MmuINT0102000 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039431 | Mtmr7
Description
myotubularin related protein 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1891693]
Coordinates
chr8:41694248-41720146:-
Coord C1 exon
chr8:41720052-41720146
Coord A exon
chr8:41694371-41720051
Coord C2 exon
chr8:41694248-41694370
Length
25681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTGGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
TTTTCACCCAACGTCTCTAGGTT
3' ss Score
8.06
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGCGCCGCACGCGCGCGCGCAGGTGCGTGAGGCCGCGCCCGCCGGGGACCCTGCAGACGCGGGCCCGCCATGGAGCACATCCGCACGCCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGAAAACGTGCGCTTGGTAGACAGAGTGTCTTGTAAAAAGGCAGCGCTGGGAACTTTGTATCTGACGGCCACTCACGTCATATTCGTGGAAAATGCACCTGACACAAGAAAAGAAACCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039431-Mtmr7:NM_001040699:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.312 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0289315=GRAM=PU(1.8=12.5)
A:
NA
C2:
PF0289315=GRAM=FE(71.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: