DreINT0108596 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035148 | orai2
Description
ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-127]
Coordinates
chr5:60871451-60882131:+
Coord C1 exon
chr5:60871451-60871519
Coord A exon
chr5:60871520-60881895
Coord C2 exon
chr5:60881896-60882131
Length
10376 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTCAAAACTCTCCTTCACAGCTA
3' ss Score
7.1
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTTTCGCAGATACACTTTCTGTCGGCCCTCATGTGGATGTGAAAACAAAACGAGACAGACAGCAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTACTATGAGCAGTGAGCTCACAGTGCCAATGGGCTCTCCAGCTCCCGGCGGCTCAGACCGGCTGCAGGATGGCGGTGGGATGGACTACAGGGACTGGGTTCGGCGCAGTTATCTGGAGCTGGTGACCTCCAACCATCACTCGGTCCAGGCTCTGTCATGGAGAAAACTGTACCTCAGCAGGGCCAAACTCAAAGCCTCCAGTCGAACCTCAGCCCTGCTGTCTGGCTTTGCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035148:ENSDART00000131937:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.224
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF078567=Orai-1=PU(16.8=43.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]