DreINT0101030 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099871 | myo7aa
Description
myosin VIIAa [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020709-1]
Coordinates
chr18:3143661-3145426:+
Coord C1 exon
chr18:3143661-3143879
Coord A exon
chr18:3143880-3145108
Coord C2 exon
chr18:3145109-3145426
Length
1229 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TTTCTCTCCATCCATCTCAGTAC
3' ss Score
7.08
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCGTGGCGGTTTCTCACGTCTGCAGGCGCTATATAGATCTCGCAAACTCTACCAGACGTATCATGTGGCACGGCAGAGAATCATGCTCTTCCAGGGCCGATGCAGAGGTTTTCTGGTGCGCAGAGCGTTTCGCCACCGCCTGTGGGCTGTGATCACAATCCAGGCATATACGAGAGGAATGATCGCCCGCCGGCTCTACAAACGACTCAAAGGAGAG
Seq A exon
GTGAGCAGTCTGATTTATTTGTAGATTACGGTTTAAAGAGACAGTTCACCAAAAAAAAAATGTAAATCTATAATCATTTACTCACAATCTACTTGTTTAAAATCTTATGGTGCAAAATGCTAATGCATGCTATCAACATGCTAAGCATGTTACAAATTTTTTAACCATAATGTAAACATTCCAGCATCCTGCTAATTCAATTTTTCAAATATGGTCGCAACATTCAGATTCATGCTGATGACATGCTAAAGAAAATCTTGCAACGTGTCAATTCATGCTACTAATATTGTAATAAATTAGCTAATTTATGCTTAACTATGTTAAAAACATGCTAGTGACAAATTTATTCAACTTTTAATGTGCCAACCATTTTAAAAACATGCTAGTCGCAAGTTAACTTAACTTTTAATATGCAAACCATTTTAAAAACATGCTAGTCGCAAGTTAATTCAACTTTTAATGTGCAAACCATTTTTAAAAAATGCTAGTCGCAAGTAAATGTATAAATGTGCAAACCATTTTAAAAACATGCAAGTCACAAGTTAATTTAACTTTAAATGTGCCAACCATTTTAAAAACATGCTAGTCATGAATTAATTTAGCTGTTAATGTGCAAGCCATTTTAAAAACATGCTAGTGACAAGTTAATTTAACTTTTAATGTGCAAACCATTTTAAAAACATGCTAGTCATTAATTAATTTAGCTTTTAATGTGCAAACCATTTTAAAAACATGCTAGTGACAAGTTAAATTAGCTTTTAATGTGCAAACCATTTTAAAAACATGCTAGTCATGAGTTAATTTAGCTTTTAATGTGCAAACCATTTTAAAAACATGCTAGAAAGATGTTTGTTCATGCTACCAATGTGATAATCATGCAATATGTTAACCATACATGCTAGCAAAATGCTAATTATTGCTACCAACTTTAAAACAAGTAATGTTTAATTCATGTTAACAACAAATTAAATATGATATGAAATGCTAGCAAAAGTCAGATATGATGACATGCTGTAAACATTCTAGCAACATGTTAACTCATATTGCCTGCTTACATAGCAACAAGCTAATTTTTGCTTAACCGTATGCTACCAACAAGCTAATTCAATTGATTCTTATTAATGCTTCAGTAAATGTTGAACTATGAATTAACTACTACTACTACATTAACTAATGAAAACCTGTTATAAAGTGTGACCAGAAACTGCATTTCTCTCCATCCATCTCAG
Seq C2 exon
TACCGGCGACGTTTGGAGGCCGAAAAGTTGCGTCTGGCCGAAGAGCAGAAGCTCAGGAATCAAATGAGCGCCAGAAAAGCCAAAGAAGAAGCTGAAAAGATGCATCAGGAGAGATTGGCACAGCTGGCGCGAGAAGACGCCGAACGGGAGAAGAAGGAGCGGCAGGAGGCTCGCAGGAAAATGGAGATGTTGGACCAGATGGAGAAAGCCAGACAGGAGCCAGTCAACGATTCTGATATGGTGGACAAGATGTTCGGCTTCCTGGGAACCACAAACTCTTTCCCTGGTCAGGAAGGTCAAGCGCCTGCTGGGTTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099871:ENSDART00000166980:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.717
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061222=IQ=WD(100=28.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GAATCATGCTCTTCCAGGGCC
R:
TGGCTTTCTCCATCTGGTCCA
Band lengths:
351-1580
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]