DreINT0073864 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105099 | golga7bb
Description
golgin A7 family, member Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-173]
Coordinates
chr13:39915348-39926358:+
Coord C1 exon
chr13:39915348-39915500
Coord A exon
chr13:39915501-39926256
Coord C2 exon
chr13:39926257-39926358
Length
10756 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TCCTGCTTTGTTTTCCACAGATC
3' ss Score
12.59
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCTGAAAAAGATCAGCATGTACATCCAGGAGCAGAACGAGAAGATCTTTGCACCTAGAGGTTTGCTCTTAACAGACCCCATTGAGAGAGGCATGCGAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105099:ENSDART00000158820:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102564=Erf4=FE(43.5=100)
A:
NA
C2:
PF102564=Erf4=FE(28.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]