RnoINT0095406 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011420 | Mtmr7
Description
myotubularin related protein 7 [Source:RGD Symbol;Acc:1306608]
Coordinates
chr16:54765325-54794655:+
Coord C1 exon
chr16:54765325-54765418
Coord A exon
chr16:54765419-54794492
Coord C2 exon
chr16:54794493-54794655
Length
29074 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTGGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
ATATTAATGTTTGGTCCTAGATA
3' ss Score
7.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.031 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0289315=GRAM=PD(21.4=21.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]