DreINT0093805 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016085 | mbnl3
Description
muscleblind-like splicing regulator 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081002-3]
Coordinates
chr14:30686526-30718904:-
Coord C1 exon
chr14:30718665-30718904
Coord A exon
chr14:30686691-30718664
Coord C2 exon
chr14:30686526-30686690
Length
31974 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACT
5' ss Score
9.01
3' ss Seq
CCCTCTTCAACCCCTCTCAGGGA
3' ss Score
8.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGACGCTGTACACGTGATAACTGTAAGTACCTGCATCCTCCGCCTCATCTCAAGACCCAGCTGGAGATAAACGGCAGGAACAACCTGATCCAGCAGAAGACCGCAGCCGCCATGCTGGCCCAGCAGATGCAGTTCATGCTGCCTGGAGCTCAGCTGCAGCCCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016085:ENSDART00000130976:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.141 A=NA C2=0.447
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=43.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]