DreINT0090971 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101704 | lrrc24
Description
leucine rich repeat containing 24 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-496]
Coordinates
chr2:51449100-51458036:+
Coord C1 exon
chr2:51449100-51449196
Coord A exon
chr2:51449197-51457757
Coord C2 exon
chr2:51457758-51458036
Length
8561 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTCTCTGTGTGTTGTTCAGACC
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTGTCCTTCCGGGTGTCGCTGCTATAGTTTGACTGTCGAATGCGGATCCATCGGAATCAAAGAGATCCCACAAGGCATCACACAAGGGACGCAG
Seq A exon
GTGAGTGATCGTACAGGGAGTGTGGATGATTCTCAGAATATTGAGATAAATGTGTTCATTTACGTCATACACACAAGTTCTTTCTTTGCTGGAATTGATGGGTCTATAATAAGACTAGTGTTCGGTGATATACAAAATTTTCAGATCACCATATCGTCCTCCTGTGAGCCAATACACGATACTATAGGGTATATGCCGAAGCATGCTAACAGGACTTTGAATTTGCCAGTAACCTGGGTTAGGCGCTTCCTGTCAACTGTATGCCAATGCAAAAACTGGCGCATTTAAGGTCAGTTTTCTTTAAAAATCAGCGATCTCCACTGGCTGATTAATATCCGATATAAAGTGGGGCTCAGATTGTACAAGAAGCACTGCACTAAGTTACATTTCCCCCCGCCATGTCTTTATAATACGATCATTTATTTTACTCCAGTATATTCAATGGGCTTTATTCAAATAGCTTCTGCGCTATTCTGCCGATTCTGACGGGCACGTGCAGGCAAACGGCTTTTTGTCTCGTTTTACGCTTGAGCAACTAAATGAATGCCAAAGTCTATTTAACTGAGTGTATTTTAATTACATTACAACATCGATGCTGTAAAAGGAACCATATAAAATGGAAAAAAATTCACAATAACAGGTCTGGAAGTTTATCAGAAAACACTAGCTTGACATATACCCTATTGCATGGGGGCGCAGCAGTGCTATGTTTACTTATTTGCTCGTTTATTGAAAAAAAAAATTGTATTTAATAACCTTTCGGCTGATTTTTTACTTATTTAATAATCTATTTCAGTTGCATTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCGGCTATCAGCCTCCAAATCTGAAGAATTATCGGTTATTGATATCGGCCAAAAAATCCATATCGATGCATCCTTAATACTTATCTATGCACCGAAAAAACGCGGATGCATTGATGGGATGCAGAGGATTTACTAGCTGCGCATGACTGTTTATATCTGGTGAAGGCATTTTCGTTTTGTTGAAGTTGAGTGCAGCCCGACTTTATGCCTAGTTCAGACTGCGTGATTTTAGCCCCGATTTTGGCTCGGCCACAGGTTTTGAGAAATCGCCGACAAATGCCTGAAATCACAAGCAAATCGCTGCTTGTGCACGTGAGTGACAATCACACAGTATGAACTTTCAAAGACGCGATCTGAGAGAATCGCAGATGAATCACCGATGCCTGCGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGAGCTGTCGGCGATTCAAATCATGCCGTGTGAATTGAGTTTTGACTGAAAATAACACCAGCGATAACAAACAGCCAATGAGAGAGCAGCTTTCACTTGTGTGTGCTTGTGTGTATACCTGCTGCAGGCCAGCGGGAGGCTGGGGGAGTAGTTAAAAGCGCTCTTTTTCGGTTTATTTGGACCTACAAAATGGAGGAAAAACTAGTGGAGGTTTGACAGGACTCAGGACCACCCGTGTCTGTTTGACGTTTCATACAGAAAGAAATTAGTTTATTATCAACGTTGAGGAGAAATGGCTAATTCCCTTTAAACCCAGATGAGCAAATATGTACATGTTCTACCCCATTAAAGGCTTCTTTCTCATTATGTAGTTAATAACAAAAGATATTCTACGTGTTTTTGGCTGTGAGACGTAGTTTGGACGAAGGTGTCAGCGATTCTTCCTATAGTGAAGTCATGCAATGTGAATGTCCCTGTCGACGATCCATCTAGCAGTGTAAACAAACGAAACGAAAACGCTAGCCCAGATAGTCATGCAGTGTGAAAACATCTGTGACACGACTACTTTGAAAATCATGTAGTCTGAACTCGGTATTAGTTTGATCATCATCATCGCAAAAGCAATAATCAAGTTTACATTTGTATTTGCTAAAATCTAACACAATGCTGCACTCTGGATATTGTTTTCTGATAAGAGAAATATCTTTTTTGGTTGTTTTATTTGTAAAAATCGTAAAGTAAAAAAATTATTGTACTTTTTTCCTTTGAGGAGGCTAGTCTAATTTTCAATTCATGCTAAAGATGCGTGGGGCTGCAGTCCGAAGCTGTCAAACTATTTGAAGGTCATTTATTATTAATGATGATGATTAAAAATATTATTCATTTTATTCAACAGTGTAATCAAAAAATGTAATGGATCTCCATAAATGCAAAACGAGCTAAAATATCGTCTTTAAATACATCACAGGCTTCAGCTATCGGCGAAATCTTTGCCTATCGTCGATACACGATACTATTGTCGATCGGCACAAATGAAAACCAACTGTGTTGTCACTTTGCATTGACTCATGTCTGGTCTCGCCTGGACCAAAAAGCAGCATGTGAATGCACAAACTGGACGGAAGCCAAATGATCAGTGCGAATGAGAGTGTGCGTTCTGCACCTGTGTGAAAAGATGTGTCTTTTTTGCACCTGTGGGTGATGGGTTTGATGCGCACACGCAGAGTAAACGCAGAGTAAACAATGCAGAATTTAGTATTATTATCCCAGTACTTGAAACTCACCACATAGGGATTCGCTCATGCAAATATTCAATTCAATTCAAGTTTAATTGTATAGTGCTTTCACAATAATCATTGTTTCAAAGCAGCTTAACAAATGGTGCACATTGCATTTCAATCAAATTTGGAAAAGTTAAGGTTATGAGTTATACCATAACCATATATTTTTACTAATTAACTAATAACTAATAGTTTTTAACAGTTAAAGTTATAACATTTATAAGCAGTTAACCTGCAGTTACAGTATAGAGAATACAGGTGATGGCTCTGTGTACATGTTCAATGACGTGCATTTGTAATAGTAATCTAAAAAATCTATGTCCAATGCAAATATTTAAGAAATATAGCAAAATTACAGCTGGCCTCATTGTGATCCTTATTGACTTAATTGTTTACTTGCTTCACACTTCAGTTTTTGTTCTTGCGATCTGATTTGTTGCTGAATAACCCATCAAAGCTCTTCAGTTGATGTATGATGCTGATTCTACATGCTGAATCGGATTAACGAGCTTCAATATTAACCCGATGAAAGGCAACAAAAACATACGACCCTTCATGAACAGCTAAATACTGCGTGCCGTGGGTCCGTTTCTCACAGCTTGGCACTGGCAGATCTGGCTTGCCTTCGGAAAGCACGTGCAGTCATGAATAATTAAGCAGCAGCCTCTTCTCATAGGATAAGAAAACTCGGCTTTGAATAATAATGAGAAACCGACGTGTCATCTTTGCACTTGCAGTTTTGCGATACGTCGCCGATTTTAATCCCGCCTCAAAATTCATTTTAAATCCGGAAGCTGAAATTAGCTGATTAAATTATCCAGTTTTTCCCACAATTTAAGCTAAGAGGTGCTAACATAGTCTTAACTGATGCTAAACACACAAATCTGTTAAAAACTCCGAAAAAAAAAGTACTTGAGAGTTTCGTGAACCTTTAAGATGATCAGTTTACTGAAATTTAAATTACAGTAGTTACTGTAAAATGTTCACATTTATTTAATGGAAACTAAAGACTGGACATGTCAGGGGGATCGGTTTCTTCCTCCATTTCTCAAGTGTAAGTACGTGCGATTGAAGTTGCTTCATTTACTCTAGCTTGCAAATGTATTTAGTTGTGATTTGTTACTTGTAACCGCATGTACTGCATCAGATTAACTCGCCTTATTCTTATATCGCGTGCAAAGCCACGTTAAAAACGTGACGTGTGCTGCTTTGTTTACATTCCCGTGGAGGAGTGTAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGTGCGCGTTGTCGTCCGGAGAAGTGTTATGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTTCGCGATGTCGTCTGGAAGAGGGTTATGTCTGTGTGTGTGGACGCGTGCGCGAGGATGAGGGGAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGAAAAGAACAGAATGCGACAAGCTAGGAGATCTCCTTGCCAGTTCTTGGGAGTTTTTGATCAATAAAATAGGTAGTCGTCTGTATTTTCAAGTCCATCGTCTGTATTTACATTCATCCACTGGCAGCTAAACTTCACGCCTTACACTATCGAGCGTGTATACACTTTGACTACTTCTATTTTGTTGATTAGCTGCTAGGCATTTCACTCACATTTTAGGTGCTCTGTCTCTGACTGAAAGCAGTCATTGTCAACTAGGGGTGATCAAAATCGATCGAAATGTATGCTCAATTTCGATTATCGAATCAAAAAATAGAATCGTTGATGCTGCCACAGCCCTATGTCACGTCAGCTTGGCTTGCCAAGCGGGAAAATAACAGGCTTGTTGAAGTGCTTGTTAAACTGCAGAAGCAGGAGACCCGTCGACAGAGCTTAAACCCTCTCCTCTTTCAATGAAGTCACCGGTGTGTAAGCATTTTGGATTTCCAGTGAGTTATGTTGACAACGTTCGTGTTGTCGACAAAAAAAAAAACAAAACACAGTTTTGCAAGCTCTGCTATGTACGTATTACGTACGGTTCGTCCGATAGACAACACCGGCATCGCGATCCTCCGCCCGCCCCCGTTGCAAATCCGCTCGCGAAAAGTACACACTCAGGCCCTGTTTACACTGTCTTTGTTTTTAAATGGCATTTTAGAACGACAACGATTTGACATCCACAGTGGCGTGTAGCATTTCTGAGCAGCCCTCCTTCCTCTCTACCTTTCCTCTGAAAATGCACATCACGTGACCACACAGACACAGACGCACACACAGCCATATGAGCTCGAGACAGCAGGTCCAGGCAGTCAGAGGACTGCTTCAATCTTTCACTCACTTGTACTTTGTCATTTTAGCGAACATCTGTTGGCTGGTTCCTGTTGGTTGTGCATCTTTTTTACCGACGCCATTATAACGACACAGATCACTGCCTATTCACAGTCCCGCAGAAAAAAGTGATTGACAGGTGGTAATTATGTGTGTATCTTGCCTTTATTCATTTACTGTA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Seq C2 exon
ACCATTTTTCTGCAGGACAATGCCATCGGTCAGATCCGCCAACGGGACCTGTCTGACCTGGGCCAGCTACACTACCTCTACCTGCAGAACAACAGCATCAGCACGCTGGAGCCCGGGGCCTTCAGGAGCCTCGGTCTGCTTCTGGAGCTGGCTCTCAACGGGAACCGCATTCACCTGATCACGGCAGACGTATTTCGGGGCCTCGATCACCTGCGCATCTTGTACCTTGCAGGAAACCAAATCAACAGACTGGAGGATTACACCTTCCGCGGACTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101704:ENSDART00000167430:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0146213=LRRNT=WD(100=81.8),PF138551=LRR_8=PU(4.9=9.1)
A:
NA
C2:
PF138551=LRR_8=PD(91.8=60.2),PF138551=LRR_8=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]