BtaINT0096142 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010372 | MTMR7
Description
Bos taurus myotubularin related protein 7 (MTMR7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075641]
Coordinates
chr27:18914043-18953941:+
Coord C1 exon
chr27:18914043-18914099
Coord A exon
chr27:18914100-18953818
Coord C2 exon
chr27:18953819-18953941
Length
39719 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGT
5' ss Score
8.23
3' ss Seq
TGTCAAACTGATTTCCCTAGGTT
3' ss Score
7.66
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCCGCCCGGGACCTGCGGACTCGGGCCCGCCATGGAGCACATCCGCACGCCCAAG
Seq A exon
GTGGGTGCCACGGGTGCGGGCGGACGAGGGATGCTGAGCGGGCGGGAGGCCCGGCTTCCCCGCCCCGGCGCAGGCCGAATCCGCACCGCTAGCGAGCGAGGCGGGAGGCAGCGCCCGAGCATCTCCTGCTTCGCCGGAAGGCTGGGCTCACTGGAGCTGCCGCTCAGGCCTGGCCTTGGCTGCTGCTGGATCTAACCTCTCGTCCTTGGGGGTGCGCGGTGGACTGAGGGCTGGATGGAGGGAACCCTAATTGTCTGTTGAGTAATGGACTGCTGATAGGCTGATAAACGCTCCCTTTCTGGTCTAGCACTAGGTTGCTGCTTTAAAAAAAAAAAAACAAAAACCTTTTCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCTGTTGGTTGCTCTGAGCAGTGGAAAGAGAAACAAGCCTTCCTAATGACAGGTGCAGGGAAACGAGTTAGGTGCAGGTGCGTTGAAGGCACTCGGGAAGCTTGTTGAATCTAAGGCTTGAGACCCGCCCAGCCCGCCCTTCTGCTTCTGCGTCTTCAGGCTATCAACTGCAGTGGACCTTGGGCCGAGTAGATGATCAGTGTTCGCTCTAGTCTAAATGTATTATCTGTCCTTCCGTCTTCTTGCGTTTTCCAGTGGGTTGCAACTTACAGATCGTCCGCTTACCAGCTCAACAAAAGCGACTGGTTCCAGGTCATTCCAGTTAAATTGACCCCCGTACCAAACCTTCCTACTCATAGTTGTACTAGTGATATAATTTAGAGCGAAAAAGGTGATCGACGTTCCCGATAAAAACCCTTAACTAGTGACAAAACCTGTTTCAGCAGCCAATTGGTTGTCTCCTGTGACTGCATCTACAGCGCCTTGCCTTGCCTTGCCTTGCCAGGTTGATCGCTTCAAAACCTAGGCCCTTGACCGCGAAGTCAAAGCTAGCTCTGAGTGGGCGGAACGTAGGAGGCCCCAGGGCTCCTATTGATGACATGGGGCCATTGCTCTGCAGTAAGTCCAGGAGGAAAAATTCATTCCTAAATTCTGGAGTGCTTCCTAAGTGCCTCTTTATAAAAGCAGTGTTTACAATTGTCTCATGTCAGTGGAAGAATAAAATCTTTTAGTTCGCTACATAAAGTCAGTTCCAGCAGTAAAATTCAGTTGTATTGATTTTGCACAGTGCAATTAAATTGTTGCATCACAGTCGGGAAATTGTAAACTTAAAGGAGAGTGCCATAAACCACAAAATAGGTGGCTCAAAGCTTTCAGGGTTTAAGTGGTGCTAAATAATTTATTCTGGAGTGAGGAATTTAGCTCATGGACTCTCTGCCCTTTCCAAGGGCATCCTTTTTATTTTTTTCATGATGAAGGGAGCTCTTGATAAAAATGATGTCTAATGTGAATGTTAATAGTCATAGGGTGACATGATATCAGGTGCTTTTTTTTTTCCTATGGAATGTGAATTTTGGGAGTCAAGGCCTTTTCTAATCTATTCAAACCCATTGTTTATAAAACCATGTGTGCAAACCTGAACAGCAAGCAATATTGTCACTTGTTCCTCAAACTAGTTTTCATAAACACACTGTAAGCAGTGTAGTACTTCAAACCAGAAATCACCTGTCAGGAAACAGAAAGAGATGGTGGTTGGGGAGGGGGTGGTTGGAATGGGCAGTTGTCTGAAATGTCATTGAGTTGAGAGTCATTAACATTTAGGAGAGTGCAGGTGGAAAAAATTAAAAGTTACAGAGGTTGGGTGGATCCAGTCTGTTTATTCAAGTCATTCCACAAGTGTTTGAGAACCTTTCCTGTGGAAGGTTCTGTGTTGTGTTCTGGGAGGCCCTGGTCTGAAGGGTTGTTGTTCATTCGCTCAGTCGTATCCAACTCTTGGTGACCCCATGGACTGCAGCATGCCAGGCTCCCCTGTCCTTCACCATCTCCCGGAGATTGCTCAAACTCGTGTCCATTGAGTTGGTGATTCCATCCAACCATCGTGTCCTCTGTCATCCCCTTCTCTTCCTGCTTTCGATCCTTCCCAGCATCAGGGTCGTTTCTAATGAGTTGGTTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATATTCAGGGCTGATTTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGAGTCTCAAGAGTCTTCTCTAACACCACAGCTTGAAAGCATCAATTCTTCCATGCTCAGCTTTCTTTATGGCCCAGCTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAATCATAGCTTTGACTAGATGGACCTTTGTCGGCAAAGTAATATCTCTGCTTTTGAAAATGCTATGTAAGTTGGTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAGTCTGTTGAGGCAGCTGTAAATCTAGAGAGAAATGTGTACACAGGACAGTGGGCAGAGAGGTCAGTGGACAGAGGGTCCACTCTACCATAAAGGGTGAGGGAAGGCTCCTTCAAAGAGCTGAGTCTTAACACGCAAGATGCCAAAGAAGACCAGGAGCACTGGAGATGCTGGCAGGCAGCTGTGTACGTATGATGTGTTGTAATATATCATTACAACTTCAAAGATGCCAAAGGCCTTAACAGTGATAAAGATAGAATTGATGACACCATTCCTTGAGGTTAAACAATATCATTTTATTTTACATTTTAAAAACAATTAAAAAATTTTTGTCTTTAGTTTTTTTTCTTCTAGTTTTATTGAGATTGAATATACATACGGTGCTGTATAAGGTGTACAGTGTAATGATGCGGCTTACATACATCATAAAATGTTTACCTCAATAAGTTGATGACCACCCGTCATCATATAGAGAGAAAATTAAAGAAATAGAAAAAAACTTGTGATGAGAACTCATAGAATTTATCATCTTAACTTTCATGTATAACATATAGCAGTATAAATTATATTTATCATGTTATATTTTCCATCCCTAGTAGTTACTTATAACTGGAAGTTTGTATTTTTTGACCATCTTCCCCCAGCCACCCCCCTTCCCATAGCCACAGATTGGATCTTTTTTTCTATGAGATTGAGATGCAGGTAAAAAGACTCTGATGCCAGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACCGACTCGATGGACGTGAGTTTGAGTGAACTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCTCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACAACATCCTGTGTTAGTTCCTGTTACACAACATTGTGATTGCATAGTTTTGAAAATTTCATTTTACATTTAAAAAATATTTATTTATTTTGGCTGTGCTGGGTCTTCACTGCTGCGTGGGCTTTTCTTCAGTTGCAGTGAGCAGGGGCTGCTCTCTGGTTGCAGTGTGTGGGTTTCTCATTGTGGTGGCTTCTCTTGTTGCAAAGTATGGGCTCTACAGCACACGGGCATTAGTAGTTGGAACTCCCAGGCTCTAGAGCACAGGCTCAATAGTTATGGGGCATGGGCTTAGTTGCTCCGTGGCATGTGGGTTCTTCCAGGACCAGGAATCGAACCCATGACTCCTGCATTGGCAGGCAGACTCTTCACCAGTGAGCCATCAAGGAAGCCCTGATTTTACATTTTTAAGTACAAAACTAATTTTCACAACATAAATGAAAAAGGGGAGAATACTACTTAAGAGCTTGTGTTGTAGAATGCATAATTATTGATGGTCATATTCATCTTTGTTTTTGGCTTCCATTGAATTCTGGGGGTGTTGAATAGGTATATTGCCTTATATTGTATGATTTCATGTGTTAGATGATTTGTGAGGTGTATACACGAAGTTTCTCTGTAGGTTTGACGTGTGTTTACCATGTGGGTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCACCTCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGACGCTCAGTCATATCTGACTTTGAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCATGAGATTCTCCAGGCAAAAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGACCATGTGGGTAGCAGGGGTTTATTTTAAGAGGAGAGAAAATGCGTGTATAATGTGCAGTTGTTTTCCTATTATAATGAAAGTCATTCATTTACTCTGTAAGCTGCATGATATCCATCACAGCCTGTGTGCTCCACTTCAGTCTCTGGAGTGCAGTGTAAGGAGACAGATGCCCATGAATAATCTGGAATGCTTTGCACATTTTTCTCTCTTGATGTGTGTGTGTATGTGTTTAACTGAAGCCTTTAATAGAGCATATGCTAAACAGGGTGTTCTTCTCCCGGAATGGTTCCTGTATCAGAAAGAAAAAATGTTCCAAGGTTGAGCTAGTTTGCAGTTGGGTTGAAGTGAGGACATCAAGCATTACCTGTATTCATCACAGTGAACTTTTTGTTTCCACTTCATTGTCAGGCTTTCTTTGACACTCTAAAAACTTGCTGGTAAGAAAAGAAAACCTTGCAAGAAGCTTAGGGATAATTTGGGTTCAAGTGTTAGTTCTACAGAAAACCTTCTGGGCTTTCAGAAGTAGCTTAAAGTGTTTTGTAGGGTGTGGGTTAGTATTGGATAGGTGCTAATGAGTCTAGCTGGGATTCTGGCAAAGTAATCTCTACTTTTTGTGCTTTGTCCTTTCCAGAAGACATTTTCCCCTACATGTGTGCATTTGAGTTTTGAAATAGAATACGCGATGACCTCCAAAGCCTTGAAAATGCCTTCTTTTCCTTTCCACCCCCATCCCCCCATTCTGAGCCG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Seq C2 exon
GTTGAAAACGTCCGCTTGGTGGATCGAATTTCTTCTAAAAAAGCAGCCCTCGGGACTTTGTATTTGACCGCCACTCACGTCATATTTGTGGAAACGGCGCCTGATACAAGGAAAGAAACATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010372:ENSBTAT00000055365:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.125 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0289315=GRAM=PU(73.1=92.7)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]