DreINT0100809 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006892 | myo3b
Description
myosin IIIB [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070706-2]
Coordinates
chr9:3784112-3787924:-
Coord C1 exon
chr9:3787762-3787924
Coord A exon
chr9:3784193-3787761
Coord C2 exon
chr9:3784112-3784192
Length
3569 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGATT
5' ss Score
5.95
3' ss Seq
GCGTCTCCATCTGTGTGTAGCCT
3' ss Score
6.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTTCTGAAGTATTATCACGTGGAGCAGCTCAATCTGATGTTGCGGGAAGTGATCGCTCGAGTGGTGTTGATGCAAGCCTACACCAAGGGCTGGCTGGGCGCTCGACGCTACCGCAGAGAGAGAGAGAAACGCCGCAATGGGGCAGTCGTCATACAGTCAG
Seq A exon
GTGATTAAAACCTAGACCTGATCTCACAAGGACACGTAAATATTTTACGTTTTGTCCATTTAGTGGCTTATTCGTACGTAAGTTCAATCTTACGAAAATGTACGATTTTAAAAAGGAGGTGTGGTAATAAACCCTACCCCTAAACCAACCATAATTGGAAGATAAGTGAATTGTACTAAATTGTATGAATGCGATTCATACGAATTAGCCACTAAATCGAATAGTTACAAATTGCTGTGGGATAGCGTTAGCCTATTACAATTAAGAATTTTTTCTTGTGTGATATATTGTCACAAAATTGTTGCGATAAGCGATATTATTGTCATTTTGAAATCATTTTATGCCTATAATTTAACAATGATTATTCAGTAGCATAGTAATGCAAATAACCACAAACACTTTTTAAGAGACTAACGCTTTTCCATTCGTAATGTTGTTTAGATTGTGTAATCTGATGTAATTTTAAATGTTTAATTATTAACTTTGACATCGATTAGGTAAAAAGTAAATGTCTTATTAAAATGGCTTTAATGTTATTAGTGAATTACTAAATATATATCGCAATATAAAAAAAATACTGAGGTCATGTCCACATATTGCATGATAAGTTAATATTATGATTATTGTGACTAACCTATGAAAACGCAATAAAGAAAGAATAATGAAATAACTCACAGCCAGAGAGATTCACAATATCTGATGTTTCTTGATCATATGGAATGATTGAAAATTGCCATAAAAGGATATTGACAGTTTGAAAGGAGCTATAGAAGGATGTCGAATTGCGCAAGTCATTGTAGATTAATGTTTTGTTTAGTAAATAAAAAAAAATAAAAATAAATACTGCTTAAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGGTTTTAATTTTTTCATCAATATATAATAAATTTAAACTATATATAAATATAATATATTTATTTATTCATTTATGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAGCAAATTTCAAAAAAGCAAATATTTTATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATAGAAAATCAAGTGTCAGATGTGAAAGTATGTAAAACATAAACACCACTATGAATGTATTAAAATACTAAATACTAATTTGTGCATCTCTTGACCTCCGTTTGCACACATACTGCCATTCCAGACATTTATTCTGGGATGTTTTCGCACCCCTTGGTTTTGAGTGTGGTTCGAGTTATGCATAAATGTCCATTAAACACTTATACGCAGCAGTCTACATGTGTTTGTTGCCTCATTACAAACATACGCGGCAAATTTTACAATATACACGTTAAACTAATACAAGATACAGTTAAACAGATCTTGTGCCTTTTCAAGATTGTGCTGACTAAGCTTATAATCCTGTGGCCAATCAAATGCTGCCTGGGCATGCATATAAACGATCCTATTCTGATTGGCCTGTTATTAATCAGGAATTTACATTCACAGGATTTATATCATGGATATATACACTAGATATGGCATAGGGACCCTGAGCATGCGTCAATAGCACCGCCACATTGGTACAGGGCTCCCAGGACAAGTGTCATTCAACCGCACTAGTCAAGACAGTGTTATTACGTGAAGATGCGGGACTTTAGCGATGTCTACGGGTGTAGTAACGATCAAACAAAGAAAACAAAGCACAAAGGCAGAACATTTCATAGGTAATATTAAGTTTTTTCTGTTTTTGTATGTTCTGACTTTTTGTTCTAATCAGGTAACGTTATTGATGATAATACAGTCACTTACTGCATTCACCATAAGGCAACTCGCTCTAAACACTCGGCTTATGCTAATTTTGTTTGATAAAATCAGCAAACAATGCAAAAGAAATATGACAACGAGATGCTGCGCTGCCAGAAACTTGTGTTATTGTCGCCTAACGTTAGTGAAAGAGTCGTTCGGGGGATTCATTCACAAACGAATCGCTCCCCCCGTCAGTATGAGAAGTGTATGAGAAGTGAACGCAGGAGAGGAGCTGTGTTTCAGGACATGATTAGATCAAATTTAGCAGGGAGGATGAAAAGTACATTTCTGTACACACAAACACAAGCTTTTTGTCAGGAATGCCCGTGCGGTCACTGATCCATCAATGAAGAAAAGTGATGTAAAATGATAATTTTCGTAATTAGAAAAAAAAAAATTACATACTAACATCCAGGAAAACTCCCGATCATAGATATATGTGTATATGTGTATATCTCTGGCTTTGGATGGTCCCGCATTCATTTCAAAGGAGCGCTACCCTGTAGCAAGATGGCGGCACTATTGACGCATTCCGTCCAATAGACAACAATAGGCCAGGCGACATCTAATGTATATATCTATGGATTTATATGAGAATGAGGAAGCAATGGTGTTTAAAGCTCATTGTATGTCATGTCTATGTACACCTATTATTTTGCTATGCCTAGATATATTAAGATTCTCACTCTGCGTCACCTCAAAGTTATTCGCTCTCCTGTGGATTTCTTTTTCAAATATTTCCCAAACGATTATCAACAGAGCAAGGAATTTTTCACGGTATTTCCTATACTATTTTTTTCTTCTGGAGTAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCAAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTGTTTTAAAAGCATTTTAAGGTCGATATTATTAGCCCCCTTAAGCAATATCGTTTTCGATTGTCTACAGCACAAACCATCGGTATACAATGACTTGCCTAATTACTCTAACTTTAACCTAATTAACCTACTGTAGTTAAGGCTTTAAATGTCACTTTGAGCTGAATAGTAGTATCTTGAGAATATCTGGTCAAATATTATGCACTGTCATCATGTCAAAGGAAAATAAAATCAGTTATTAGAAATTAGGGTCCCACTTTATATTAAGTGTCCTTAACTACTATGTACTTGCATCAAAAATAAATACAATGTACTTACTGCGTTCATAGTGTATTTGAGAACACTTGTGGTGCTCTTGAGTTGGGATAGAGGTTGGGTTATGAACAGGTTTGGTGGCGTGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTAAAGTGTAAGGGATGGTCAACAGTGTATTTACAAATATAATTACAAAAGTTATTTACAAATGTGATTACATACAGGTATTTAATCAAGCATAAGTACACAATAAATACATGTATTTACACAATAAGTACATTGTAACTAACTATTAATTACTGTGTAAGTACATATTAGTTAAGGCCACTTAATATAAAGTGGGACAGAAATTAGTTTTTAAAACTATTTAGTTTAGTAATAATTCTGAATATAACTGCAGTTTCTATTGTTAATGATAGCTAAGTCACTTTCAAAAAGCACACTTTATTATTGTTAGAACAGATTTATTGTTATAACTTTTGATGAGTAACATGATGACGAATTTAGTTGTATGTTAAAATCAATCTTTCTGACACTGTTGCAGAACTGTTCTGTGATGATGCTTGAGATGTCGCACTAGCGTAAACTGTTATTCTTTGATTTAATCTCTGCGTCTCCATCTGTGTGTAG
Seq C2 exon
CCTGGAGGGGTCACGTGGCTCGTCAGAATCTGAAGCTGATAAAGAGAGAGCGTGAACAGGCCGCTGTGCAGATCCAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006892:ENSDART00000141492:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=PD(0.4=5.5),PF0061222=IQ=PU(42.9=16.4)
A:
NA
C2:
PF0061222=IQ=PD(52.4=39.3),PF0061222=IQ=PU(42.9=32.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]