HsaINT0100454 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000076770 | MBNL3
Description
muscleblind like splicing regulator 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20564]
Coordinates
chrX:132406228-132439690:-
Coord C1 exon
chrX:132439435-132439690
Coord A exon
chrX:132406393-132439434
Coord C2 exon
chrX:132406228-132406392
Length
33042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCCCTATTCTTCATTGTCAGGGT
3' ss Score
7.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.169 A=NA C2=0.352
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=42.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development