DreINT0101029 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099871 | myo7aa
Description
myosin VIIAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020709-1]
Coordinates
chr18:3109790-3113212:+
Coord C1 exon
chr18:3109790-3109903
Coord A exon
chr18:3109904-3113059
Coord C2 exon
chr18:3113060-3113212
Length
3156 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
TGAATTTGCATTATTTCCAGGAA
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGATTATGTCTGGCTGGACCTGAAGACGGGTCATGAGTTTGAGGTCCCGATCGGAGCTGTGGTGAAGCTCTGTGATTCTGGACAGATTCAAGTTCTGGATGATGAAGGAAAT
Seq A exon
GTAAGTTAATGGCCACTGAACGCTGCTTTTTTCATATATGCACAACATTTATGTCAGTACTGGGATGTGTTTTTTCTCCTCGCTTAAATGATGTAAGATGATTGGGCAGATCCTGGATCTGTTAATCCTAATAACTCATCTCTCACTAATCTGGTTCTTCAAATAAGTTTGCAAATCAAATTAAAATATCTGGATGAATTGAAGGTGGCACAGTGGCTCAGTGGTTAGCATTGTCGCCTTACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGTCCTGGCTGGGTCAGTTGTCATTTCTGTGTTTGGATGTTCCCCCCGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAATCCAAACACATGCGCTATAGGGGAATTGAATAAATTGGTCGTAGTGTATATGTGTGTGTATGAATGTGAGAGTGTATGGGTGTTTCCCATTTCTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGTGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCAACTCCTGATAAATAAGGGAGTAATCCGAAGGAAAATGGATGATTTGGCCCAAGATAACTGTGTGGTTACCATTTACTCTCCCTGCAGTGGCTATAAACCTTTATGAGTTTCTTTCTTCTGTTAAACACAAAAGGTGATATTTTGAAGAATGCTGAAAACCTGTAACCAACTCCCCATCCCCCCCCCCCCATCTAAAGTCATGATCACCAATGCAGCAATTGGCTGACTGAGTAATGACATCATCTGCTTAATATTAATATCAGCCATGTGACAAACTAACATAAATTTCGTAGTAAATGAAATGGTTTGTTAAAGGATACGCAATATCTTTCCACACTTTTTGTTGACTATTTTTACAGGCTTTACACTTTGTGTCAAGAGTATATTATTAACTAGTTGAGGAGTAGATGCTTAGGTTAATTTAGCTAAACTTATGATGAAAGCTTTTATAAAAGCTCTAATAAAATTCAGTGGTAACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATGAACAACACTTGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTGATGCATTATTAACATCCAAGTCCATGCTTGTTAACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAACATGAACTAACAATGAACTACTGTATTTTCATTAACTAATATTGACTAACATGAACAAATACAGTAGTAAATGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAATTAACATTAATAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCAATTCAGTTGTATTTTTTCCACATAGTGACTGTAATAAATCTTGCTCAGTGTTGATTTTAATGCATTAACTAACATTTACTAATGCGATTTATCATTTAGCGTCTATTTGCAATTGAATTTGATTAAACTATTTGTTTACTGTAAACATGTGTATACAATAAATCACTAAGCACTAACTATATTTTGTTATATCTGTTAAATAACCCTTTTTTTGATCTTATGGTAATAAAAACTTCAGCAATTAATCACAACAAGAGTTTTTTTTACTGGCAAAAAGCCAACTCTTGGATTACTTTTGAAGAATGAATCTTCTCTGGATCGTGTCAGATCAATAATTTAGCTAATTTTGCATCCACCCTTTTTATTTGCATTTTGGAATATTATATAAAAAATGATTAATGAAGATACACATAAATTAAATATGCATGAAAACGTATGCCTTATTCCAATTTTGTGCTTAAGTATAATTCACATGCTTGGATGGAAACATTGCAAATATTCAAATCCAGCTAACTGAGTAATCCACACACAAAGAACGAACCATGAGTTATTATGAGGATTTTTTTTATGGTGTTTTGTAGGGATGTAACGGTATCAGAATTTTCACGGTACGGTAATACCTCGGTATGAATGGCATGGAACGGTATTTATTGAATCATTTACAGGAAAAACAAAACTAATGAAAATACTCTAAAAAAGTGCCAAAAGTGTTTATTTACCTTAGCACTGAACATATCAATGACATACAAATTAGCCATCTATCTGTAAGTTTCAAAACAGGAACTTCAATTTATCAATTTTAATAACAAAAAATTATTAAACCATATAAAAAAAATAAAGTTTCAACTTAGTATTGTTGAAAACTCATCACATTCAACATTTAATCACTCACTCACTTAGATAGAGATGGGTTTTTTAGGGAAAATGATCATATAACTATAATCTGGTAAAAGCTGGGATCTCTGGGCATGTCCCCTGCAACAGAAAAAAAAAACCTCTCATTTGGGACTGAGGTTTCTGGGACAGAGAGATATGATTTAGCCAAGGTTGACAGCAGTGGGTAACGTTGTGCATTGTCTTTCCACCACTTGAGAGGACAAGCCATGAGTGAGATAGAGATCTCTTTGCGGTACAAGTCAATGTCTGCATCAATCTAACAAGTGTGCTGCAGTCCCCATGACTGTTTTTAGTCGTATTCCCCGACTTATATTTCACCACAGTCTGGCAGTGCCTGCATACAGTTTTTTTCTTTGTCTGTAATCTTTTCTCCTTTTTCGTATCTTTTTAGAAAGAAACCGAAATGCTTCCACACATCAGATTTAAAACACGATTTAGGTTCGATCATTTCCAGCTCTTTTTCTTTCCCGCTACTAGCAGCACACTCAATTTCCACATTACTGGATCTGTAGTGACAACAGACCGCAAAGGATGACGGCCACGCCTAGGCTGATGGGAATTGTAGTTCCCGCTACCTCCCGTTCACTTCATTCGCCTGAGCAAACTTTTCTCAGAAATATAGTTTTATTGAGTCATGCGCCTACGGTAATATTGAAAAAAATAACTATTGCGGTATGACAGTATTTACAATATTGTTACATCACTAGTGTTTTGTATTGAATCTGAAATGGTTGCATGAAAGCTGTTTGCTTAAACGACGATTAAACATTTATAGTTGTTGATTTTTAACATAATAATTGGATAAAATATAGTAGTCTCTCCCCCTATATGTTTGAATTCTAACACATTTGTTCAATTATTTATAGATGATACCCAATAAACTGTAATTCTGTTTAACAGTGTTTAACAGCAGATAACTTCTGTGAAAATAAAACATTAAAAAAATGTTTGTATTGAATTTGCATTATTTCCAG
Seq C2 exon
GAACACTGGATCTCTCCTCAAAATGCCACCAACATCAAGCCGATGCACCCGACCTCCATTCACGGTGTGGAAGACATGATCCGGCTGGGGGATCTGAACGAGGCGGGAATCCTCCGAAATCTGCTCATCCGATACAGAGAACACCTCATCTAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099871:ENSDART00000166980:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.118
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=PU(4.2=54.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]