DreINT0073767 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000008979 | golga1
Description
golgin A1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1237]
Coordinates
chr8:41483506-41486400:-
Coord C1 exon
chr8:41486289-41486400
Coord A exon
chr8:41483602-41486288
Coord C2 exon
chr8:41483506-41483601
Length
2687 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
TTTCTTTTCTCTGTTTTTAGGCA
3' ss Score
11.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATGAGTTGTTGAGTGAGAAAGAGGAGGCAGAGCGGAGAGTTGTGGATTTGGAGAGGAGAGAGCAGGAGTTGCAGCAGCTGATCCAGCAGGTGTCAGAGGATTTCCAGAAG
Seq A exon
GTTAGCGCTTGCCAACCTTCAGCTCATACAAACAGCCACTCATAACAAGCCAAGAGGGTCACTTTTGGGAACAAAGCCACCATTCCATTTCTAAAAGTGTTTTCAGCTCATATTTAAGCGTTTTCATAGCTTTCACTTTTATTTATTTAGTTTTGCTCACGATAGCATTCATACAGGGTGCTTAAAGTACTAGAAACTACCTCTTTTTGGTGAGGTTTTATTAAGATGAGCTTGAAAATTGCTTAAATTACACTTTAAAAATATATAAACACAAATGTAACCTTTGAAAATTACTGTAATTTCAAATTTCTTGATTTTATATTTTGCACAGATTATTGTTACATGAAGGGTTTGTCTGTCTGTTTATTGTTTTTTATGTCTCTTAAAGCTACAATAAAAAAAGAGTATACATATGATATATGATTATATGTACAATTGAAGTCAAAATTATTAGCCATCTTGTTTTTTCCCCCCCAATGTTTAACGGAGAGATTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTTATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGCAAATCATATTTGACTACATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACAGGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACAATGTTTTGTTCTGTAGACTATTGAAAAAAATATATAGCTTAAAAGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGTTTTTTCAAAAATTAAGAACTGCTTTTATTCTAGTCAAAATGAAACAAATCAGACTTTCTTCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCTTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGAAAAAAATTCAAAGAGGGGCTAATAATCCTGACTTCAACTGTTTATGGATGTTATCATGGTGCATTAAATGAAGAATTGTTGTTTTTAATAAATGGTAGACCCAAAATAACATTTCTTCACTTTCAAGTGGTTCTAAACTTTGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAATCACAAAACAACAATTTCTGAAGAATGTTGGGGAAAAAACACCTGATTAACTAATGTGTGGTATGCTCCAAGACATGACTATGTAAGACATGACCGTAAAAACAAACAGTTAGTCTTAAGTAGGCCCACCCGGAATCTGCGCGTGCAGAATTCTGCAGATTTTCCACAAATTTTCAGCCCATTATTAATTCTGTTTATTTACTTATGTAAATGTGTGTAAATCTATATTTATTCAGTTTTTTTAATTCATTTCAAATAATAATCAATTCCGCAATAATCCGCAGACTTTACCAAAATTCTCCGCAGAAATAGCAAAAAACAGCCGCAGATTCCATCTGGCCCTAGTCTTAAGCGAATGTTCTTACTTAATGCATCTTTGCATTCGTAAACCAGACACATACAGTGGAATGAGGAAATAGCTCAATGTCATAGGACACAAGTTCATCATCTTTTAGTTCTCCTTTTTAATAGTGACAAGACATGGCAGATCAAGGTTCAAATTTCTGTCAAGCACGTTTACATGGCAAATGCAGTGAAATGCAGAAGAACCTGTGAAGAACTACTAGAGAATGTTGAATGCTCATGACTGCTTATGCATATTTATCATTTTCCTTACTAGTTTATTGAGCATATGACATGCATTTAAGTCAAGTTTGGACATCATTTTCTTTTGTATTTTATAGATCTTTTCCTGAAAAGTTATTATAATTAATATTTTTTTGTTAAATTTACACCGTTACACACTTCATAAAAAATATATTTTTCTTCAACCAGATTGTTATGGTCACATTTTAAAGTAAGATAAGTAAAAACAAATCTCTATAAACAGTTGAAGTCAAAATAATTAGCCCTCCTGTTGAATTGTAATTATTTTATTTATTTATTTACACCAAGTGCTGTTTAACGAATATATTTTTCAACACTTTTCTAAGCTTAATAGTTTCATTAAAAATTTGTAATAACTCTTTTCTTTTGTCTTTGCCAATGTCATGATGACAGTACATATTTTTTTTTCTAGTTGTTTTGCAAGATAGTAGTATTGAGCTTAAAGTGCATTTTAAAGGCTTAACTGGGTTAATTAGGTTAACTTGGCAAGTCAAGATAATTAAGTTATTGTATAACAGAGGTTTGCTTTGTAGCCAACTGGAAGATACAATTCCTAAGGGAGCTAATAATATTGACCTTAAAATTGTTGTTAATTGCTTTAATTCAACCCAAACTAAAAGAACAAAGAAGAAAGAAAATTGAAGAAAAAATATCATTGGAAATATTGTTGTTAAGCAAACGTCATTGCTTAACATCCCTTGAGAAATGTTTGAAAAATAATCAAAATTCAACTTGAATTATAATCTATTTCAACTTGTGCTTTATTGTCATTAAGATGTCATTCGTGTATTTGTACAAATAAATATACAGCTGAAGATTCAGAATTATTAACCACCTTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTAAACATTTGCTAAATTATGTTTAACAGTGGTCAATGTCTAGTTAAGGAAACAGGGATGTTTTTGAATATTTTCAGTTTCGCCTGAGTGGTACGCCAGTAATAATTTCCACATCCTGTTGTTTCTTTTCTCTGTTTTTAG
Seq C2 exon
GCACAAAGCAATGCAGAAGCACTAGAGAGATCAATGGAGCATCTCCAGTCTGAACACAATAAGCTGAAGCTACAGCACGAACAGCACAAGAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000008979:ENSDART00000098578:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.237 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]