DreINT0098732 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016794 | mtmr6
Description
myotubularin related protein 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5557]
Coordinates
chr24:24891242-24896001:+
Coord C1 exon
chr24:24891242-24891361
Coord A exon
chr24:24891362-24895838
Coord C2 exon
chr24:24895839-24896001
Length
4477 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATGA
5' ss Score
5.85
3' ss Seq
GCATGTGTTTGCTTGTTCAGATC
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGAACAAGTTAAGCTGCTGGATCGCTTTAGCAACAAGTCGGTCACAGGAACGCTGCATCTGACGGCCACACATTTGATCTTCGTGGAGAATAATTCAACTAGCTCCCAGGAGATATGG
Seq A exon
GTATGAACAGCCCCTTCTTAACCGTCTCCAAATGATCTGTCATGATGTGATAATGAACTCCTGTGTGACTGACGGTGTTGTTTGGATATACAGTTAAAGTCTGAATTAATTAGCCCTCTAAATATTTCACAAATGATATTTAACAGAGCAAGGAATTTTTCACAGTATTTGGTATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTGTTTTATTTCAGTTAAAATAAAAGCAGTTTTTTTAATTTTTCAAAGCTATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCACTAAAGCAATATTTTGTTTTGTCTACAGAACAAACCTAGTTAAGCCTTTAAGTTGCATTCAATACTAGTATCTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTAGTGTCATCATGGCAAAGGTAAAAGAAATCAGTTATTAGGAATTACTTATTAAAACTATTATGCTCAGAAATGTGTTAAAACTGAAAAAATTGGGGCAAAAACAGTTAAACAGAAATTGGGCGGAAAATACAGATGGTCTAATAATTCAGGAGGGCCAATAATTCTGACTTCATATTTCATACATTACTGCTAAACCACTCTTTTATTTGCTTTTATAGTGGGATTATAGTGAATTGAGTCATGGGAATGAGGTTACTAGTTCCTCACGTTGGTAGTAGACATTGTTGCTGTGGAAACCTGTCGGCTGAGCTTGCCCTAGAGGCCAAGTGAATACGAGAGTGTCAGGCAGGCCAGGGGAGGACATGAATACCAATGACCCACATAGCTGAAGATGTGGTCTGCCATGTTTAGTATGTCCATCACACAGTGAGATTCGCAGATTATTAACCTTATTGCACCATCGTCTCCGCACTGGAAGGTTAAAAGTCTGGGCATGGCTGCTAATACTGACAATTGAAGTTTATCTTTATTGTATGCTCTCTTGAGATTGCTTGCTTATATGCAATTATGTAACCTAAACCTTATTATTATATGTCCTAGAAAAAAAGGTTATTTTGATGCTAGCCAGTAAGTTTACCTATAATAACCACTACAAGTAATTACCTCTTAAAGGATTCCCTTAGAATTCTTTCATTCATATGTCCACTGAGGCTTTTCATCAAGTTTGCACTCCCTACTTACTTACCTGATTTTATTAATGTTTCTTTAAGCTGTATTTAGAGTTATAGTATGTCGTAATTTAATCTATTTATTTTTATATTTTTCATTTAGTTTTTTTACTAATTATCTAATTATGATTAATTTATATTACTATTATTTATTATAAATATTTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTATTTTTCCTTTCTTTAGCATTGTTTTGGTTTGCGTCAATATAGTTTGTGATTAATAGTTAATGTTAATAAAAGATGCAATAAAAAATGCAATGGATTGGACGGATGGATGGAAAGATTGACTGATTGGATGGATGGATAGACAGACAGACAGACGGATGGATGGATTGATTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGGATAGACGTAGACAGACAGACAGAGACAGACATAGATAGACAATGAATAGAAGTAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAAATAAATAAATAAATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAAGTATTGATTGGATTATAAACAGACAGACAGATAAAATGGATGGATGGATAGATGGATTGATGGATTGATTGATTCATTGATTGGATAGATAGATAGATAGACAGGCAGGCAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGACAGATAGATCAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATGGATGGATAGATTTTTTTTTTATCACTGGGAAACATCCATATACACACTCATTCACACACATACAATATGGACAATTTAGCTTACCCAATTCCCCTATAGCGCATGTCTTTGGACTTGTGGATAAGACCAGAGGACCTGGAGGAAACCCACACCAACACGGAGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGACCCAGCCGAGGTTCAAACTAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGTGCTTCCCACTGCGCCACCGCGTCGCCCCCAAATCAAATACTATTTTGCTTAATATATTGAACTATACTATACAACTAAAATGTATCATAATAATAGATGTCATGCATCTCTAATTTCTAACTTAAAATGACCAAACAGAAACAAAAACTAAGATTAACAGATGAAACGTTTTAGTTAGTAATATGATTAACTTCCATTCTAGTCAACTATTTTTGCAACTTCTGTAATATTGGTCTTCAAGCTTTTATGTTTTCAGGACGTGTCGACATTCCAATTTTCTTCTTCCTTCCTTTTCTCTTGTTCCTCTTTATAAAATGAAAATAATGTGCAAGCCCATGACGATGGGAATTCAACACACACGATTAACATATTCAATTAAATGCCTAGCACTTTTGGAAGGTCAAAATCTGGGGTGTTATTAAAATGCGCATGTATCTACATTTCCATTTGCATGGTGACTCAGGCTGCTGTTGTCATTGATCACTGAAGTGTGCAAGCAATGCATAATGCGTGGGGAACAGAAGGCATTACTGCAGGCAGACAGAGACGTTTCGTGCAGAGAAAAGAAGCTAAATGTGAGGATGCGGAATTCATTTCCGCTCGTTTCCACACTGTCATGTGAGCATATGGTACTCCAAACAGTCGGCTACTTATTTTAGAAAGTGCTGGAACAAAGTCTCAAAAATGTGCTTCTGTTGCCAGATTTGATTCTGGTCTTAAAGTTTGTGTTAACTCTAAATTTACAATGTTTATTTTGCTAGCACACATTATTATTCTTTTAGTGAACAATTAATCGGTGAAAGTTAAAAGATAAAAAAAAATAAACTATTGTTTTTGTAATCTTCGATCAAAGTTTGAGAATTTTTTTTCATGTTTGGAGTGATGGTGCTTCTTGGTTAATCTCGGTTTGATGGCTTCAGCCACAATATTATTAATTATTATGAGCCTCTTACTGTTACTTTGCTACAAGGGAGTGATGTACAAAAAGAGAGCCCCACCCCTTTAATATTCTGTTTCAGTTGAAAGTACATCAGCATACTGAAATAAAAATTTCAGCAACATCTAGTTCACGCTGACTTTAAAGTTGCCAAGAATTGGAAGTTTAGTTCCACACAATTCCTTCATGTTGACCCAACACAAACCAATTAAGCTTAATCATTTTTACACATTCAAGTGGATTGAACATAAAACAATTAAGTTGTTTAAAATTGTTTATAACAAGCACAACTATATCAGTTTGAAATCAGGAGAGAATATTTTGATGTCATGCCCATTTTAAGTGTTTTATATGAATTAGATCAGTGGTTCTCAAACTTTTTTCATCAAGTACCACCTTAGAAAAAAACTGTCTCTCCAAGTACCACCAAAATGAGCAGCATTGAAATACAGTAGCGTAGTTGGCCCAGTAAAGCAGCTACAACTCTGCACAGTTAAAAAACCTGGCAGATTACCTCGGAAATATAGCCTATATATAATATATGGCATATTATATACATCATTTTTAATAAATTTTGAATTATATGTTGCATGTACATGACATATTTCATTCCTCCGTGTACCACTAGAAGGAAGCCCGCGTACCACTAGTGGTACACGTACCACAGTTTGAGAACCACTGAATTAGATAATTTAAGAATTATTGCTGTGGATAATTTATTGTTATGGATTGTTATTTATAATTGATTTAGAGTTGAAGAGACATAGGAATAAATACACATTTGCTTCTTCCTATTCTTTTTCAGACATGTTTGAGTTATAATTGTGTTGTATTAATTTGCTTTTATTCATTGTAATTATTTTTATTTTTCAAAATAAAGTGTGAAGTCTGTAATGAGCATCAGATTGTAAAATTAAATATTAAATATACTTTAAAATCGTTCTTTTTTTTTTCATAGTAGAATAGTTTTAAATAGGACTGCGCAAGCGGTGACCTGGAAATGTAGGAAATTGTAGTTTGTTCTCCTAACCCTGATCTCCACTGCATGTGTTTGCTTGTTCAG
Seq C2 exon
ATCCTGCATCACCACATCGCCTCCGTGGAGAAGCTGTCCCTTACAACCACTGGCTGCCCACTCCTCATTCAGTGCCGAAATTTCCGAGTAGTCCACTTTGTGATTCCAAGAGAGCGGGACTGCCACGACATCTACAGCTCTCTGCTTAGGCTTCTGAGACCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016794:ENSDART00000005845:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0107915=Hint=FE(76.5=100),PF116053=Vps36_ESCRT-II=FE(81.2=100)
A:
NA
C2:
PF116053=Vps36_ESCRT-II=PD(30.4=30.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]