DreINT0084919 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061014 | kcnj5
Description
potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120215-97]
Coordinates
chr18:48625139-48645543:+
Coord C1 exon
chr18:48625139-48626015
Coord A exon
chr18:48626016-48645381
Coord C2 exon
chr18:48645382-48645543
Length
19366 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TACCTCTTTATGTTTCTCAGGCA
3' ss Score
7.4
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGTGAAGAAACTCCCCAAACACCTGAGGGAATCCCAGATCCCCACAGACCGTACCCACCTCATCTCTGATCCGGTTAAGAAACCCCGTCAGCGCTACGTCCAGAAAGACGGCAAGTGCAACGTTCATCACGGAAACGTTAAAGAGACCTACCGTTATCTCAGCGACCTCTTCACGACACTAGTGGACTTACGATGGCGTCTCAGTTTCTTCATCTTCACCTTGGTCTACGTGGTCAACTGGCTGTTTTTTGGGTTTTTATGGTGGCTAATTGCACTGATACGAGGAGATCTTCTACACAGCGACGAGGAGGGCTGGACCCCCTGCGTTGAAAACCTCAACAGCTTTGTATCCGCTTTCCTGTTTTCCATCGAAACCGAGACCACTATTGGGTATGGCTATCGGGTGATCACGGAGAAGTGTCCGGAAGGGATAATACTTCTAATGGTGCAAGCCATATTGGGGTCGATTGTCAACGCCATGATGGTAGGGTGTATGTTTGTAAAGATTTCACAACCCAAGAACCGAGCAGAGACGTTGATGTTCTCCCACAATGCTGTGATCTCGGTGCGGGACAACAAGATGTGCCTGATGTTCAGGGTGGGCGACTTGAGGAATTCCCACATTGTGGAAGCGTCAATTCGGGCCAAACTCATCCGCTCGCAGCAGACCAAGGAGGGCGAGTTTATTCCGCTCAATCAGACAGACATCAACATTGGCTTCGACACAGGAGACGATCGCTTATTCTTGGTATCTCCTCTTATCATCTCACATGAGATCAACGAGAAGAGTCCTTTCTGGGAGATGTCGCGGGCACAGATGGAGAAGGAAGAGTTCGAGATTGTGGTCATCTTAGAAGGCATGGTTGAAGCTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGACGTGTCAGGCGCGCAGCTCGTACTTGGACTCGGAGGTGCTGTGGGGCTTCCGCTTCACGCCGGTGCTTTCGCTGGAAAAGGGCTTCTACGAAGTCGACTACAACAACTTTCACGACATATACGAAACCAACACCCCGACCTGTAGCGCTAAAGAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061014:ENSDART00000151229:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.005 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0100715=IRK=PU(82.7=88.4),PF145981=PAS_11=WD(100=30.7)
A:
NA
C2:
PF0100715=IRK=PD(16.9=96.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]