GgaINT0037231 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005911 | MTF2
Description
NA
Coordinates
chr8:14688281-14692907:-
Coord C1 exon
chr8:14692803-14692907
Coord A exon
chr8:14690701-14692802
Coord C2 exon
chr8:14688281-14690700
Length
2102 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACA
5' ss Score
6.25
3' ss Seq
TTGTTTATTTTTTTTAGTAGTTT
3' ss Score
4.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATCCGATGGAACTGCACATTCATCCAATACCTCAGATGTGGAATCCACAGGTGCTGCCAGTATAAAAGAAACTACCTCATCTAGCATATCCAGACATTATAG
Seq A exon
GTAACAGTTGAATTACACTATCTACTATATTGATTAAGCGTTTAATATGTTATTTTTTAATGTTTTAATATGTTTTGAAGGGGAGACACAAAGCAAGTAGTTATGCATTACTTTACCTGCAGTAAACAGAAGTTACAGAAATTGTATGGGAATTGTCTTGCCAAAGAATAACTTCTAATGTTCTGTGCCTAGTTTCCAGAAACCTAAGGTTGTATTAAGCTAATACAAGTGAGTTTGTAGCCTTTTGACTAACTTCAAATAAATTTGAGCCAGATACTTCCAGAGAGATGGTATTTCAACAAGCTTTAAGAAGATTATCACTTGCATATGAGAGAGACTTAAAACAGCAACTCTAGTTAAAAGAATAACAACAAAGAAAAGACAAAACAAAAAGGCAATTTTCCAGTCATCTGCAGTCTAGTCACTGCCAGTGATGTGTGATGGGTTCTTTTGTTTATTTTTGTTGTTGATTGAGCTTCGGCAAAGCAAAGATTGAAGATAAGGTGTCTGATGCAAGTTGTGAGGCAGCTATAGTAGATATGAAACAGAGATAGGAATATTCTAAAATTTGTAGGAGAATGGGCAAGGACTTAAGATGTTGCAGAGGATATGGAATATCTGAGAATATGGGAGTTTGCTGGTAATTGTTATAGTGAGCTACTGAGATGTGAAGTAGAGCTGTAAATTGATCGGGAATCTAATGAAATAGAAGAAAAGAAAATAGTTTCTTCACAACAGGGGTGCTAACTATTGTTCATTGTTAATGTAAAATACACAATTACTTTTACATGAAACAAGTAAACTGTGTAAACACTTTGTGACTTTAACATAGGGTGCATATCTGCTCTTCTGTGACCTTTGTTAGGAAGGTAATTTTGGCAACGTTTGTTTTGGAAGGTTTGTGTACTCATTTTAAGGAATAGTGAGTATGCTGTAGATTTTAGTCTAAAAGTTTGACTCAGTCTTCATAAATAATTATAATCCACTTTTATGCACATAGAGTGCTACTTGAACCTTCCTCAGACATGGCTGCTCAGTCTGTATTTTGTAGATGGATCCTTGTTCTGTGTATTATGTCTCCTCTCTTTCTGGTTCATGTTACTAAGTCCTTTTGTATGTCATTTATGTGTGCATTACTGCAACAAATAATCTGTCTTCCTAAACTCTTCTGTCTTAGTGAACTCTGAAACAAGAAATTAAGTTGTTGTTTTATATTTCCATGGCTTATTCCATTGTTTGTTTTTTTTAATGTTTAAAAGGTACTCTTTTTTTTCCCTCAGGAGTCTTGAACAAGGAAGTAAGCGTACTGTTCTATTTAGGTTTTGTTTTAGAAAGTGCAAACTTCAGATGCGGGCTTTTACATAGGGATTTTTATCTTGAATGCTTAATATTTGGGTGATGGTTTATTCTTGGATGTCAGAAGCTCTTAGTTTTATTACCAGATACAGCTATCAGCGAGTTCTTCACATACATATTTTTCTGGCTAAATATAATAATGTTTGGATAGTCAAATGTGCACTGTAGAAAGTAGTCACATAGACTTTCAATTCTTTTTTCATGTTGTCAGTTTAAATTTGCTGAGATATATTCAACTTGTGGGGGAGGGAGAACCTTTGTGTAAAAAAAAAAAAACAGGAAAAAAAACCAAAAAACTTCTGCAGATCGTCCTTTTTATTTATAGTCTTCACCAACGTAAGATTTCAAACTTGTACAGTACAGCTTTTTTTGTAATAGGGGCCTACTGATGTGATGAAGCTGTATTTTTAAGTTACTAATCAAAGCATTTTTGGGGCAGAGTCCGTTGAAAAAAATTTTTGAAGTTTGCTTAAGATTGGAATTTGTCTGAATCAAAACAGTACTCTGAAGATACCTGGGCATAAGCTAATGTCATTTAACTAAATTGTCTGAGATGGGTTAACTTGTGCAGTTTTAATTATGGAAGTCTCTTTTGCAAATGCCATATTAGTCATCTATATACAGGTAACAAATATTGAAACTGAAAACCAGAACAGCAGTTATGAATTGAGTTTTATGCTTTATCATTTCTGTACATTTTGAATAAGTGTTTCCTGGAGTTAACGCTTGTTTATTTTTTTTAGTAG
Seq C2 exon
TTTATCTGATTCAAGAAAAAGGACTCGTACAGGAAGAACTTGGCCTGCTGCAATACCGCATTTGAGAAGAAGAGGTCGCTTTCCACGAAAAGCACTCCAGACTCAAAATTCAGAAATTGTAAAAGATGATGAGAGCAAGGAAGATTACCAGTATGATGAACTCAATACGGAGATACTTAACAATTTAGCAGACCAGGAGTTACAGCTCAATCATCTGAAGAACTCTATTACTAGTTATTTTGGTGCAGCAGGTAGAATAGCTTGTGGCGAAAAGTACCGTGTTTTGGCTCGTCGGGTGACACTTGATGGAAAGGTGCAGTATCTTGTGGAGTGGGAAGGAGCAACTGCATCCTGACTGTAGGACTGAACATTATGTTCACTGCACTGTCATCTGTAAGTACAGTTCATAATGCAGAGCCATGAGAGAAGTGTGTCTTTAAATGTTTCTAAAAACAAAACAAAACCAATTTAGCCTTAACGTGTAATTGTTATCATTACAGCTCTTGTGATAAAGACTTATCTTTTTAAAATCTGATCTGAAACTTAAATTTTTTAATCTGAACACTGTTAGATTGTTTTAGGTTGGGATATTTTGGGTTACAATTGCTTAAAAATGTGCATGGTGTTTAAAAAAAAAAAAGACATTTTCTAGAGAACATTCCATGGATACAGTTATTGTGATTTAGAGAAATATTATGTAGATAGCACAAATCTTTGAAATTTTTTTGGTTTGTTTTCTTACCCAAATGTTTGCAGAAATGTATTTCTATTTCAATACTTTCTAGATTTCATAAGTGCAGTGTATATAATGCCTACTGAAGACTGTAAAATACTGAAGTTCTCTTTCAAACAAAGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAATATATTGAGCCTGTAAATTGCTCTGTGACCAGACTTCATTGTCTTCTTAATATATTCTGTGTGTGTGCGCATGTGTTTGTGTATATACATATGTATATATGCACGCACATACTTGTGTGTGTATATATACGTGTGGTTGTGACCTATGCAATACAAATTATGGGATTGGACAGCTTCTGAGTACGCATCCCATAATTCTTTTTTCAGGAATAGTTGCCAGTATTTACACAGCAGCATTTCTTCTCAGGCTTATTGGGTGCTGTTGCTTTCTGTGTACTAAGGAAAATGTCAAACCAGTGCAGCGTGTTCTGGCAATGGGTGCAGTCACTGATGTTCATATGCCTTGGGGTAATAGTCCTTTCTTTTCCATGTGACTTAACAGTTTAAAAAAAAAAAAAGCGCAGGATTAAAACATTAACGACTAGAAATAACAATTGTAAAGCTATTGTGGCACACTGATTGTAAATTGTGTCCCGCTTATAAACGGAGTTGCCAGGAGTTGCACAAGATCCCTACGTATGTGTAACGTACGTGAAACGGTCGTGTTTCGATAAAGGTAGTGTGAGCAAAGTATTATTGCACAGGTTCAACAAAAAATGTGTTGCCATTTGAAGTGACATTACTGGTTTTAATACAATATTACCTCTTTTGTTTTTATAAAATGTACCAAGTTCTAAGCTGATATGTTCATTTTGCTTGGTTTTTTTTACTCAAAAACGTCTCCTGCCAGTATTACGTGTTCTTTCTGATAACTTCTGAGTTGGGATAGCCAAAGAGTGAACGGAGGAAGAACATTTTTACGTTAGTGGTTATTCAGCATACAGCATAAGCTTTCTTCCCATAAGATTACAGTTGACCACTGAAATTAAATTAAGTAATGTAAATGACAGAGTGGTTTAAAGTTGACTACCTGAGTTGGTACTTCCTTATCCCATTACTTGACTCCTTTTTTTTCTGCTCTTCTTGACAGAGTGATATCTTTTTTGTTTGTCACCTTGTAGCCAAGGGAAGCTTTTAATCCTGTGCTTGGTTTGTGACTGGCTGGGTAATACTAGCTTTATAAAATGCTAATTGGAAGCTGCCGCCTCTGTTTATCTTCACTAAAATGTTTTTTTTTCCTCACACCCTCAGCTATTAATTTAATGTTGCCTTGCCTATAGCTGCAATATTTTGATAACACAACATTTTCATGTTAGTTTTTTGAATGTTTATACATTGGGATAATGCAAAATGTAAAGCCTTTGTAACCTTACTCACATCATCTGTATTTGTCTATTTCACTTTATCCAAGCCCTTTAATTCTAACTGAACACCAGCAGTATTTTCAGTAAAGCTTCAGCATTTGCAGATAAATATTGGAATGTATTTGGGGACTTTAGCTGGGGGTGTGGGGAGGGGAATATTCGTCAAACTGTCCATAGACTTAATATTGTGAATGTCATTGTTTCATTTTATTATTATGGTTGAATTGACTCTGATGTTCAGTTTGTAATTTTGGAATTGCTTTTTTCTTAGAATTAAAGTCCAACTTTAAATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005911:ENSGALT00000009507:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.390
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF124463=DUF3682=FE(36.5=100)
A:
NA
C2:
PF124463=DUF3682=PD(13.5=10.9),PF140611=Mtf2_C=WD(100=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]