GgaINT0072170 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006066 | MBNL3
Description
NA
Coordinates
chr4:3519903-3544246:-
Coord C1 exon
chr4:3544071-3544246
Coord A exon
chr4:3520068-3544070
Coord C2 exon
chr4:3519903-3520067
Length
24003 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TGTTCCGTTCTGTTTTTCAGGGC
3' ss Score
12.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGGCTGTGAACGTTTCCCTGGTTCGTGATACAAAATGGCTGACGTTAGAAGTGTGTCGAGAGTTTCAGAGAGGTACTTGTTCTCGGTCTGATGCAGAGTGCAAGTTCGCCCACCCGTCACGGAGTTGCCATGTGGAAAATGGTCGAGTTATTGCCTGCTTTGACTCCCTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064219=zf-CCCH=WD(100=43.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]