DreINT0069252 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020131 | fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040801-155]
Coordinates
chr8:15013173-15018958:+
Coord C1 exon
chr8:15013173-15013223
Coord A exon
chr8:15013224-15018810
Coord C2 exon
chr8:15018811-15018958
Length
5587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTATATTGTCTTCTTGCAGGTT
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTTTGGTTAAGAAGTATTGCCCAAAGCGCTCCAAAGACGATGAGCCCAG
Seq A exon
GTGAGTTGAGATGCATTCTTTGGTGCATTATGACTTATTCTAATTTGTATTGGAGTTATTTATTTAATTTTATTTAAATAGGGTAAATGCGAAGCTAGTGTTTTACCAATAACTATCTAGTGAACAGTTAATGTGACTTTTTTCAGTTTTACACGGTTACTTTACACAGTATAAAAAAGTGTGAAAAAAAATATTTAAAAGCTTTTATTAATATGGCTATTTCTTAAAACTACTAGTAGTTAAGGAATAGCCATGTCAATAAATACTTTTTAATATTTTTTTCTACATTTTTCAAGTGCCTTGGACTGATTTTTACTGTTTATTCTGATAAATCCTTTACTCAAAGAGCACCGATACATTATTTAAGCTACCCCTGAGCATTTTGTATTTAGAATGCAACCAGTAAATAGTTATTCAAATGAAAATCCTTTTACATGCACGTGTCGTCAGGGTCAGCAGAAACTCTATTGAAAATACTGGATTAAAATAAATGCTCATATTTTAAAGACATGGTGTGAAAAAGTGTAATTTAATGCAGTGATTTTTGTACATTCTGAGACCCACGTTATATTGTATATCAATCAGACAGTGAGATCACAGACGTTTAACGTGGCAAATTTGTAATGGCATACAGTTTACCGGAAACATTTTAACTTGGTGACTGAAAATTAAAAGTCCTTCTGGATATCCTCTATTGATTCACATATACAGTGCTCAGCATAAAGGACTTACCCCCATTATTGATCTCCCTGTTAAATCAATACGTATGGGATGCTAGATTAGATTAGTCAGCACCAAAGCCAAAACGGGAACTAATTGAGCAAAATAACTTAAGGTCTTGGTGAAAATATCCCTAATGATAATGTTAGGGAAAATAATAAATTAAACTTTAATAAAGAGGTAAAATCAAAAGAAGCATAAAAATATTACATTTAGTCTAAATGTTGTAGTTTTTCAATGCAAAGATTTTAACTGTATTAACCTCCTATTGCTAAAGATGTTAGGTGACCAAACTCTTATATTATTTAATAGAACTGTTTTGTCTAAAAGCACCAACATATATGCTGTAGTCTATATTCACTGAGAAATGGATAACATATGCATTTTAAAAGAGGTAGTGCATAACATATCTCTAAAATTCTTGATTTCTGATTGGTCAGTGTGGATGTATTTGAGAGTAAAAGTATGCCTTAAAAACATTGCCAGTTTTAAATGAAATCTAATCTTTTAAGTTAATGAAAAAACTATAATTGTATTAATATAAAAAGAAATGCAAATAAAAACCACCATAATTGAAAAAGATGCTGGCAGCTAGCTCTCTTTGCTGGCAGCTAGCTCTCTTTGCCGGATGCTAGCTCTCTACAACTCCCGCATGGTCGCCCAATGAAGTGAAACAGGGCTGCGCCCAGTCAGTACTTGGATGGGAGACCACACTAGAAAGCCTGGTTGCTGCCGGAATTGGTGATGGTGAGGCCAGCAGGGGGTGCTCAACCTGCAGTCTATGTGAGTCCTAATGCCCCAGTTAAGTGAAGGGGACACCATACTGTCAGTGAGCGCCGTCTTCCGGAAGAGACGTTAAACCGACGTTAAACTCTGTGTTCATTAAAAATCCCAGGATGTCCTTCGAAAAAGAGTAGGGGTTTAACCCGGCATCCTGGCTAAATTTGCCCATTGGCCTCTGTCCATCATGGCCTCTTAACCATCCTCATATCATAATTGGCTTCATCACTCCTCTCCACCAATCACCTGGTGTCTGGCGTGCTGTCTGGTGCAATATGGCTGCTGTTGCGCCTTCCAGTTGGATGCTGCACACTGGTGGTGGATGATGAGATACCCCCCAATATGGAAAGCACTTTAAGTGTCTATAAAAGTGCTATATAATTGTAATGAATTATTATTATTTTATTATTATCATCATCATCATCATCATCATCATTATTATTATTATTACTATTAAAAAGATAAATCTTATAAAACGTCCTTTAGTGTATGTGATCGAATTAGTTGTGTTATTTTGTCATCCATGTCACTCAGTTTTAAGTAATTCCACACTAGACACATTTTCTGCACACACAGCATGAGTTTCAGTGTTTCCTCTAGGATTTTTTCCAGCTGTGGCGGCAGGCCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTACATAGATCTACCAAATACCTGCGGCCTTATTTCAATGACAAATGTCGTGAGTGCAGTATTAGAAGTCAAGATCAAATTTATGTAATAACCTACATGTACGAGCATGCAAATCTCTGCTTGCACGCCGATTACTTCTGCTCGTGCACAAAACGTCTTGCATGCCACCTCATATATAAGCCGCTTCAAGATTTTATAAGAGCTTCAAGATCTTCTTGTGCGCTCTCAAACAAATGCTGCTAAAGTGCGATTTAGTGCGTTTATGTAACGGGTATGTCTCCAGCATTTATTAGATTTGCTAGGAATGTTTATGAATGTCTCTAATAGACCTACAGAGTAGCATTTATGCATCCTGAAGTAAAGTGAAACGGCTATACGTCGTGTTTGCTGGCCTTACACATCACGCATCTGTCAGCCAGTCAGTCAGTCAGCACGTAACCTTAAAGGATTAAACAAATGACGCACAGCCCTATTACGGTAACAGAAAAGTTTGCGCTGTTGCAATTTACTTACCCTTTAATACGTTTTGGTGCGATTATAACCTACTATTAAAAAATAAAATGTTTTGAATGAGAAGCTTTAATGTAGCCATGGATGGATGAATTTTGGCGTGGCGCCCCGCCATGGACAAATGAATGTAGCGGAAATCATGCGTTTGATTGACAAGATATTGACCTTATTCTAAAATGCGGAAGTGCGCCTGTTTTCGCAATTGTCTTAGAACTTCCGTTTCAGTCGCCCATGGGAGAAATGACAAGGAATAATAAATGTAAAAAACGGTCAAACTACTTGCTCTACAAACAAATGTTTGCATGACTATACAGACCAAGTAGAATAATATAACAAGGAAATATCAGTTTGCTACATCAAACAGTGAAACGAGCAGTTTTTAATGTCTAAAAAGGAATGGAAGTGAATAAGACCGGAAGTCTCGTGCCAAAAAGATTCAAATGGCAGCGCCCGCTCGTCTGCGGAGAATAAGGTCAATAATCTAACAGATCATTTGTCTGTTTTCAACATTTGCTTTCATCAGCATCTCTATGAAGTCGATTTGCTTTAGCTAAAACTATTAATTTTATGTTTTGTTTGGCTGTTCATTTAGGCTGCCATCAATGATTACAGATAAAAGTGCTGAATTGCTTTTGATGGTCAATACACTGCGGAAATCGTCTAGTTTTACTAAGACTGTTGGTTTTGTTGATAGTTTAAGCTACCATTCATTCTTTACAGTTGAGCTCATGACATTATTTACACATTGGGCTGCAGTTGCTTTGCTAAGCAGTGTGTTTTCGCCCTGTTGGCTGTAGATTTAGGTTGAAAGCAGAGATGGGGGAGTATATGCAGGGTGTCAGCTCAAAACCCTCCCATATCCCATCATGAATTCCATTAGATAGGCATAATTTCTCCCAGCGTGTGTTTTTGTCCCAGGACGTTCCTCATACAGTGAACCGACAGCCTCCTGGAGGTGGGGGACATTTGCTTTGGACACAACAAAAAAATCTTCAGCCCTCCCAGTAAATGTACACAAAGAAGAGAGACAAAGTTTTTGGTGTGTGCGTCTGTGTGTGATTTGATTTTAATTTAGTGAACTAGTCATGCCTTACATGATGGCTCAGTCAATATCAACATACAGATTGATCGGAGTCTGTGGTCCCCTTGGGGCCATGACAGCAACCTGAGAACATAAGTGTGCCTGGTGATAAATGCAATTAAATTTTTTATGAGGAAAAGAACGATATCTCTCAAAAAACACAGTAAATAAAATGTTCCATATTAATCTTAAAGCGTTGGTTTCAAACTCAATTCCTGGAGGGCCACAGCTCTGCGGAGTTTAGCTCCAACCATCTCTAACTCACACCTGCTTATTAGTCTTGAACACCTTGATTAGTTGAATCAGCTGTGTTTGATTAGGGTTGGATCAAAACTGTGTAGAGCTGCAAAGTTTGAGACCTATGCATTAAAGGGAAAGTTTACCCAAAAAAAAGAAAATGTACTCACCCCAAGTGATTCTACAGCTTTGAAGAAGATATCAAAGAAGATTTTTTTTAAGAAAGCTGAAAAGCTGGAACCATTGGCATACATAATAGGAAAAAATAATATTACGGTCAGTCAATAGTCACTGGTTTTCAGCTTTCTTGAAAAAATATTTTTTTTTTTGAGTTCAACAGAAGAAAGTCAGACAGAAGAAGAAATATAACTATAAACTTCAGATCTTTAAGAATCCCAAAAGACACGCCTGACACCTTTTTTTGTGATTATGTTCACACAAAATGTTCTTGACTTTTGTATTGTGGATATAGCAGCTTTAACCTAATTTTGTTTTCGTGCAATCTGACTTGCAATCGTTGGTCTTAGAACGGTTTACTTAGAGTTTGTTTTTTTACTAGTAGTTTGTTTTTTTAAAGAAAGAATGTCAGACTTATAGCGATAGTGTCTATTTAAAAATCAGTTTTGAGATGTGAGCTCCAGTGTGTTTTAAGACCTCCTTCAAGCTTTACCTTAGCCAGTTTTTCTGGAATCTGCTCACTCTGATATGTGTCTCTGGTGGTTAGTGGTTGATTTTATTAGTTTTTGATATTTTTTGGTTGTCAATAATCTGTTATTTGTTCCAGAGCTAATTTTTCATAGCTTTTATATTTTTAGTGTGACTTTAATGACGTCTCAGAATACTGTCTTTGTACTCGTTGCAGAATTTCTTTTAAAACTCAAGAATTGTTTTTTAAAAGCTTGTAATGGCTATTGTTGTTGTTAATTAAATAAATCTTTAATTTATATAATCAATAGTTTTTAATTTTTTTTCCATATTTTTTGTGTAGGGATTTTACAATTTTTAGT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Seq C2 exon
GTTCACGTCTTGTCTGTCATTCTACGCCATCCTGAATGAGCTGAATGACTATGCTGGTCAGCGAGAGGTTGTTGCAGAGGAGATGGGCCACAAAGTGTATGGAGAGCTCATGAGATACTCACAAGACCTGAAGGGAGAGAGGAAACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020131:ENSDART00000045038:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.060
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061118=FCH=FE(18.5=100)
A:
NA
C2:
PF0061118=FCH=PD(30.4=56.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]