DreINT0106994 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087100 | ntng2b
Description
netrin g2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110502-1]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
29522 bp
Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
ATTGTGAATGTAACGGACACTCGAATCGCTGCAGTTACATCGACTTCCTGAACATAGTGACGTGCGTGAGCTGCAAACACAACACGAGGGGGCAGAACTGCGAACACTGTCGCATGAGCTACTACAAAAACATGTCTGCAGAGCCTGATGATGAGAACGTGTGTATCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087100:ENSDART00000151648:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]