DreINT0070771 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020371 | g6pc3
Description
glucose 6 phosphatase, catalytic, 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061215-19]
Coordinates
chr12:3189509-3192403:+
Coord C1 exon
chr12:3189509-3189829
Coord A exon
chr12:3189830-3192296
Coord C2 exon
chr12:3192297-3192403
Length
2467 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGA
5' ss Score
6.56
3' ss Seq
TCATGTAATGTGGCATTTAGGAT
3' ss Score
5.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAACATGACACATCTGTCCATCTGACAGTTGATTCTCAGAGTCTGGAAGATGAAAAGTGGAAATTAATTTTATTCCTGGACGTTTATTGAACATCTTATAATGGAGAGCGTCTACCGGCAGGGCGTGTGGATGGCGGAAGCCCTTCAGCAGAAAAGCAGAAGTTTGGAGGATATGTGGCTCGTCGCTTCTCATATGGGAGACCCGAAAGCCGCGGTTCTGCTGGTTTTCCCCGTCGTGTTTTACATACATCGCCGGACAGGCATCGCTGTGCTCTGGGTAGCAGCTCTTTCAGAGTGGCTTAATCTGGTTCTTAAATG
Seq A exon
GTATGAGTAGTTTTCCACTATGGGATGTTGTGAAGTGAAATCGAAAACTGTGTCAGATAATGGAAACACTTCATAATAAGGTTGTATTAGTTAATGCTAGCTAGTTAATGAAGACACTGAACGATACTTTCATTGCAGTATTTATTCATTATTCACGTTAGTTAATGGAAAGTTGTCCATTGCTAGTTCATGTTAACTAATGTTAACAAGCATGACTTTTTTAGGATTTTAATAACACATTAGTAAATGATTAATAAATGCTGTACTAGTGTTTTATTTCATTATTATAGTATTATGTCTTTGTTTATGTATGATTAATAGCTGTTTTGTCACTAAATGTACTTTACCCGCTTGATTGCTCAAGAAAAAATGTCCTTAAGGAGACAAATAAAGGTAAAGATTGATTAATTAATATACAGTCAGGTCTGTAGCACACTTGAAATGAACTTTTTATCTGCTCATTATAATTGGGATAATGAGAAAATAACACACACCTAGCTATGAAACAGCTAAGAAGCCTACTGTCCCATTACTTTTGGTCCCTTAACAAGTGGGAGCCACACATTCCTACATCACTCACCTGACTTGGATGTAAGCACCTTCAAATTAAAGCTGAGTCTGCAGTTAAGGCACGTCTTGTTGTTTTTGTTTTAATTTTAAATACATTGTGCTGGTGTATAGAGCCAAAAATGCTAGAATTTTGTCGATGTCTCGATATTTATGGACCTGACTATATATATTAACTTATTGTAATAATACCTTGCTGTAAATTGTGACTCAAATGATTTATGTCTGCAGAGTAATCTAATATCATAAATACTACCACTACTAATAATTATTATTATTGTAATAATGTATATTTAAACAAAAGTGTGTAATTCATAAATATATTCAGATTAAATGATTTAAGAAAAAGTGATTAAACACGTCTCTTTCAAATTTCATAATAAAATCATGTAATTTATATATATAAAAAAAAAAAATAAATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGTATATATAAATATAAATATATGTATTAAGAAATTCGTTATGATTGAAAGGGTTATTACAACAAATATAGATTTCATAACTCATTTGAAGTTAAAACACTGGTATTGTGTTTTCTAAAAATTAATATAAATGTCTATAGGTATATAAATAATCATTTTATATAAATATAAAATTTGTTGTTGTAAATGTGATACTTGCTAAAAATTGAATTAATCAACGTTTTCATCAAATATATGAATGTTTTTTTACTCTAAAAATTAAAGTTTAAAATAAAGTATGAGCTTAAATTAATTTAATAAAATAGGTTGTCTTTCAGTATTTTTATCATTAACTAAAACCAATCAATTTAATTTCTGTTTATTATCGAATACTAATAGATGCAGTACTTTTGTTTTAAGATATAACTCAAATTTACTGAAGAAAAAGAAACTTAAAGTATATATTTTAGCTATTTGTTGGGTGAAAAAACAAAACTGAAATACAAATTGATTCAAACTTATCAAAAACAAAAAGTAATAAGAAAAGACAAAACACAATCAAAAACGTTAAGAATAAAATGAAACTTTTTAAAAAAATTTTTAAGTATGATGCTAATGGTCTAATCTGATTCAATGATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCTCTGGTCAGACCGTGAGATTGGACGTGTAAAATTCGCCTATTTACAAAAAAAAGTGGAGCGCTCCTTTAAAAAACTATGAACTGAGTAAGAAATGAATGACAATACATGGTATATATATATATATTAAGGAATTTGTTATGATTGAAAGGGTTATTACATCAAATATAGATTTCATAACTCATTCGAAGTTAAAACACTGGTAAAGTGTTGTCTAAAAATTTATATAAATGTCTTTAGGCATATAAATGATCAAATTTGTTGTTGTAAATTTGATACTTGCTAAAAATTGAATTAATCGACGTTTTCATTAAATGAAGAAATGTTTTTTTACTCTAAAAATTAAAGTTTAAAATAAAGTATGAGCTTAAATTAATTTAATAAAATAGGTATTCAGTATTTTTATCATTAACTGAAACCAGTCAATTTAATTTCTGTTTATTATCGAATACTAATAAATGTAGTACTTTTGTTTTAAGATGTAACTAAAATTTACTGAAGAAAAAGAAACTTAAAGTAAATATTTTAGCTGTTTGTTGGGTGAAAAAACAAAACTGAATTACAAATTGATTCAAACTTATCAAAAACAAAAAGTAATAAGAAAAGACAAAACACAATCAAAAACGTTAAGAATAAAATGAAAACAGCTTTTAAATGAACTTTAAGTCATGTAATGTGGCATTTAG
Seq C2 exon
GATCCTCTTTGGCGAGAGGCCTTACTGGTGGATTGGACAATCTGGCTTGTTTTCTGAAAAGCCTCCAGAAGTGCAGCAGTTTCAGTCCACCTGTGAGAGCGGTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020371:ENSDART00000010569:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0156916=PAP2=PU(22.2=47.9)
A:
NA
C2:
PF0156916=PAP2=FE(22.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]