Special

DreINT0094980 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
multiple EGF-like-domains 10 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080506-1]
Coordinates
chr10:16184238-16188695:+
Coord C1 exon
chr10:16184238-16184368
Coord A exon
chr10:16184369-16188566
Coord C2 exon
chr10:16188567-16188695
Length
4198 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTTAGT
5' ss Score
-2.24
3' ss Seq
TTATTTGTGCTTACCCATAGCAT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGTGTCCCAGTGGCAAGTTTGGCAAGAACTGTGGAGGGAGCTGCACCTGCACTAATAATGGCACTTGTAGCCCCATGGACGGCTCATGTCAGTGCTATCCCGGCTGGATTGGCAGTGACTGCTCACAGC
Seq A exon
GTTAGTATCATATACCTTACCATACCGTATACCACACTACCCTTTCAACCAAGTGATCAGTTTTTGTTTTGTTGGATACTTTATTGTCCTCTAAGGAGGAATTTTAGTGGGTGCATACAGTAGCTTTTCTGCATAGTCATATATAATAAATAATAATAAAAAAAACAAAGAGAAAAAAAAAAGAAAACAAATACAGTTGAAGCCAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTGTTTTTTATTATAAATGTTTCCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGCAAATTATCACCGTATGTCTGATAATATCTGTTTTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAATAAAAAAAAAAACAATTTAGGGTCTAAAATATTAGCCCCTTTTTTCGATAGTCTACAGAATAAACCTTCGTAATACAATTACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGCCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTTAAAAATATCTATTAAAATAGTATTCACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTATAAATTAGTTATTAAAATTATTATGTTTATAAATTTGTTGAAGAAATCTTCTCTGTTAAACAGAAATTGTAGAAAAAAATTAACAGGGGGGAAAGTAACTGACTTCAACTGTATATAGACATGCCTGATTAATGTTTAACAGTCTGATTGGGATTGGACTCTATGTTTTCTGTCAGAGGGTTAGAGATCATAACATGCACTGCAAAAAAATGCTGTAAAATGTACAGTATTCCTGGCAATTTTGGTTGTCAGTAATACTGAAATATTTAAAACTGCACTGTAAATGAACTGTACCAGTGTCTGGTATGGTATAGAGTGTTGGTTTATTCTTTTAGACCTATAAGTTCCTGTTGGTTTGAACAAAATAAAAATGTTTAGATTTAAAATTTACAGGTTACTGTACCATGTGGGTAAACCATACTTGATGACACTCTTAAATATGGACTGATAAAAAATACATAATTTTGCTATCAAATGCAAAAACATAAAGCCTTTGGGGGGTTTTCACAGACCGAGTTAATATAAATGATCCCATGTAAGTGATTTATCCATATACTGAAAAAAATATTGGTTAATTAACAATTTACATCTTTTATTGACATTTTATTTGTTTGAAATAATATAGTTTATAAGAAATACCATATAGAGAAATATCTGTGATATAACAGAAAATGTAATAGCAGTTTATTACAAGGTTTTTGTCTTATAATATACAACATCAACCGAGACTACATATATCGCTTTAAACTATTAAAACTGTTAATAAACTTTTCCACACTAAAAAATGTTGGAAGAAAGATCAAGGTCTCATAGTGCTATTAAAATGCGTAAATAAATGGTAACATTAAAAAAAAAATTACAAAATACTGAAAACAGATTTTTTTTTTACAGTGCACATTTGTGGTTGCACCTGAGTAATTTCTGGATTCTGAACAAATACTGGCATCAAAACTTATTTCCTTTTTTTATTTATTTCAAATTCTTTATACTCTTGCTCTGTCAGATTCCGCTTTAAACAAATATTAATGTTTGATTTGCATGTTTTGTAGTTTCATGGTTCAATCTAAATTGACACTAAACTAAATTGTTTCTCTAGGTTTATGGCTATCAGGGGATTTACTTGTTGGCCTTACTTACTATTTAAGAGATTGTGGCTGTCTAGACACTTTCTCTCATATCAACCACAGCTCTGCAGCTGTCAGTGTTGAATCGCTGGGTCAGGTTGGTTTGGAAGGACATGGGCTGTGGTTGTGGCATGTCCTCAGATCTTTTCAAAGCGAATTCGTTGCAGCTGTTCACTAGTCTGATCTGATCTGATCTGCTTTTGTGATTTGAACACAGATGTTCACAAATGATAGCTGAGGTGTTTAATAAAGCAGTCGAGTGAGCACTTTTCAAATAATTAATTTGATATGCGAGTATTATCTTACTGAAGACATGCACTATAACTAGTGCTTTGTAAATTAGAGACAATTTTCTTTGTCCCATTAGGAGATTTTCTTTCATTTATTCAACTTATGGAAGTCACTCAGTTTTTGAACGTTTGCTGTCTATTGCTAAGCGCTCTTCATCCCCTTCGTGTGATTTTAATTTCATTAGTATCCATGGTCTCTAGCGCCCCCTGTCGATCGTATGTAAGTAATGTTAATAAATAAATGATCGTAAGTAATGTTAATAAAACGCAGATGCACTGCTAATGTTATAATCAGCTTGCGAATTGGGTGGCTTGACACTTTTTCTTGTAAATTAGGTGTTTGTAACTACATATAAAGAGTTCAGATGCAAAAACCTCTTAGTGCCATCTGAAATTTTCTTCTAAAATTAGCATTTTTTTCCGAGACTCCTATATTTATGTTCACTAATTTCACATTAAAGGCATTGAAAATAGCATATTAATTGACATAAAAGGGAAATTACTCAACTTATACATAGTAGCTTGGAGAAAAATTCAGATGGCATTTAGAGGTTTTTGCATCTGAACTCTTTATATGTTTTTAAAAATTCACTGTATATTTTATGTTAAAAACAGGGTATCTTTGGTCATTTTTTTTTTGTTAAAACAGCCCGTCACTCTTAGAATCCAAACAATATCTCATTTATTCATTCGTTCATTTCTTTTCGGCTTAGTTCCTTTATTAATCTAGGGTCGCCACAGTGGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCACATGCTTTACGCAGCAGATGCCCTTAATAAACAATATCTATCAATCAATAAAAAATAAGCTTGATCAACAAATGTGATACATTCATTCATTCATTCATTTTCTTGTCAGCTTAGTACCTTTATTTATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACACACACTCATACACTACAGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAATCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACCCAAAGGCAGGGAGTTCATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAGGCTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGCCACAGGATTCCTTAATTAATTAATCATTTTATTCCCTATTATTAAAAATAACAAGAAATATTTATTGATGATAAAAAATTATTCAATAATTAATGAAGCAAAATAATCTCTAAATAAAGGTCATGTCACCTGAGCTGTTTACATAGACTATAGAAAAGCCTTTGATACAGTTAATCATACTATTCTTTTAAACAAATGTATTTCTTTTAACCTCTCTTCTCCTGCAATAGATATGTTTTTATCATATTTATCCAATAGATCCCAGGTTGTTAAAATTGGTACAACAACATCACAGGCACTAGGTTGTTCTAAGGGTGTTCACAGGGTAGTATTTTGGGACGTTTACCTTTCCTGATGCATATCAATGACCTCCCTCAGGTAATCAGATTCAGATTCTTTATTGAGCGCTGATGATACTGTGCTTTTTGTGTCTGGATCAAGTACAGACTCAATTAATAATAAATTAAATACAGATCTTACATCAATGGCTGCAAGACAATGATTTGACTATTAACGTTAAGAAAACAGATTGTATGTACTATTACTCATCTAGGTGAAAATTATCCATATCCAATGCCATCCCTTTCTCAAATAAAACACTTTTCATTGTATCTACATACTGTATCGATATTTGTGAATCAGTCTAGACTCTCACCTTACTTAATGCGGCCATGTTCAAAATGTCTGTAATAAGCTGAAGCAAAAACCATTTGTTTATGGAAAAATTAGGACAAATTTGTCTCCTTCTGTTTCAGAAATTTATCTTTATTTATACAGCTTTTGGATGTTGTATAAATCCCAGTTTCCAAAAATGAACACTTATGACTTTTATTATCCAGGGTCACAAATTGTAATATTATATCACGATATTTGTATTATTTTATTGACAACTTTTTTTACTGTATCTTTAACCAAAACACTTTGGGATTTGAACATCTTAAACATGCCAGGCTTTTTACCAGTAATGCCAAGTTTATTATTTGTGCTTACCCATAG
Seq C2 exon
CATGTCCTCCGGGTCAGTGGGGTCCCAACTGCATTCACACTTGCAACTGTCACAATGGAGCATTCTGCAGTGCTTATGACGGCGAGTGTAAATGTACGGCCGGCTGGACAGGTCTCTACTGCACACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017229:ENSDART00000043936:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PU(69.0=64.4)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(28.6=27.3)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]