DreINT0106130 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003165 | nr2f6b
Description
nuclear receptor subfamily 2, group F, member 6b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2351]
Coordinates
chr11:6119872-6126839:+
Coord C1 exon
chr11:6119872-6120222
Coord A exon
chr11:6120223-6126744
Coord C2 exon
chr11:6126745-6126839
Length
6522 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TATCTATCCTACATTTACAGATC
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTAAAGGGATTCGCTCCAGGGCGGCTCTGAATTCTCGACGCAGGAAGGTTTCTCGAGCAGCTCCTGCTGGTGTACACAGAGATGGCCATGGTGAGCGGGGGATGGGCCAACCCCAATGGCAGTGCTAATGGACTCGGTGAGAAAGGTTACCTGCGGGGGGAGGAGGAGGGAAGCTCGCCCCAGGCAGGGAACAGCGATGTGGAAGGTGGCGAGGAGGACAAGGCCTGCGTGGTGGACTGTGTTGTGTGTGGAGACAAATCCAGCGGGAAGCACTATGGTGTTTTCACCTGTGAAGGGTGCAAGAGTTTCTTCAAAAGGAGCATCAGACGGAACCTCAACTACACCTGCAG
Seq A exon
GTGAGACACCCACACACACACGTGTATTATTATTTCTATGGTTGAGCACACTAGTTTACGTTTTTTCTGCATACTTAAAAAAATTGTGACTGCTCAGACACAACAGCCAATCACACGCTGTTTCCAGATGCAGCTCAGTAAAGGAATTTGGCTGAACTTTCGGTGAACTCTGTTAACCTCTTACTGACATTTCAATTAGAGTGTGTGTAAGTGAACATAAACGCACTGATGAATCAGAGTCTGTAATAGAGGAGATTAATAATAGTAATTATGTTTTTGTATTAATCATGTTTTGAAAGCTGTTACGACTTAGATTTTTATACCCAAGACGACTATTTTTTTTAAATTGCCCTAAGCAGTTATAATTCATGGATTTGCTAAGGGTTAGTGGTTATAGTGAGAGAAACAAATTAATCTGGAATTTTCAATGCATACACAAGTGAAACTATTGCAATGCAGCAAAGTTTAGCAAAACTGAGAAATATGTAAATAAACAAATGACATGACACATCATCTACATCTACAGAACAAGGACTTGACGCGCATAGGTTAATTAACGACAGGACACTGTGTCCCCAAACCTTAACCCAACCATCCCAGTTATTAATGTCTACATCTTCCCCAAACCTTAACCCAACCATGACAGTTATTAACGTTTACATCTTCCCCAACCCTTAACCCAACCATCTCAATTATTAACGTCTACACTTACTCCAACCCTTAACCCAACCATCAGTTATTAACGTTTACATCTTCCCCAACCCTTAACCCAACTATCCCTGTTATTATCGTCTACACCTTCCCCAAACCTTAACCCAACCATCACAATTATTAACGTCTACACTTTCCCCAACCCTTAACCCAACCATCAGTCATTAAAGTCTACATCTTCCTTAAACTTTAACCCTACCATAACCATTATTAAAGTCTCCAAATACTCCAATCCAATCACAGTTATTAACATTTACACACACTCCAAACCCTAACCAGGGCCGGCGCGTCCATAGAGGCGACCTAGGCGGCCGCCTAGGGGGGCAGTATATAGAGGGCGGCGTCCGCGACACCTCCCTTACCACCCGCGTCCTCAGTTATGTCCGTGACACCTCCCTCACCACCCGCGTCCTCAGATATATTCGCGCATAGACGACAAAATAGAGATAGACACCTCCATCAGCACCCGCGTGTCCTCAGTTATATCCGCGCATAGCATAGGGCGGCAGAATTGAGGTCCGCGACACCCGCGCGTCCTCAGTTATATCCGTGCATAGGGCGGCAGAATAAAGAGTGCAGTGTCCGCGACACCACCCTCCCTTAGCACCTGCGAGTCCTCAGTTATATCCGCGCATAGTGCGCTGGAAAAGAGGTCCGCGACACCTCACTTCATTTTCATAACCGGTCACTTTCACATTGGGGTTTAGGGCAGCGTGATCGTCCTCAGCCTAGAGCAGCAGTTCAGCTTGTTCCGGCCCTGACCCTAACCCAACCATCACAGTTATTAACATCTACAACTTCCCCAACACTAAACCCAACCATCACATTTTTTAACGTACAGCCGTGAGCTGCAGCGGCTTTCATACATGACGCATTCGCCATTGTACTGTTATTTTCAACCACAGGTAGTGACGTAGTCGCTAGTTGTAATGACAAAACGGATGAGGAAGTCAACGAGTGGAGTTGTATGGTGGAGTTGCTAATTGAATGGATATAATAAGATATCAAATTAATTGTTTGTGGATAAATTTGAAGAAAATTTGTAAAAACATTTGATGAAAATGTTTCTGCCATCTTGCCAACATCTCATTGTGACATCTCACATGGTTCAATAGGATCTCGATAACTGCATGTTACGCCCCTTCATGCTACACCCCTATCTTGCAGTCCGCAGATACACTTGGAATTTTCTGCCATTTATTTTGATTCCATTGACAGTTATTAATAAATAGTTACATATTGATTTTATTAAGGTATCACAATTAGCAGCAGCTTTTAATTGTTTTCTGAATAGCTCCAAAACTACACTGTAGCCTGTTGGTTTGTGTTGGATTTAGAACCGTAAGCGAGCATTCACTTTTTCCACCTTCAAATTAGACCACTACCTTAAAAGTGGTCAAAAGTGGACAAGATCAAAACGTTTTAGACCCCTTGTAAACCTGCATTATGCATAGTAGTGTAGTGGTAGGTGTGAATTTACACTGGGTGACAGTAGTTATATTTCCATCCACCTATTTTATGTGCATTTTGGATATGTGCATAAAAAAAAAAAACAGATGATGGAAACGCTAAGAAGCGCAAAAGTTTTGAAAATGCACATAAAAAACATATGCGCATAACAGAGTAGAATAAACTTTTATCCGATAAGAAAAGAAGTGCATAAACTATGATGCAAACACTTTTACCGAACAAATTCCAGTATGTGCATTAAAAAAAGTCATGTGATGTTGTTATAAGAGATCATGTGATGATAAAATGTGTGCGAATAGACAAACAAGCAGGCTGACCGCATTATAAAACATCTGAAATGCTGTTTTGATCATTCTAAAAGGCCTCAACCATTTCAGTATTAGCGTTATTATATTATTAATTACCGCCAGAATCAAGAATGCGTGTTCTCTTTGACTTGTTGGATGGAAATGCTGCTTTATTCGCATGTCTTTTACGATATTCCTGTTTTGTGCATACATTTTTTTGCATCTTTGGATGGAAACATAGCTAGTGCTACCTTTAAATGTGTGTTATGAACAAGCTTTTCTCAAACCGTAGCTCAGCCTTGGCAGTAGCTCAGAACAAAAACAACCTGTTGTAGATTGATGCATTCTGATGCATATAAAATAGACAACAGAAATCAAGCTAACTAGGAGCATTTGCATTCACATTCTTTGAATATATATAAGCTTTTAGAACACTAATTGGATGTCAACATGTCTTTTCAAAAGTTGAACATCAAATTATGATGAATTCTGGTGACTAAGGCTTGCTAATTTCAATGTTTTCACAATAATTGCAAACAGGCATCCAAAAACATCCAAAGCATGTCATGGTAGCAATACGCTACATCTTCATTGCCCTCCAAACAACAACAAAAAGTGCTTTTACAGCTGAATGATGCACAAAGATGCCGTACATGGCCATTGAAACACAATTGTGCATGTTGTGTGTATAATTGGCCTCTTGCAGCAGATCTAACATTAGCACTGCTGCCATGGGAACTTTAGGAATGAGTGAACAGAACTGCGTCCTTTGTGTTTGTGCCAAGGTTTCGCCATAATTTACCTGGGAATCACTTGAGAGCTCTTCACGTATGACAGCTCACAAGGATAGAGAGTAATTCACTAAACGGTCAAAAGACTGAGTTATATTTGTTAGATTTTAACAATGCAACCAAAATTAATGTGTTGTTTTCCGTAGAGTTAGAAATTCTATGGCTTAAAATTTGAAGGTCACAGGATTTTACAACCACTCACATTTGTTCATGTAATTAGGTCTATTTTTATTCACTGATATTCTGTATTGTGCATTATGGATCATTTTAAACTCCTTTTAGGCATTATGGCAATTAATTCACATAGTAACTTTACCCACAGTACAAAAACATGTGGTATGAGTGAATTAGATCAAGTAAATTGTCCATAAGGGGTGGCACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACATCAATAAGGTCGCTGGTTTGAGTCCCGGCAAGGCCAGTTGTCATTTTTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTTCCCATGTTTGCGTGGGTTTTCTCCGGGTGCTCCCGTTTCCCGCACAGTCCAAAGTGGACTAGTTGGTATTCCACTGTGGCGACCTCTGAATTAGAGACTAAACCGAAGGAAAATGAATGAAATTGTCCAAAGTGTGTGAATGTGAGTGTGTAAATGGGAGAGTGTGTTGGTGTTTCCCAGCTCTGGGGGTTGCAAGAGATAACGTTTTCTCATGGCTGGGTTGAGGCAAAAAAGATATCAGTAAAACACAGTAAAACCTGTGACAGAGTAATTAGTAGATCGTTCTGCCGTGGCGACCGCTGATGAAAGAAGGGAATAAGTCAAAGTAAAGAGATTGAGTGAATATTAGTCAATTAATAATCAGTGGATTCTTTTAAAATGGTGATTGCCTTTAATTACTGTGAAGATGGCATGTCCATACTTGTGTTTTTGCAAATTGTTATGTCTCAATATAACAAATGCCAAGATAGAACAAGACCAGAGTGTTTTGTTTTATAATCTTATCTGTTCTTGGCATGCAAATTGCATTAAGCAGAGATTTAAATAATATCCAGGGAAGATCTGATTGTGACTTTTTTATTACCATGCAACAGAGCAAAACTAAAAACTGTAAGGTTTAGACAAGCCTGGATTGCCTCAACGGAAGGACCGGGAGAATTCCCTGTGGGCCGGTCAGTTTTTAATAATAATAATAATAATAATAATTCCTTACATATTATATAGGAGGCCATGATGGACAGAAGCCAGTGGGCAGAATTGGCCAGGATGCCGGGGTTAAGGCTGATTTATACTTCTGCGTCAAACGCCGGCGTATGCTAACGCGTCGGGATCACTGACGTGCACCTCTCAAAAAAATGTAACCACACGTCGCAACAATGCGTAGCGCAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGCCGACGAGTCTGGGCGGGACCGAGAGCCGCGCGAATGGCACGAGCGATTGTTTACAAGTGTGGAGTCCCGTAAAGGAGCTCCAGATGGAAAGTTTTGTTCTGTGTTTACCTCATAGTTAAAGTTGTTGCACGTCCGCCGGTTCCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGTCACTTGTACATCCAGGAAGTGTTCAGAAAAGCAAAACAGAAGCAAAGAAACTCGACACAGAGGAACATTTACACCTCACTGCCAACTAGCGTTTCGGAAGTGTTAATGCAGACCAACAGAGACAGCGCGCAGAAGTATAAATGCACAGCTGCGCGCGTTACCTGCGCCGTGAGTT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Seq C2 exon
ATCAAACAGAGAATGTCAGATTGATCAGCATCACCGTAACCAGTGTCAGTACTGCCGTCTGAAGAAGTGCTTCCGGGTCGGTATGAGGAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003165:ENSDART00000027666:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.274 A=NA C2=0.010
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010513=zf-C4=PU(55.7=43.3)
A:
NA
C2:
PF0010513=zf-C4=PD(42.9=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]