MmuINT0096312 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036109 | Mbnl3
Description
muscleblind-like 3 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444912]
Coordinates
chrX:48492381-48517841:-
Coord C1 exon
chrX:48517595-48517841
Coord A exon
chrX:48492546-48517594
Coord C2 exon
chrX:48492381-48492545
Length
25049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTAAATTTTTTGCTACTAGGGT
3' ss Score
6.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCTTGAACCATCTGCAGTCATATTATTCTCTGAAGAGGGTGCACTTGATTGCCAATTTGCTCTCAGTATGACACCTGTCAATGTAGCTCTAATCCGTGATACCAAGTGGCTGACTTTAGAAGTCTGTAGAGAATTTCAGAGAGGAACTTGCTCTCGAGCTGATGCAGAGTGCAGGTTTGCCCATCCGCCAAGAGTTTGCCATGTGGAAAATGGCCGAGTGGTGGCCTGTTTTGATTCACTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCGGTGCACTCGTGAGAACTGCAAGTACCTCCACCCTCCACCGCACTTAAAGTCGCAGCTAGAAGTTAATGGGAGAAACAATCTGATTCAACAGAAGACTGCCGCAGCCATGTTCGCCCAGCACATGCAACTCATGCTGCAGAACGCTCAGATGTCATCTCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036109-Mbnl3:NM_134163:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.186 A=NA C2=0.736
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=42.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: