HsaINT0070362 @ hg19

Intron Retention

Gene

ENSG00000136935 | GOLGA1

Description

golgin A1 [Source:HGNC Symbol;Acc:4424]

Coordinates

chr9:127674180-127683519:-

Coord C1 exon

chr9:127683408-127683519

Coord A exon

chr9:127674306-127683407

Coord C2 exon

chr9:127674180-127674305

Length

9102 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

AAGGTAAGT

5' ss Score

11

3' ss Seq

ATCTCTGCTTTCACCTGCAGGTC

3' ss Score

13.2

Exon sequences

Seq C1 exon

AGATCATGTGATAGCTTCAAAAACAGGTGCAGAAAGTAAGATCACAGCCCTGGAACAAAAGGAACAAGAGCTCCAAGCACTCATTCAGCAGCTTTCCATTGATTTGCAAAAG

Seq A exon

GTAAGTAGAATATGAGGAGAAGACCTGGATTTCTAAGATTCATAAAAACTAATTCTTTCAGAAATTTCTGCCTGAGAGTAGCTACTGAACATACATTTCTCATGCAGTCCACATGGCTCCATTTCCTGTACTAGCCAGGCTGCACTCAGATGGAAATGGCCATACAGCTGAACAAGGGTTGCTTAGCAGAAGTAGTCAGTATTTTCCTGTCAGGAATTCTCAAAGTACACCATTTGGTCGACTCAAATATGTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGGGACAGAGTCTTGCTCTTGTCGCCCAGGTATTATAGGCGCCCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCAACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTGACTCAAATATGTCTTTAAGCACATAATGGACCTTGAGCATGAAAAATACAATAGTGGCTGACATGACCAGGGCTGTACCTTTGACATACTTGGCTCTAATCCAGTTTGTTTTATGGCACGTAATCAAATGATGTCATTACAATTTGTTTTTTCATTTCATTGACATACATTTGTTTCTACATTAGGGCTGTGCTACACTCTGAGAATATAAAGATGAATGATAATATTTTTGAATATAAAGTAGTGTTTCTCAGGCCCAGCACAGTGACTCAAGCCTGTAGTCCTAGCACTTTGGTAGGCCAAGGCAGGAGGATCACATGAGGTCCTCCTCTTGACCCCATCTCTACCAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGTTGTGGTGGTGTGCACCTGTAGTTCCAGCTGTTTGGGAGGCTATGGTGGGAGAATCGCTTAAGCCCAGGAATTCAAGGCTGCAGTGGGCCATGACCATATCACAGCACTGTAGCCCAGGCAATAGAGCAAGACTATCTTTAAAAATAAAAATAAGGCTGGGTGTGGTGGCGTGCACCTGTAATTCCAGTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGATTCGGTTAAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAAGTGAGCTGAGATTGTGCCACTGCGCTGCAGCCTGCCTGGGTGACAGAGAGAGACTCTGTCTTAAAAAAATAATAAAATAAATAAATAAATAAATAAATATAAATAAAATAAAGTAGTATTTCCCAATGACATAATTTATTATTGGCATTTTGAGCAGAACAACTCGTATTGTATGATTGTCCATTGCATTGCGCGACATTTAGCATTCCTGGCCTCTGGGTTCTGAATGCCAATAGCATCCTTCAGTCATTGACATCCAGCCCTTCCCCTCACATCACAGAACCACCCCCTATTCGGCAGTGCCATCCACCCTACCCTCATCTTTCAGAATTGCTGATCTCAAGTGAGACAGAGCCTTACAACATAATTACAGTACAGTAAGATTTTGTCAATAGAGGTCTTAGCTAAGTATTATCATACTTACAGATACCTAAGTGGAAACTAAGAGGTTATTGACCTTGTTCACAGTTATAACCGTAAGTGACAGAGTTGGATTCTAACCCAAGTCTTACTCCAGAACTCATGCTTATTCTACTGCACTTTGCTGCCTCACAATAAGGAGCACCCAGTAAATATATACGTGAATGAATGACTGTGATACAGGCTTTTTACCCTCAATGAACTAAAAATCTCAATACAGACATTGTTTTCCTTCAGAGGCTTACAGTTTCATTATAGAACTCAAACCTACTGTAATCACAAGAAAAGAAATGCTCAAACAAGAAGTCTCAAGTAAGTGAACTAGGTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACACGGTCTTGCTCTTTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGACGTCAACGGCTCACTGCAGCCTCAGCCTCCCAGGCTGAAGTGATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAATAGCTGGGACTACAGACACATGCCACTACAACAGGCTAATTTTTTTTTATTATTATTATCTGTAGAGATGGGGTTTCGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGAGGTGAACCACCACACTCAGCCCTAGATTTTTCAAATACAAAAGATATACCATAGGGGAAGTACATTCCAGCCCAGGAGTCAAGGAAATCTTCCTAGAGGAACTGGAATGTCAAGGATCAGGAGGACAGCAGGAGGCAGAAAAGGCAGAAGGTCAGAGAGTACATTTGGGGTCATGGAAGAAGGGGGAAAATAGATACACAACTTTGGTTTTTGTATTATTTTGTTTTTTTCTGAGACAGGGTCTCACTTTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTAGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAATAGCAGGGACTACAGGCACCAACCGGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCATCAAGTGATCTGCCCACCTCGGCCCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGCACCTGGCCACAACTTTGATAGTCAAGGGACCCTTTGATGTCAATTAGAACCATCTGTTGTTTTTATAATTGGAAAAATGGGGCTCAGGGAAGTCCAGACTTTGGTCACAGTAAGTTTCTTCATTCATTCTAAAAATATTAGTTGAGCTTTACTATGTGCTGGGCTCTGTGCTGGGTGTTCATAATATTATGGTGAGCAAAATAGATACAGTTCTTGCCTTTGTGGTGCTTATAGTCTAGAAGGGAAGTCAGACATTAATCAGTAATCACATATATAATTACTAACCGTGATGAGTGTTCTGAAAGAAAACTACGAGATTTAGTGAGATCCTATTAAAAGATATCAGATCAGGGCTGGGCTTGGTGGCTTACGCCTGCAGTCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTCGAGACCAGCTTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGCAAAAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAATATATATATATATCAGATCAGATCCAGTTGGAGCCGTAGAACACTTAAGGAAGTAACACTCGATACAGTGCTCAGGCTGGAGAGAAAGGGATGATGGGAGAGAATTTCAAGCAGGGAACAGCATGAACAAAAACTCTGAGGCAAATAAAAGGATTAGCACATTCAAGGAACTAGAAGAAAGCCAGTGACATACAGAATAAGAGAGAATAACAGATTACTCTGGCCGTTAGGAGACTGAGAGGGTCTTCCACTTAGGAAGCTTTTGCAGTTGTTCGACCGTAAGATGATGGAGGCTTTGACAAGTGTGGTGGTGAAGATAATAATGGGTAGACAAATGTAAGAACTATTGAAGAGATTGACAGACTTACTAATGTAATAGATATGGGAGGACAGGAAGAGAAAAGTCTGTATTTTTATGGGTGATTTATGGGCTTCTGGCTTGGGCAAAAGAAGGGCTGGTATTGTGTGAAGATTGTAAATTTGGAATTTGTTTTTTTCTTGTCTTTATTGAGTATATATAAAAACATATTTATAAAATATGAGTATGATAGAAAGTATAATAAGGCAATGAGCCCTCTGAGCTATCCCTCAGGTTAAGAAAAAGAACAATGTGTTTATCTTTGAGGTTCCCTCTGTGCCCTTCACTATTCCATCCCATTCCTTTTTCCTTTGGAAGTAAGTACTATTTGGAGATTGCTTCATTGTCTACTTTGCTTTCTAATGTTGTCAGTTTTATCCCTAAACTATCTTCTTTAGTTTCCCATGCTTGTTAATGTTATATAAATCATTCTGTAGGTATTTTTCTAAACTTACTTTTTGTGCTCAACATTGCACTCCTGAAAAACATTCATATGATACCTGGAGCTATAATTTATTTTTTCTCAATTATATAGTAATATAGTAGGGACATACCAAAATTTTAATTTTTGTCGATGGTGGGTTTTTTTTTTGTTTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTCAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCATGGCTCACTGCAGCCTCAAATTCCTGGGTGTAAGTGATCCTCCTACTTCAGCCTCCCATATATCTGGGACTACAGGCTTACACTACCACACCTGGCTAATTAAAAAAAAATTTTTTTATAGTTAAGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTAGTTTTGAATTCCAGGACACAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTTTGCCTGGCTTGTGAAGATTTTTAATTACTGAATAGATTTCCTTAATGGTAATTCTAAGTTTATGTATTTCTTCCTAAGTTTTGTTAATTTATATTTTTCTACATAATTGTTCATTTGCTATAAGTTTAATGTTTTGGCATTGTATTTCTTATATTCTTTTTTTAGTTGCTCCCCTATCTTCATTCATAGTAGTATTTATGCATTTTCTATTTTTTTCTAGTTTATTCTTACCAGATGTCTGTCAGTTTGGAAACAAAATTTTACTTTAATTCTTTTCATTTTGTTTTTATTTAACCCACAGTGTTCAGAATTACACATTTTTTACTCTACTGGATAGCAGTTCCTCAACTGTAGCCATTATCTTTCAACTTCCCAATTTATGTTCTTCCTAACCTGTATTGTACTTAACACAATATTTTCATGGAATTCACCTTACTTTTTTTTTTTTACTTAAATAAGTATATTTATGTAT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Seq C2 exon

GTCACTGCTGAAACTCAAGAGAAAGAAGACGTTATCACACATTTGCAAGAGAAGGTTGCATCCTTGGAGAAGAGACTAGAACAGAACTTATCAGGAGAAGAACACTTGCAAGAACTCCTGAAAGAG

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSG00000136935-GOLGA1:NM_002077:10

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.474 A=NA C2=0.510

Domain overlap (PFAM):

C1:

PF104734=CENP-F_leu_zip=FE(30.1=100),PF078886=CALCOCO1=FE(25.3=100),PF0157614=Myosin_tail_1=FE(26.4=100),PF083176=Spc7=FE(24.7=100),PF048597=DUF641=FE(40.2=100),PF045827=Reo_sigmaC=FE(24.8=100),PF0192313=Cob_adeno_trans=PU(23.1=71.1)

A:

NA

C2:

PF104734=CENP-F_leu_zip=FE(33.3=100),PF078886=CALCOCO1=FE(28.1=100),PF0157614=Myosin_tail_1=FE(29.3=100),PF083176=Spc7=FE(27.3=100),PF048597=DUF641=PD(38.0=83.3),PF045827=Reo_sigmaC=FE(27.5=100),PF0192313=Cob_adeno_trans=FE(35.0=100)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSP00000362656