DreINT0105898 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018721 | npnt
Description
nephronectin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-201]
Coordinates
chr1:49467822-49482381:+
Coord C1 exon
chr1:49467822-49467922
Coord A exon
chr1:49467923-49482330
Coord C2 exon
chr1:49482331-49482381
Length
14408 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
TCTGGCCGTTTGTTTTGCAGCCC
3' ss Score
10.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCCTCTACGTCTTAACCCGCAGAGTAATCGGGATAAGGTGTCAGCCCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018721:ENSDART00000018469:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF094025=MSC=FE(43.6=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]