MmuINT0096312 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036109 | Mbnl3
Description
muscleblind-like 3 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444912]
Coordinates
chrX:51139204-51164664:-
Coord C1 exon
chrX:51164418-51164664
Coord A exon
chrX:51139369-51164417
Coord C2 exon
chrX:51139204-51139368
Length
25049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTAAATTTTTTGCTACTAGGGT
3' ss Score
6.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCTTGAACCATCTGCAGTCATATTATTCTCTGAAGAGGGTGCACTTGATTGCCAATTTGCTCTCAGTATGACACCTGTCAATGTAGCTCTAATCCGTGATACCAAGTGGCTGACTTTAGAAGTCTGTAGAGAATTTCAGAGAGGAACTTGCTCTCGAGCTGATGCAGAGTGCAGGTTTGCCCATCCGCCAAGAGTTTGCCATGTGGAAAATGGCCGAGTGGTGGCCTGTTTTGATTCACTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTCGGTGCACTCGTGAGAACTGCAAGTACCTCCACCCTCCACCGCACTTAAAGTCGCAGCTAGAAGTTAATGGGAGAAACAATCTGATTCAACAGAAGACTGCCGCAGCCATGTTCGCCCAGCACATGCAACTCATGCTGCAGAACGCTCAGATGTCATCTCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036109:ENSMUST00000114876:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.131 A=NA C2=0.368
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=42.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types