCCCCAGATAAAACCTTCATTGTAGCACTCTCCTTGCCTCCTCCATGCTGGGGGAGAAACTCCACCCTGAGCAAGACCAGGAGCAGAGCTCCTTCCTAGGTAAGCACTTTTTGGTCTCAGTGCCATAAAATGAAGTTGTAGTTAGGGAAGCATCCAGCCTTGCTCATTAAGAACTTGGAGTTCCTGGCTGGGCGAGGTGGCCCATGCCTGTAATCCTAAGCACTTTGGGAGGGTGAGGCAGGTGGATCACTTGAGATCAGGACTTCGAAACCAGCCTGGCCACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATCTTAGCCAGGCATGGTGGCTGGTGTCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCCGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAAGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAATAGAGGGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAACAAAACAAAACAAACAAAAACCAAAGAACGTGGAGTTCCTTTTTCATTAGTATGTCCTCCATCCCAATTACACCTGGCGTTATAAAATGAATGTACATTTTCTATTTGCTTGATCTAAGTCATTAATCTACTAGAAGAGGGGAATGAGTATCTGTTTATAGGGCAGTTTTTATCCTCCTTGGAGTATTTTTCATTTTCTGATCCACCCCAAAGCCCCAGATAAATTCCTTTGTACCTTTATGAACTAACTTGAGTATATATTGCCTTCCCCCTTTCCTGCCCATCTTCCCCACCCCCATCCCCAGGTATGATTAACAATGCACTAACCATGTACTAATGCAATAGATCTTGGCTTTTTATTCTCTTCTGTTTGTGTTGTTTGGCTGTCATTTTCAATGCAGTGCTGAAGACTGTGCCCTTTACTGCTCGCACCGCCAAGCGTGGCTCTCGGTTTTTCTGCGAACCTGTTCTCACTGAGGAATACCATTACTAAACTATTACTCTTTCTCACCTGATGCTCTTAAAAGGTTGCTACAGGTTTTTTGATGTCTTATGTCCCCCTCTGTGTGTCTGTCAGGGCCCACCAACATGCTAGCATGGAATTGCCATCTCCATCATGTTATATTTTGTGTTGTTCTCATGCTGCATGGTTTTGCATTTCAATTATTATTGCTCACTCACTGGCCACTTTCAATACATGTATGTATTCACATTGCTGTAACAGTCTGGGTGTGTTTGACAGCTGAATTCATAGAATTGTTCACAGAAATTTTCAGAAAAATAGAGCAAAAATATTAAGAGCACTTCTTTGAGAATCAGTATTGGTACCAAGTAGATTGCTTATAAGATTTTTGAGCTAATGTCCTTCAACATATCCATTAATAACAATAACTGCTATACCTAACATGTATTAAGAACTTACTGTGTTCAGGTTGGATGCAGTGGCACACGCCTGTAATTCCAGTACTTTGAGAGGCTGAGGCAAAAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGTAACATAGGGAAGCCCCATCTTTACAAAAATCAGCTGGGCATGGTGGTGCACACTTGTAGTCCCAGCTACCCGGGAGGCTGAGGTGGGAGCATTGCTTGAGCCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGTGGAGATCCCACCAATGCACTCCAGCCTCGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAACAAAAAACAAAACATACTGTTCTAAGTAGGTTTACAGATATTAACCTAGCCCTTTTATCCTATACCCAGTTAATATGCTTTGATAGCATAATCACCTGCCATATGAAAGTGCTCAGGAATGCGAAGTGCTCTAAAGTGCAAAATGACTTGCAGAAGGAACTGTGAACTATGCACAGCTGCAAATCAGGCCTTTCTTAACTCTCTTATACGTCCATAGCATGATGGAACTCGTAATATGAGCTTAACACAGGGAGCCCTTTTAACCTAGCTTGTATATGTAGATATAGGCAATCCATAGCTTTATGTCACCCTACTTTAGTAGGCCACCTCTATTCCTTCTGAATGTCATGCCCATGTTCAACTATCAGTAATTCCATGTTGGAGCAAAGCTGTGAGGCAGGACATGAATACAAAGGCTTAGGTCCTCCCACTGTCTTATCTCATTCACGCATCTTCACCGGTAGCTCTGTTCCATGTCAAACCCAGGCTATTTCTTCTGTGATCAGATCATATCTTGACCTGCTTCTTTGGTCAGGATGATGGCACCAGAAATACTAACAGCAAATATCATTGGAAAATGCCACTGTTTTTAAATTGGGGGGGAAAAAAGGGTCAAACTTTTCAAAGTAACCTCCTGGGCACAGTTTTTGATGCCTAATAAGAAACGAACTTCTCTCCAGTGTCTAGTTGATTAGAAAAGAGACAAGGGAAACACATACTCTAATTGGACGTAGCCATTGACTCCTGTGCTGAGATTGACATGGAATTGGGTATGTGTTTATTTTGTGGCATAACTATTCTATGAATTGCACTTATGTATGTTCTTCTATCTCTGATATCAAAGGACATAGAGTGTCATTGCCTGCTCTGCAGTGTACTTACCCACCAGTGCTTATTAACAGGCTAGAAAACTGTCATCTGCTTGGCTGATGTTTGCTGTCAGTTTTGCTGTTGGACTATATCTATCTTTCTGGAGCCAATCTTCAAAGCAGCTTGGAACTGGGTGGTCAGAGAGCTGGGTGGGAAGATGCACTCATCCTTCCCTTATTTGATCTAACATTTCTTGTAGTAATGGCTTCTCATTCTCTTCCTCTGTTGGCTAACATGCCTGGGAATGTTGAGCACTAAGTTGAGTTGCTTTCCATTTTCATCCCATTTTTTCTTAACCATCATTTTGTGTTTTTGTTTTTTTCTGTTTAGCCTTAAAGAAGAATAATATCACTAAATTTCCAAATGTTCACTCGAGGGTAAGGATTTCTTCTAGCACACCGGTGGTGGAGGATACACAGAGCTGGCAAGCATCACTTTTTACTTAGCTTCCTCCTCTCTCTGTATGCAGATCAATGGTTTTCAATCTATGGCTGAGGGTAATACTGGTGAGAATCTGACCAGGGAGTTTTTGTACCTCACATTCCAATGATGCAGGGATTGAGCCTCTCTGTTGGACTCTTTCTCGGCCTGCTTTTAAGTTCTAAGTGTGATGGCTTGGGCAAGGGTATTTGCTGATGATTGTATTTGCTTTGAGTGTTGGGCTGTCCTTCCCTTACCCCTGTCTTGGCCTTTGAGTTACTCAGTTAAACCCATTTTGATCTGAAGCGACTGAAAGCAGGTCCTGGCCAGGTAACATTACAGCCTTTGAAGGATTAAGATCTTTAGAACTAATTGCTCAGAGGATGAAGAA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Seq C2 exon
ATCTTAGAAACCAACCATACAGACGAGCCGATGCGGTGAGGAGAAGCGTCAGGCGGCGCTTTGATGATCAGAACTTGCGTTCTGTTAATGGTGCCGAAATAACAATGTGAACCTGAGACTGGCCTGCATGAATACAGGGTGTGCGTGAATGAAACTGCCCACATGAACTTTATGTGCTACGATTTAACTGCAGCCTTGAACACACACAAAAATATTCTTAAGGGCTCAGATTTAGCAAACACGGAAGAATTTTAAAATGAGCTCTCCTTTCAACCCTTGTTAACAAGTGCCTAAAAATGGAAGTACCTGTTCAGATTAATCAAAGCAATAGGATTTGATTTGATTAGGTATCTTTTTACACCAGTATGTTATTTTTAACCAAAATGTAAAGTTCTTATTAAACTCATTACCTGCCATTGTGATTGTCCCATCATGGCCCACCTGGTTTCCTGATGTTGTAAATAACATCAATGCATCTGCTGTGGGTCCTTTGCTGAGATGTCTTCGAAGGAATTTTGTTTTAGCCATATCCATCAACTTTGTATTTTACTTGCAATTTGGAAGAAGGAAAGTCACATGATGAAACTCCTTTTGTCTATAACCAGGCCCTGGCAAAGTGCAAACAGGATGCAACTGCAGTGGCACAAAGGTCACTCAATCCTTTGTTTCCAGTTTCACATTCTACTACTTCTGCGCTAGAGAACGATGCTCTGTGAGAGGCATTCACTAGTATGAATGTGGGGATATAGTGTATAAGACTTATTTGCAGTACTGTGTTCTTCAGCTAGAGGCAGCTTTTTAAATAATGCAAGTGTATTTATTAGCATTAAAATTAACATCTCAGTAATCAGCATTAGCATTTCTGAGGACCATTATTAATTCTGAGAACAGAAATTGGTGCCTTGCAAGGAAGTTTACTAGCTCTATCAACAAGCATTCAAGGTTACATCTGCTAGCAGAGTAGTGTTAGGAACCTGGCCTTACTCTCCTCTGACAATCGCAATTTTTTCTTATTTTTTATAAATTCAAGAAGATACACTTGGCATCGTGTATCGAGGCTAAGTTTTTCATGCATTTCCCAGACTACTTATGGAGAATTGCAGTTTAAGTTGCTGAAAAGTATTAACATGGTATTAAGCTTAAATAATACGTAATGGGACTAGATGGCCCACTAAGCCACTGTTATTTTCCTTCCTCTCTGGCAGGGCACTTGATCCATTCCAAAGTCAAAAACTGGACTGAAGCTAAATTTGTACTTTTCATAATATACATTCTGCTTCTGGCTTATCTTCTTGGTACATCAATATATTAATTGTAAAGTTTATTGTATAGTATTTAACCGCTGAAGTTCCTATTTTATGTTGTGCTTATGTGAACCCCTTGGTGAAGGTCCCTTTTCCTTGGATGTGTAGTTATATGATCTTTTTAAATGTACAGATATTTTGCTATAAAATCGGTGCAGTTTTTTATGGTTTTTACACTTCTCTTTAATTCCCACCTAAGCCTCTGGGTAATATTGTAAATATTGTTTTAAAATGCATCAGCCTATGCTATACAATCTGAATGTTATTTTAACTTATAGTTTTTTTTAATATATATATTTAACTATAAGGACAGTTTAGGGAACAAGTTACCTACCACATTTCACTTTAGTGTACCTATTTACAGAAAGATTAAACTGCCACCTGCGGGCACATTCCCATAAATGTGTACTTTACTTTAAAAAGAACATGCCACGATTTTGTCTTTCTGTGGACTCAACATTCACTTCGATTAAAAATAGCAATTTGACCAAGTTGGACTTCCACTACAAAGCAGCTGTTTTCCAAAGTTCAATGCTGACATATATGTATATTAAAATAATTGCCTATTTATTAATCTACAAATAGACAACGTTGGCATGTTCTTTTCTGTTTGTCTATTAATGGGCCTGCTTCTTAGCAATATTAGAATGTTTTATAAAAGCAATTCATGTTACTTTTCTGGTCTTTTCATGGCATATGAGCAAATAATAAACTATTTACACTACTATTCTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157827-FMNL2:NM_052905:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.571 A=NA C2=0.667
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)