DreINT0095011 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062686 | megf11
Description
multiple EGF-like-domains 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-252]
Coordinates
chr18:19256340-19259975:-
Coord C1 exon
chr18:19259729-19259975
Coord A exon
chr18:19256461-19259728
Coord C2 exon
chr18:19256340-19256460
Length
3268 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTGAGT
5' ss Score
7.83
3' ss Seq
TCGCTCTTGTGGTCGGGCAGCTG
3' ss Score
5.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGTGAAAGTGGCTACTGGGGCCCCCATTGCAGCAACCGTTGTCAGTGCAAGAATGGGGCCCTGTGTAACCCCATCACAGGGGCCTGTGTCTGCACAGACGGCTACCAAGGCTGGCGCTGTGAGGATCTGTGTGAGCCCGGCTACTATGGCAAGGGCTGCCAGCTGCAGTGTCAATGCCTCAACGGTGCCACCTGCCACCACGAGACGGGGGAATGCATATGCGCACCAGGCTACATGGGCCCCAT
Seq A exon
GTGAGTACCGGAGATGAAAGAATATTGAAATACTGTATGAAGGTTAATATGTCTTTCCTGTAATATAGAGGAGACAAGGGCAAGTTGTTTCTCTTGTGAAAAGGGTAGGTTTGTTTTTGAAAGTCAATTTCTGTATAGCCATACACCTCTTGACTACAAAAAAGGCTTTCAACCTTTGCAGTATCATTGCCAAGGAAAAAAGAGAAAACACACAATCACCTTTTGTGACCTTTTGTGTTGTCTTAATAGGAACCTGGTATTACATTGTTTGCTTTTTCTCTTATAAATTTTAACAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATTGGAATACAAAATATTTTTAAAAATCTAAAATAATTTCTAGTTTTCTAGTTACATTTTTCTAATTACCCAACTCATTTTTAACGTATCATAACTTAATTTTTTGTCGTTAGTCCAACTTGTTTGCTTTTTCTCTTTTAAATCTAAACAGAAAAACTATTTTGAAACACAAAATATTTAATAAAACTGCAATAATTTCTAGTTTTTTAAACAAAAACTTTTAGTCACAACTCAGTTTTTTAAGTTATTATAATAACTTTAATTTTCATTGTTAATGCAACTTATTTTTTTGATTACAACAACTTTGTTTTTTAGTTATCTTAACTAGAAAACTTATTTTTTGAGTTTTCATTACTTTTTTAGTTATTCACCTTAGTTGTTTTATTTAGTTAGTGCAATTTACATTTTCTAATTATTGCAACTTAATTTTTCTAGTTCCCATAACTTAATTATTCTAGTTAACTCAACTTTATTGTTGTACTTATTTTTGGAAGTTCTCAAAAATATATTTTTTGCAGTGTCCAAAACTTTTTTTTCTAGAAGATTGCATGAACCCGAGTGATTATTTATTATTTGTTCATGATAATAAAGGCCCACACAGAATCTGTGTGCGCAGAAATCTGCTGATTTTTAGCCCATCGAGTCTATTTATTTACTTGTGTAAATGTGTGTAAGTTTATATTTATTCAGTTTTTAAATTAATTTCTGTAATAATATTGACTATGATGGAAAATGTTCATATGATTTATTTACAATACACTTTGTAAAGTAATATTTTCTCTCTTTTAGTAGATATATTATATGAGAGACTTGCTTTGTTTACCAAATAAGGGGATCTAGATGAATATGCATTGTAACCATTAAATAAAAGTTAAAAAGCTGTTATTTTTATTTAATATGTTAAGATTTTAGTTAAGATACTCCCAAAATAATTCCTGCATAAATCTGCAGATTTTTTGCAAAATTCCCCACAGAAATAGCAAAAATTCAAAAGTCTGCAGATTTTGTCTGGCTCTAATGATAACTAATGCAATGACTAACACAATATTATATTTTTAACTTGACATTAACAAAGATTTAGGGTAACACTATAGTTTGTATGGTATAACCACTGGTGTATTACCTGCTTCATATTTAGATATTAACTGTATTATCTTATTCTGCATCCCTACATCCTAAACCCAACTACTACCTCACTATTAATAAGTCACTAATTGATAGTTCATTAAGTTAATAGCCATAAAGGGAACTAAAACTGAAAATCTTGTAATTTACTTACCCTTTACTTGTTCAAGACTTGTTTGAGATTCTTTCTTTTAGTTTGAAGAAAGCTGAAAACCTGTAACCACTGACTTGCATTGTATTCATTTTCCTACTATGTAAGTCAGTAGTTACAGGTGTTCAACTTTCTTTAAAATATCTTCTTTTGTGTTCAGCATAGTAAAGAAACTCATACAGGTTTGGAACCACTTAAAGGTGAGTACATGTTCAATTTTGGGTCAACTTTCACTTTAACTAATGGTTTGTTAATACAGTGTAAAAAGTGTTGGGTTCCACACAATTCCTACATGTTGTTCCAACACAAATCGATTAAGTTAACTTAGTTGTGTTTAATTTTGAAGTAGATTGAACATAAAAAATTAAGTTGCCCTCACAAAAAAACCCAAGAACTGATTTATTTTTAATATTTGAACAAGCAGCAGTGAGTGTAGCATGAATTGTACAGTAAAATAAAGTGTTAGCAGGTAAAGTAATTGGGTCACATTTTACAATAAGTTTTTGTTGATTAATGTTGGTTGTTGCATCTACTAACATGAACTAATATATGCTTGTTGACATTATACAATGGGTGCGACGCAGTAGTACAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCCCAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTTGGTCAGTTGGGGTTTCTGTGTGGAGTTTGCTTGTTCAGGGAGAACAAGCAAACTCCACACAGAAACCCCAACTGACCAAGCCGAGGCTCGAGGCTCGTGTTCCCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGTTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGAAAGAGTGTGTGTGGGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAAAATGTGCTAGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCTGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAAGACAATGAATGAATGAACATTAGTTAATGCACTGAGTTAACGTGAGTTAGTATTTTCATTAACTAACATGATCAAATACTGTATTAAATGTAATGTATTGTTTATTGTTTAACATGTCAACATTAACTAATTCTATCTAATACAACTTTATAGTAAAATGTTACCAGTAAATGTGTTTTTCATTATCAAATACATTAGTAAGTAAATATTAACAAAACAAACTATTACTGTAAATAGATGCATAACATTAACAAGGATTATGTATTGCACAACAAACTCATTGTTTACCATTAGTTCATGTTATTATTATGAAAAAGCCATTAAAATTGTATCAAAAATGTAAAGTAAATCATTTTATACAGTGTATGCTTCTGTGCTTAATTCATTTATCTACTCAGAATTAACTGGAAAATTGCTCTTCCTCCAGTCTCTCGTGCTAATCTACATATGATGCACTTACTCTTTGTCTGTATTCATTGTTGCATAGTTGAAACGCTGTGAAGTACTTGTGAGGGTACTTAAAATAATATGGTTGGATTTTTTTTTTTTAAGTATTTGTTCTAAAGTCTTTGAACGTTCTTGTGTTTTATGTTGCAATCCTTTGCAATGACTGCCTGGGTTTCATGTTTTCGCTCTTGTGGTCGGGCAG
Seq C2 exon
CTGTGGAGAGCGCTGTCCCTCTGGAAGTCACGGGCCACAGTGTGAGCAGCGATGCCCCTGTCAGAACGGAGGAACCTGCCATCACATCACTGGGGAGTGTTCCTGCCCGGCTGGATGGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062686:ENSDART00000147902:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=53.5),PF126612=hEGF=PU(84.6=12.8)
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=PD(7.7=2.4),PF126612=hEGF=PU(61.5=19.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]