DreINT0098427 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005590 | mtf2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060512-94]
Coordinates
chr2:10820999-10826892:-
Coord C1 exon
chr2:10826785-10826892
Coord A exon
chr2:10824792-10826784
Coord C2 exon
chr2:10820999-10824791
Length
1993 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGATT
5' ss Score
5.95
3' ss Seq
TTTACTCCATTCCCCTGCAGTTT
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCAAAAGTGAAACATTTTTGCCTTCATCAAGTACCTCAGATGTTGAATCGGTTGGAGCCACCAGCACCAGTGAAACTACCTCAACCACCCTCTCAAGGCAGTCCAG
Seq A exon
GTGATTTATTCTTCATTTAATCATGGTTATTTAAGTTTCACATTTTCTTGACAAGTAAAGTTATTGCAAACTGAATCTGTAATTTTCATTCATAGTTTTAGCATGTTTAAAAATAAATTCAACCTCACAATGTGAGACTCATTTTAACACACTGCCACCAAAACTTTTGTCAAAAAGATTTGGACATTTGACAGTTTTGACAGTTCAGGGCCACCGAACAAGCGAAAGATAAAACACAAAATGTGGTCACTTCAGCCACAGATAGTGTTATGACAAGCACAGTGGATAATATAAGGGCGTACTCACACTATGCCAGATTCCCAATTCTATTTTTGTACCTCTACCCCTTCCCCTTGGCCCTTACAACCAAGTGTGAAGGGAAAGGGCTTCAAAATTTACCCCTAAGAATTGGGACAGCACTACAGCACCTGCACATGTCAAAATATGTCATCGCGATCTCTTGCTTCATATGAGATCATACGATTGCGACTGCTGTAGTAATTCCAGTTGTGTTATTTTTTTGGTATTTATCCTCAGGAAATCACTGAAGGCTTATATTAGGGGTCACCAATCTCGGTCCTGAAGGGCCGGTATCCCTGCAGGGTTTAGCTCCAACTTGCCTCAACACACCTGCCTGGATGTTTCAAGTATACCTAGTAAGACCTTGATTAGCGTGTTCAGGTGTGTTTTATTAGGGTTGGAGCTAAAATGTGCAGGAAACCGGCCCTCCAGGAAAAAGTTTGGTGACCACTGGCTTATATCATGTTATCATAACGATCTAATATGGAAATAGGATTGTAACTGTACTGTGTATTTACAAAGTGGGCATATTCATCTATGTAAACACACCAAAACAACATTAACATTGTAGCAGACACTGTAAGAAGCTTATTCTCTACCACTAGACTTTTCTGACAGGGTTTTCGAGTGTCAGAATGTTGTGGGACTGCTATACAGGAGTTATTATTAGGGATTATAGATCACGCAATTTAATATTTTTTATTTTAGGTTTTTTTTATTTTAAAGCATGATGATATAACACGAACACGGTTATGAATATATTCAAACGTGTTTGTTTGTTGTAAAAATTTGTTATCATGACAAAAAATACTAATTTGTGGATCTCCTTATTTCCGGATGCAGCTGTGGCTGGTGCATTCTGGAAAATTTTTCTTACCCTTTGGTTTCGAGTGTGGTCCTGAAAAATTTTTGTTTGAAGGGGTGTATACCCCTTGCCCTAAGCCCTATGTCTTTAAGCTAAAAGAGAATTGGGACACCACTACCCCTTCACGAGCATTCGCAAAATGAGGGGAAGGGCTAAGGGGTAATATTGGGATCGGGCCCATGTACAGTTGCCTCGAACCTTGTCTCCCCGACGGCCTGCACTCACATTACATTCGGGCCTGGGCAATCTTACGTCATCGATGGTGCGCTGTTCAGTAGAGATAATCATAAACAATCATAAAGTCTTCGTGGTGCAGGAATTAGGAGATTTGCTGAAGGTGCAGCTGCCGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTCCTTAATAATCTACGACAGTTTGTGTTTATTGAACGGTAAGAATGATTAATAAATCCATAGGAAACAGTCCTGTAAAAGTCACATCTCATCTTCAGTTTCGGGCTTAGGCGCGCTTTGCACTCACACTATAAGCGTGCCGCGCCAAAGCCCAAGTGATCTGCGCTCTGCACACCTCTTCCAACCGGGTCAGGGCCGGCCAAGCAAACTGTGCCTGAGCCCGATTCAAAGCACTCACACTTCTCAAATGATCCGAGAAACGGGCCTGGGCAAGGTTCGGATAGCATAGTGTGAGTAGGCCCTTAGACTGTGGAGGACAGTTGAGAACCCGTATGCTGGATTCAGTGACTGGCGCACATCTTCCCTGCTGTTGTTTAGAGGGTGTTTCAACTTAATGCCCATTTCATTCCTTACTAAATTCCCATTCTGATGATTTAACCTGTTTACTCCATTCCCCTGCAG
Seq C2 exon
TTTGGGCAGTCCGAGTGGACCACGCACTGGATGTTTTTGGCCCACCATCACACAGCCCCCAATTAAGAGGCGCCGAGGACGTCCACGACGAGCACTGCAGCCCCCAAATCCAGAGATTCCTCCAGCCAGCAACACAGAACCACAACCCACCACCAACAACATCATCCCGGAACCCAGCGCTCTTCCCTCCTGCCTGTACAGCAGCATGGACATCATGCAGGGCCTGGACCCCAACACCCAGCTCAACCACCTCAAGAGCTCCATCAGCACTTACTTCGGAGCCGCCGGTCGCCTGGCCTGCGGAGAGAAGTACCGTGTCCTCGCTCGCCGCATCACAAACGACGGCAAAGTAGAGTACTTGGTGGAATGGGAGGGCGTCACTGCCTCCTGAGCTCCATACCGGGTGTGTTTTAAGACTGTTTAAAGAGGAGAGTCGTGATTGAGACTGAATGTACGTGGATGACTGAGATATTTATGGCCCTCAGGACTACGATAGACATGAAGCGATGAGACTTTTGGAGTTTTGTCTATGTGGAAACTCGAATGGACTGCCTTCATGTGGACTAAGGTGGCTGTAGTTTCAGGTTGAAAACGTTGTCAGTTTGCTACTACAGTATGTGAAAAAAACCTGAATCCTTGCTTTTTCTGTTGTCGTTGTTTATGATGTGCAGGTGCCTTAAGGGGATGTGAAACGGATACTATATATATATGCTGCTGGAGACTGAGGATTTTGCTTTTGTCTTATTCAATTTTTTTCTCATAGCTCGAATTGCGAAAGTGGAGAGAGAGCACTATTGTCAATAGGGCACTTTTTTTTATTTACATTTCAATTGATTGCACATACACTCTCGTCCTGTACATCCAGTATTGACTCATCTCAGTTTAGAGGAGTCGTTCATCCAGAAATGAAAGTTGATTCGTAATTTACTTGCCGTCTTATGTAAGCTTTTCTTTCAGATGAACTCCGATATCCTGGCTCTTCCCAGATTTAATGGAAGCGAATAGTGCTTGAGTTTTTGAAGCTCCGAAAAGCGCATTCATCCGTCATTAAAGTAGTCCGGAAGACTTCAGTGAGTTAATGAATGCCTAAAGAAGCAAAGCAAATGATTTATAATAAAAATCTGAGCTGAGTTTGAACATTTAACCTATATTGCAGAAGCGAACTAGAATGATTTGGCATTAGTGCAATAGAAGAAATGAATACGTTAATGTTCACTCACCATTTTAACACTGATACTTATGCAGCCCGAGTACAGAAAACAACTCCAACACAGTATGTCGATTCTTATTTTATTGTCCATTATGTCATAATATGAGTCTCGTATGTAGTAGGGTTGTCAAAGGTATCGATTTCGATACCAAACGGTAATTGGTAATTTTTTAAATGTCAGTTTTCCGCCAACATTATAGCGTGTTCTTAAATACTGCTGATTGGTTGTTGTGTTCATGTGCGCAATAGATATGACTGTGATCATCCAATAAGATTTACCACTCTTCCCCACTGTTCACCTAGCGCAGGGGTGTGAAAACTCGGTCCTGGAGGGCCGGTGTGCTGCGAAGTTTAGCTCCAACTTTCTATCTAGTAAAAAAAATCTAGTATACATAGAAAGAGCTCGATTAGCTGGTTCAGATGTGTTTAATTGGGGTTGGAACTAAAATATGCAGGACACCGGCCCTCCAGGAACGTGTTTGGACACCACTAACCTAGCGCAAACACAAATACGCGGACACTGGAGCGTTTCGTAGCCAAGTGAAACAGTCGTTCATTAAGCAGATCGCTCATATGACATATCCCCTAAGGCTTCTGAAACGCTTTGTGTCTGTGATCATATCTGTATCTGTTGAGCAACATGATGGCCAATGAGCAGAGTTAAAGAATTTTAACGAAAAATGTTCACGTTTCAATGTTAAAACATTTTTCTAAAACGTTTTCTTTTTGTTTATTTCCCGCTTACATGAGCATGTACTTCAGTACCACTGATTGGCCGTTGTGTTTATGTAACAGATATGACTGTGATTGGCTAAGAAGACCATCGGTTTACCACTCTTCACCTGGCGCAAACACAGATACACATCGAACAGTCGACCCCTCAGCGCATCGCTCATATGATGGATCAGCTGATAGACGTGGCTTTTGAAACGCTCCAGTCTTTGTTTATCTGTGTTTATATCTGTATCTTAAGCATGGTAACACAATGGCCAATCAGCAGTGAGAATGTTAACGGGACGTTTTTAAAATTTTAGTAGTGATTGGTACCAAAGTCGATACTTCTGACAAGCCTAACATGAAATGGATTAAGGTATTGATATTTTTAAGCAATTGATTATTCCACTTGTACTAAATAGTTCACTTTTATGATGAATGGACATGCTTAAACTCTTTAAAAACAAAAATGCAAAAAAAAAAGCACCATTCACTGCTATTATAGAGCCAGGATAGTAGTTAATAATATAACGTTAATGTTAATCTGAAGAACTAAAGGCATGTACAGCTAGTATATATTGTGGGTGAGCAGATTGGGATGGGTTTCATTCATTAGGTGACCTATTCCTTTAAACAGCCTAATGTGTTCATTTTGGACATGCTTACTGGAGCTTTAAACACTCGAGCACCATTCACTGCCATTATAATGGCAGGAAGAGCCAGGATATTAGTTAATGTAGCGTAGATTATGTTCATCTGAAAGACTAAAGGATATATTGACAGCTAGGATATATTGAGGGCGAGCCAATTGTGACAGGTTTCATATAGGTGAAATGTTCCTTTAAACAGCCTAATGTGTTCATTTTGTAATTAAAAAAAGCAAACAACAATGTAAAATGGTTAATTCTACTCTTGCTGTTAAAATGGAAAAAAAGAATTGCATTAATATTTTCAAACATTGTGTTTTTCTGAGATTTTGTTCACAAAAATTGCCAGAATTGAACGTTTATCATTTTGTCTCCTGAGGTTTTCGTTGTTTCCTTATTATTATTTTTTTTAGAAATACATATATCTTAAAATCATATGAAAGAGCGCTGTAGGTTTAGGAGGTCTTCTTCTAATAATAATAATAATATTAAACTTTAGCTGTTGGTACCTACCTTTGCAATTTCAGTTCAGGTTTTGAGATTTTCCTTTTAGGTTAAGTGGCGTTTTAGTTTCAGCCATTTTAAATCTGTTATCGCGGGGGAGGGCAACGTCTTATCGGTTTACTTTTTGTTATACTATGCAACAACTTCATAGGAACTGTGTATTATTAATATTATTACTTTTGTTTTTTATTTTGCAGCTTCACATCCCAATCAGAAAACAGCAGCAATATTTGTTACAATTGATTGACTCAGGCTTTTTGTGGTGCTATTTATTATTGCTTTCGAAACGTCGTACACTAACAAACTGTCCAGAGCACTCAGGATTCCTTACAGCCTCACTAAGATTTGATAAGACATCTAAATGAGATTTTTTTTTTTCCAATTCTCTGTATTTTCATACATTTCTAAAGTCCTCAATATTTGTGAAATATAGGAGGGAAAGTATTTTGTTTGCCCTGTTTTCAATAATACGATTGAGTCTTTTGCAGATGGTTGAAGTAGCATTGATATCAGGCAAATTGAACGTAATTACCTCCTGGTTTTGATACAAAAATAATAATTTGTATGAATAATAAGCTCTTGTTATGTGTATGAAGCATTATTCAGTTGGTGTACCAGTGTTAGTAAAGCTTGCTTTGTATTTTACTGGCTTTGAGCAGGCTCCTTTAGCCAAAGAATAAAGATCTCAAACCTTATTGGTGTATTTTCAACTATTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005590:ENSDART00000122709:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.523
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF140611=Mtf2_C=WD(100=38.9),PF0038519=Chromo=WD(100=19.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCTCAACCACCCTCTCAAGG
R:
GCGAGGACACGGTACTTCTCT
Band lengths:
353-2346
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]