MmuINT0101693 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029267 | Mtf2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:105050]
Coordinates
chr5:108104426-108109004:+
Coord C1 exon
chr5:108104426-108104530
Coord A exon
chr5:108104531-108106587
Coord C2 exon
chr5:108106588-108109004
Length
2057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAGGT
5' ss Score
6.86
3' ss Seq
TGTTCTTTTCCCTACCCTAGATT
3' ss Score
10.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAACTGAGGGAATTGCACATTCATCCAATACCTCAGATGTGGACCTCACGGGTGCTTCCAGTGCAAACGAAACTACCTCGGCTAGCATTTCCAGGCATTGTGG
Seq A exon
GTAGGTATTCTATGTATTACTCTGTCTGAAGGTTCCCTGTACCCTCAGCTGTGCTGACTAGGCTGGCCTCAAACTAAGAGATCCACCTCGAGTGCTGGGGTTAAAGGCATGTGCCATCACTGCCCAGCTTGGTTGATTTCTTTATTTTTCTAATTTTAATTAATGTTTTTTTTTCCAAATTGAGTGTTTTGGGGCATATAGGGGTATACTTGTAGGACTGGCTACAGATGACTTAAAACACAGCTATGTGACTTTGAAACATAGTTGACAGCTAATAAAAGCTGCATCTCTAGAAGTCTGTATGACTTGTAGATAGTTCCAAAAACTGTTTCTTCCCAGTGATTTTTCTCTCTGCTTGTAACTGTAGGGAGGAGGCTTAAAAAAGTCCTGTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTTAAGACAGGGTTTTTCTGTAGCCCTGGCTGCCCTGGAACTCACACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCCTGGCGTCTTGTAACTTTTTAATGCTTTCCTAAATGGACTTCTCCTCCGCTTTTACAAAGCGCATGCGCTCGACCCTTGTATTTTCTCTTGATCCCTTCCTATTTCCTTGTATCCCTCCTTTTCAACAAGTTCTACATTTTTTTTTTAAACTTATTTAGGTCTGCTGTGTTTAATTAGGATTGTCTGCATGAGTGTGGCATTCTGTTTTTATCTTTTACTAATTTCCTTTCAGGTTGTTTGTATAGCTTTGATTGAATTACTTAGCAGTTGATAGTAATATGTGTGAGCCTTGAGGTTTTTGAGAAGCAGACTATATATATATATATTTATTTATTGTCTGTTGTTAATCATTTGAATGCTTCCAGAACACAGACACTACATAAAAATAGAAATACCATTGGATCTGTGCTTAAAGACCTTACTTACTATTCTTACAGAGAATCCCAGTTTGGTTCCTATCACCCACATCAGTCAGCTTACAATCTTCTATAATCCTAAATTTAGGATATACAGATTCTGGCTTTACTGGGAACCTGCACACATGTAGCTTGCACACACACAAATAGAAATAAATCTTTTTTTTAAACTATTTAATTTTTACTTTCAGTTCTTGTTGGCTAAGGCCCCACCCCCACCCTACCCCCTCTTGTTCCAGCTCAGCTCGCTCCCGCCCATAGGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTCTCATTACAGGATTACAGCTGGTTGTGAGCTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAGCTCAGGACCTCTGGAAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAACTGCAGAGCCATCTCTCATCTTTTTGTTTTAATTGTTGTTTTAGAGTTCAGAAACTGCTATTTTATTAATGTAAACATTTAACTTGTTCCTAATGTTGTAAACTCATTTCCTAGGAATCTTTTTGTCCTCTTGGTTTTTAAAGACAGTGTTTCTTTGTGTAATCCCAGCTCTGTTGCCTCAGCAAACTAGGGTGACCTCAAACTCGGAGATCTGCCTGCCTCTGCAGTGCTGGGATGAAAGTCATGAGACACACCCTGCCCCCCACACCCTCACCCCCACCCTCACCCTCACCCCCACCCCACACACACCTGGCTGGATTTGCTTTTTTGTTTCTTAATGTTGCTAGTTAGTGCACCAAGGGCCTGTGTGTGCCAGGCAAGCTCCTTATTATTGAGTCTCATTGCCAGCTTTGCTCTGATTCTTTTAACTTAATAGCACATGGTTAAAGGAGAAAAACTGTACAAAGATCAACCCCAAGGAAGTGATGATGTCTGTATGAAGGAAGGCAGTGACACGGTGCTAATGACTTTTATTGTTTTAATTGTACTGAATATTATCTCAGCAAACACATACTTAACATAGCCAGGTGGTGGTAGTCAGTAATCCCAGCCTTGGGGAGTCTGTGGCAGGGAGAGTAAGAGACTTTGCTAGCCTAGTCTATAAGATGAGAACCTTTGTGGAAAACATTACCCAAGTGAAAAAGATCTTAGCAGATGTGTTCTTTTCCCTACCCTAG
Seq C2 exon
ATTATCAGACTCTAGAAAAAGAACTCGCACAGGAAGATCATGGCCTGCTGCAATACCACATTTGCGGAGAAGAAGAGGTCGCCTTCCACGAAGAGCACTCCAGACTCAGAACTCAGAAGTTGTGAAAGATGATGAAGGCAAAGAAGATTATCAGTTTGAAGAACTTAACACAGAAATTCTGAATAACTTAGCAGATCAGGAGTTGCAGCTCAATCACCTGAAAAACTCCATCACTAGTTATTTTGGTGCCGCAGGTAGAATAGCATGTGGCGAAAAATACAGAGTTTTGGCTCGTCGGGTGACGCTTGATGGGAAGGTGCAGTATCTTGTGGAATGGGAAGGAGCGACTGCATCCTGACTGTAGGACTGAACGTAATGTTCACTGCACTCGTTTTCTGTTGGTACAGTTAAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAGAGTGTGGGTTTTATTATCTTTCTTAGAAAAACAAACAAAGAGAAAACACAAAAATATTCACAAAAGGAGATGATACTGGCCTTAAAACATGTTCTTGTCAATGTTATGGATATTGTCATAAAAAAAGATATCTTTTAAAAATCAGAGGAGAGACTTAATTTTTTTAAATCTTAAGATTTGTAGACTGTTTCTAGGATAGGCTATTAAACATGATTCATACCCATGCATGGTGTTAGATACTTTTTATAATTATTCCATTGAGTCAATTTTTGTGATTAGTGGTTATCAGAGCAAACAGATCATGTAGATAGCACAAGTATTTGGAGAAACATTGTGTGTTTTGTTAACAAAATGTTGGAAAGATTTATTTCAATACCCTTTAGATTTCATAAAGTGCAGTGTATATAATGTCTACTGAAAGACTGTAAAATATTGAAATTTCTTTCAAGCAAAATGTAAAAAAATATATTGAGCCTGTAAATTGCTCTGTGACTAGACTTCATTGTCGTCTTAATATATTCTTTGCATGTACATGTATATACACACATGTGTATATATATGTGTGTGATTATGTGACCTATGCAATACAAATTATGGGAATGGGCAGCTTTGGAGTATATATCCCATAATTCTTATTTCAGGAATAGTTGCAGTATTTACACAGCAGCATTTCTTCTCAGGCGTTTATTGGGTGCTGTTGCTTGCTATGTATGAAGAGAAATGTGTCAAGTTTAGTGTGTACTGAAGAAGGGTGTGAACAACAGTGTACATGGGCTTTTAGAGGGCTTTTCAGTCCTTGTAACTCAGCTGTTGAATACCTAAAACAAATTCGAGTGATAACTACATTATTTCCTATTAGAAGTGACGTTTTCAAGTGATTGTGGCACATTATGATTGTAAATGTCTCAGTTTTAACAGCAAGTCTGTGGGAGCCCAGTGAAGACTCCTGAAATGTCTGTAGTAACTGTTAGTCATGTTTGAGTAAGCGTAGTATGAACAAAGTCTTTTATTGCACAGGGTTAACAAACAGTATGTTGCTAGCTGAGGCTAACTGCTGTTTTATTACAACATTACCTCTTGTTTTTATAAAATGTACCAAGATTTTAAATTGATATCTTTATTTTACGTGTTAAAAAAAAGTTTCTTTTATCACCAGTGTTAGAGTTGTCTTCTGTTTTTTTGGTTTGTTTTGGTTTGGTTTTTTTCTTGTTGTTTTCTTTCTTAGCCAAAGAGTAAACAGAAGAATATTATTTTGGTAGCTCTTCATTTTACTTTTATAATGATTGGTGGATTTTAGACTAAAAATTGGGGAAATTTCTGCCAAAATGAAAAAATATGTGACGTGTATTGATGACAGAATGCTAAAATTGTGGTTAGTGCTTATTTATTCCATTAATTGATTATTTGCCTGTTTTTAAAGAAACATGCTTTATTTCCTTAAGCATCTTCAAAAGATGACTTTTCTTGTCACATTGTAGCCAAAAGAAGCAGAGAATTTCTTGTCCTGCTTTTGGTTCCTGGTTAACCAGGTATAATGAGCTTTACAAAGTGCAAATTACAAACTGTCACTTCTGTTCACCTCCACCAAAACTTGATTTCCCCTAGCTATTAATTTAAAGTTGCCTTTCCTGCAGCTGCAATATTTTGAATAACACAGAGATTGTGTTAATTTTTGAATGTTTGTTTATATCTAGGGGTAATGGAAAATGTAATTCCCGTGTAACCTTATTCACTCCAGCTGTATCATATTTCATTTTTCCCAAAGTTCTTTAATTTTAACTGAACACCAGCAGTATTTTTAGTAATTCTTTAAGATACTTGGAAGACAATTTATCAAGCTGAACTGTCTCTAGACTTAATTATTGTGAATGTCTGTTTTCTTTTATCATGGTGGTTCACATGGCTCTGATGTTCAGTTTGTATTTTTGAAATTGCTTTACTTAGAATTAAAACAGACCAACATTAAATGTGTGTATTTTTAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029267:ENSMUST00000081567:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.403
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF140611=Mtf2_C=WD(100=42.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types