GgaINT0072170 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000029157 | MBNL3
Description
muscleblind-like 3 isoform 5 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001156813]
Coordinates
chr4:3502601-3527002:-
Coord C1 exon
chr4:3526767-3527002
Coord A exon
chr4:3502766-3526766
Coord C2 exon
chr4:3502601-3502765
Length
24001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TGTTCCGTTCTGTTTTTCAGGGC
3' ss Score
12.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGCAGTAAATATTGCCCTGAAGAAGGGTGCGATTGCTTGCATTTTACTTTTTGTTTTTAATATGGCTGTGAACGTTTCCCTGGTTCGTGATACAAAATGGCTGACGTTAGAAGTGTGTCGAGAGTTTCAGAGAGGTACTTGTTCTCGGTCTGATGCAGAGTGCAAGTTCGCCCACCCGTCACGGAGTTGCCATGTGGAAAATGGTCGAGTTATTGCCTGCTTTGACTCCCTAAAG
Seq A exon
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Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=43.1)
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PU(4.0=1.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]