DreINT0075098 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000025728 | grin1b
Description
glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051202-2]
Coordinates
chr5:29034948-29039335:-
Coord C1 exon
chr5:29039159-29039335
Coord A exon
chr5:29035011-29039158
Coord C2 exon
chr5:29034948-29035010
Length
4148 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
CTGTGCACATTATTCATCAGAGT
3' ss Score
5.24
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTATCCACCTCTCCTTCCTGCGCACGGTGCCTCCCTATTCCCACCAAGCCCAAGTGTGGTTTGACATGATGCGCGAGTTCCAGTGGAATCACATCATCCTGATTGTGAGCGACGACCACGAGGGCAGAGCGGCACAGAAAAGGCTGGAAACCCTTCTGGAGGAGAGGGAAACAAAG
Seq A exon
GTGAGATGCGTGGGCTGCCCACTTACATGGACCAAACGTGTACATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCAAGTCAGCGTGTGTTCCTGTAATCAGTATTTCAGAAGTCCTCTATATATGTTAAATGTTTCCTTTTTTCTGTTGTGTAAACACATTTCTTTCCATTGGCTAACATTATTTATGCCAGCAGCGTCTTAAGTGGTTTATCTGCAAAACTTTGTACTTTTCTACTCATCTCACATTGCTTTTTACCATAGTCAGATTCTCCTATTTGTCTATCCACAACAGGAGCAAAATGAGGGACTTAGCCTGGGGCTGTGCAAAAAATCAACCAAAATATTAATGGCAGAGCATTTACTTTGGGTTTCTGTGAGAATTTAATCTTAGCAACAGGCTATGAATATGATTTATTGAGTGTTCTCCATGCAGCTATGCGCTGCTTAATATTTCACATCATTTAATAAAGTATTTCACCAAGAATTCAATGGTAAAGATAGTTATGCACAATGCTAGTTTAAACCTTGTTCTCATTTGTACATGTGTGTATACACAAATTCACATATCGTCACTTTGGAATTATAAGGTTCTATCTGCGTCCTAAATGATTATGACATATTATATTGAGCCTTAAAGTTTTTGCATTTAATTTAGCAAACAACATGTGTGTAACAATTCTCTTTCATTAACATGACAGAGACCTTAAATGTACTCAAATGTACTTAAATGTACATCATTAAAATTCTCTTCAGTTTGCAAATTGAGGTAAAAATAACAGAGCAAATGCAGATTGAACCTTCTGACTTAAAAGTCATTTTCTACTTGGAATTATACCCAAAACCCAATAAGTTAAGGTAACTCAAATCATTTGAGAAAACCAATTGCAAAAAAACCTTTGTTAAAAGGCTAATCCCAATGAGTACTGTGAACTTACTCCATTTAAGTTGAAGTAATGAGGTATTTAATTAAATTATTACCTTCAACACTGAGTTCAAAACTCTTTTCAAATGAGTAAAATTGACTTTCAGTGAATTTGGTGTTAACTACACTCTACACTATTTGGTAAAGTAGACTGTTGGATTTTAGGGTGTAAGGTTCTATCAGGCAGATCATTAATTGAAGCATTAATTTTCAAGAAAAACAATCACAAAAAATATAAATTTGTGTTGGAACAACATGTTGATGTTTGAGATTTGAGTTACATTTTTGCTTTCTGCAACATTTATTTAGTGTTAAGATGAATATTTTTTCTTGTTCAAAGCATACAAGGTTGTGCTATATCCAGTGCAGCTGTTAATTATATAGATAAAAATATGGGCGACGCAGTGGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTAGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGATTGGTTGCAGCTGGAAGGGCTTCCGCTGCGTAAAATATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCTGAAGGAAAATGAATGAATATAAATATTGTAATATTTATTGAATTTTATGCTTTATATGAACTTTTGCATTCTATCAATTGAATTATACTGTATGTCCCAAAAATCAAATTAAGTATTTTTTCCTTTAAGGCTTAATGTAAAATTTAAGGACATTAAAAGAAAACAGGGTCGAGGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGGTCGCTGGTTCGAACCTCGGTTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCCTTCGCGTGGGTTTCCTCCAGGTGCTTCGGTTTCCCCCACAGTCTAAAGACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTGGAAGGTTATAGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTTTGGCGATCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGTCAAAAAGAGAATGAATAAATGAAAACAGACAATGAGCAAATGTGTTTAATAAACATTGAAAAATGTTTCACTGACTATAAACTATATATACAAATAAAAATATTTTTACAATTAATATATTACTTTTTAAATAAACTATTTGTTTTTCAACAATGTAAAATGTAAAATTTTATCTCAATGTCAAAAAATGCTTCTAAATCATCACATTTACACACATCCTTTAAGTTTCAGGTTGTTTCTAAATTTTGTGTGTGTCGGCATTATTTAGTCAACTCTGATTTTTGTTTCTTTCTAATCTTTCCCGCTGTCAATGGAGCAATTTGACGATATGACAAAGAAATCTGATCCTGATTGGTCCTCTTGTGTGCTTTCAAAATGCTGATTGGCTCACAGAAAGAACCTTATAGAGCCAAGCAAGAGTTTGACTTTGCAGATAAAACTTTTTTATATTTTAAATAAAAAATCTTAAAGTGTAAACAACTTATAAAAAACAGCACATAATGTAAATAAGTGGTCATTTAATAAGAATATGTCAATAACTCAATTTTGACAAAAATGTCAGATCTTCTAAGGTGACGATATGCATTGTCTAAACGAGAACAAGAAAAAAAAATTGTTAATCCATAAAAGAAGCATTTCTTTGGGATCTGAATCCATTAGCATGGCACCGTATTTTTAGGACAACCGCAATGTCCTTGCAATGTCATCCCCAGTAATGGCAGCCTCAAGGCCAGCTGTTTTTATGTGCACATTCTCAGACTGTTCTGGGAATCAGTAGAAGGGCTCATGAAAGTCTTTCACTAGTGTTTGCTATTACGGAAAAAAACTTTGCTGGGAAACTGTCAAATACATGCACAGTCACTGCATTGAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCATTTTTTTTTTTCTTTTTAAAAATTTTACAAATAATGTTTAACAGAGCAAAGACATTTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTATTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATGAAAGCAGTATTTAATTAAAAAAAAAACATTTTATGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTTTGATAGTCTACAGAACAAACCGTCCTTATACAATAACTTGCCTAGTTAGCCTAACTAACCTAGTTAAGCATTTAAATGTCACTTTAAGCGGTGTAAAAGTGTCTTGAAAAAGATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAAATAAAATAAACCAGCTATTAAAGATCAGCTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAACAAAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAATCTGGGGGAAAAATAAACAGGCGGGCTAATAATTCAGGGGGTTTAATAATTCAGACTTAATCTCTATATTAATTACATGAATTTAAAAAATGAAAAGTATTAAGAACATAAACATAATATAATCCACACATATACATTTAATCTATCTGAACTTTAGCTTTTGCTTTGTAAAAGCTATGAACTCTGCACAGACATTTAAAAGAACATATGAATCTGGATTCTAGGGCTCTGAAGAATGTGCATTATCTTGCTGGAGTGCTTGAAATATCTTATTGTGGGCCATATGTCTGGACAGAATGGTCTTGTAGCCGCAGCTTGCTGTGCTTCATGGACTGTAGCTGATGTTCTTTTACGGTAGATTGATAAATAAATTTAAACTGATGGATGGGATGTAGTGAACTGGATTAGACTGCGCTTGATTGTACCACACAATTAGCAAACAGCAATACATTAGGGGAAAAAAAAACAGTTCAGACGATTTGGCCTTTATTATTAATCATGGCACAGCAACGAGCATTCTCAGAGCAAGTGATTTAATTAAATACAAATCAAAAGGTATTAAAAATTCCAATGAAACTTTATGAAAAGCATTAAGGCAAGGGGAAATTAAGGAGAGAATATGCAAAGTTAGATAAGGTTGTCTGCTGTATGTAGTATTTGTTGATGGTTTTGCAAGCCCCAGGATTAGAGTTTCCCAATTTGAAGCAGAAAAGTGGAGTTTTGTTGGAATGCTTTACTGCGCACCATTTATAACTGTTTATAATATTCTGTGTCTGCATATTTTCTCTGTGCACATTATTCATCAG
Seq C2 exon
AGTAAAAACAGGAACTATGAAAACCTCGACCAACTGTCCTTTGACAACAAGCGAGGACCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000025728:ENSDART00000034849:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.144 A=NA C2=0.381
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0109423=ANF_receptor=FE(17.0=100)
A:
NA
C2:
PF0109423=ANF_receptor=FE(5.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]