DreINT0108699 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004634 | osbp
Description
oxysterol binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-18]
Coordinates
chr1:52053407-52064325:+
Coord C1 exon
chr1:52053407-52053633
Coord A exon
chr1:52053634-52064182
Coord C2 exon
chr1:52064183-52064325
Length
10549 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TGTGTTTATTTTCCAATCAGGCG
3' ss Score
8.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGGGCGCTGAAAACATGTACTACTTCTCAACGCTGGCGCTGACGCTAAATGAGCCGGAGGAAGGCGTCGCTCCCACGGACAGCAGAAAGCGGCCGGATCAGCGTCTGATGGAGCAGGGCCGCTGGGAGGAGGCCAACGCTGAGAAACAGAGGCTGGAGGAAAAACAGCGCACGGCCCGAAGAGAGCGAGAGCGAGAGGCCAACCGCTCCGCCAACCCTGAGGAGG
Seq A exon
GTAAGGAGCCAGCGGACGGCGGTAAACTCTCATTTTATTATCATTCTCCTCGTCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTTCTGCGTTCACTCCTGTGTGTGTATCTCTGTCTTTCCCTCAAGCTCTCATTGAGGACTCCATATCTGACTCGCCTCTGAAAAGCAAGTACTCCTGCTCTACTTTCCTCTTTTTGATTGTCCTCTTCTGCATGTTCGTCCATCTCTTGTGCACAAACGCATGCAGATTGTGTAATAGAGCTAATTTGCATGACGTTAAAGGAATGGTTCACCAGAAAATGAACAATTTGTCATCATGTTTCAATTGCGAAACAAGTGAAGCTTGTTTTTTATGATCGACGAAAGGGTTTTGCTAGAAACAGATTAGCCAGTTTTAGGATGGGTAGCATGTTATACTTTTATAAAGTTAAAGTTTTATAAAGTTTTTTATAAAGTTTACTTGCGTTTTAATTTTTTTTTCCTATTTTTTTTTTTATTATTAAATTTTTTTACATTTTTATTAATATAAATTTTCTACAATTTTATTTTTTTAAATCATAGTTTGTTTTTTTGTCTCTTTTTTTCCCTTTTTATATATTTCTTTATGAAAATACTTGGATTTTTTTTTTCCCCAAAATATTTTTTTCAGTTTGCAATTTTTTTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTATTTTAGGCTAAAATGTACTTTTGAAATATATATATTTTTAAACTTTAAATATTTTATAGTTGTAGTTAGTAACATAAAATTGTCTGTTTGATTAATTATTAAACTAATTGTGTTTGTCCCAAAATAAATGTTTAAATGTGCACCTTTTTTTAGATTTTAGTTATACATTTTTTTAGATATTACATATATTCTTAACTTCATATATTTTATTTGTTATTTATTTAAATTAAAATAACTTTTTTAATAATTTTAGTTACTTACCAAATAATTGTTGTCTATTTTTTATTATAATGATTTTATTATAATTATTTTGCCAAAATACATTTTTAAACTTTCACTTTTATTTTAAATGAAAATATTTAACATTTATTTTAATTAAAATAACTTTTTTTATTTTAGTTTGTAATAAACAACTAACCTTTTTTTCATTCTTATTTTGTTTTTTAAGGCAAAATGTACATTGGTACAACTTAAAATATTTTATTTAACATTTATTTAAATTAAAATAAATATTTTGATAATTTTAGTTAATAACAAAAAAAGTCTTTTTTTTAAATTAAAATACCCCCCCCCCCCCCCCACACTTTTTCATTTTTATTTATTTTTATTTTAAGTCAAAATTTACTTTTTCATATTTTTATTTATTTTTACTTTAAACATTTGATTTAACATTTATTCAAATGGGGACACGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTTTCGCCTCACATTAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGTCTAGGCTGGGCTAGTTGGTGCTTCTGTGTGGAGTTTGAATGTTCTCCACGTGTCGGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTCCCTCACAGTTTAAACACATACGCTGTGTCAATTGAATAAGCTAAATTAGCCGTATTGTATGAGTGTGTGTGTATGAATGTGTGTATGTATGGGTGTTTCTCAGTAATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATTCGCTGTGTAAAGCATGCTAGATAAGTTGACCGTTCATTCCTCTGTGGTGACCTCGGATAAATAAAGGGAATGAGCTAAAGGAAAATAAATGAATGAACAAATTTTTTTAAATGAAAATAAATACTCTAATAATATTACTCACTCTTGCTCCAATGTGACAAGTACCATCAACCTCTGTTATACTGTTTATCTTTTCTCTTCCGCTTGTAAATAAGTGATATTAATTAAGCTTTGGATGAACATGAGGGTGAACAAACGATGACAGGAGTTTTATTTTCGGGTGAACTATCACTTTAGCATCCAGGATCACTTTCCCCGCCTTCATTATGCCATTCACTCATTGTATTCTTTCTTTTTTGTCTTAATTTGCATCCCCACTTTTGTTAATTTTTGGCTGCTCGTCTCTGCACTCTGATCAGCTGAAGAAGTCGAGATTGCCACTGAGCCTTCTGAGACCACTGACAAAAGCAAGTACCATCCCATCCCTCTCTATAATCACTCCATTTCTCACGTTTATCGTCAAATCATCTTCATGTCTTCCCATCTGTCTGTCCTCCGTCAGCCGACACAGACGAAACCTCCTCTGATCTTTCACTCTCAAGCAAGTAGCAGAAGCAACACAATCATTGATAACTCTCTCTAGTGTTTTACTCTGTGTTTACATGCTGTTTTCACACTCGATGTGATTTCTTGGTATAAAATCAGTTCTGATTTCACCCTCTGTGTGTGGATTTTGCTGTAAATTCAGAATTGATGTACAGTTGAAGACACAATTATGAGCCCCTCTGTGAAATTTTTATTCGTTTTCATATACAAAAGTATTTTTTATTTTTTTTAAACGGGAAAAGAAAGTATTTTTTTTTGGTATTTTCGATTATATTTTTCTTCTGGAGAAAGTTGCTTTTCTTTTAGTTTGGTTGGAATTAATTAAACATTTTAATTTTTTTCTTAAACTGTAATGGTCATTATTATTACAAAATTACAAATTAATAATATTCAGGCCTTAAAAAGTCTTAAATTGACTGAAATATGTGAAGCTATTGATCCAATACTCATTCAATCACTCTTAGAACAGTATGTTGTGCATACATTTAGTATTTAAAGAGTTTTTCATGTTGTTAATTATGTTTAATGTAGTGTGTATTTATATAGTGCATTTATTGTGTATGGCCATACACCCAAAGCGCTTCACAACGTCCCTTTAAAGGCTAATTTATACTTCTGCGTCAAACACCAGCGTATGCTACGGCGCTGATGCATAGCCCTTCGCCGTGACCGTCACTGACGTACACCTTTCAAAAAATGTAACTACATGTCGCAACAACGTGTAGCGCATGCTCTGTTATTGGTCGGCTTGGTAGCACTGACGAGGCGGGGCGGGACAGAGAGCCGCGTGAATGGCATGAACCCAATGTAGCGATTGTTTACAAGTGTGGAGTCCCATGAAGGAGCTCCGGATGGAAAGTTTTGTTTTGTGTTTACGTCATAGTTAAAGTTGCTGCACGTCCGCCGGTTCCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGCAACTTGTACATCCCGGAAGTGTTCAGGAAAAGCAAAAATCAGCGAAGAAATCCGACACAGAGGAACATTTACACCTCACTGCCAACTAGCGTTTCGGAAGTGTTAATGCAGACCAACAGAGACCGCGCGCAGAAGTATAAATGCACAGCCACGCGCGTTGCATGCGCCGTGGGTTACGCCGGTCACTTGACGCAGAAGTATGAATCAGGCTTAAGACAATTCATTTCACTGGGCGACCACCTTTATACACACCTCTCAAGCAGTATGTTTGGGCATTTTGTCTGATTAGGAAAGCATCAAATTCTTCAAAACTTACAATTACATTACATATTTGAAATCACCAATAAAATGATACAGCAACTGTCCCATTAGTTTTCTAAACAGTCAAATCAAACAAAATCTGCATATTTTCAGGTTGCCTGAGCTAATATGCATGCGCACTCAAAAGGAACGAGATCACGACACCAACCTCATTTATGGTCATGTTAAACATTTTCATCCTCTGGATGATGATCGTCAGATCGCGCTTGGTCTTGATGGCGAATCTCCTCCAGAAATGACAGCGTCTCTTTATTTACAAGTTTGTGGGCGTTTGAGTAGTTGCTGTCATGTGATGTGCATTTGACTGGACAAACTGTACCTCACATTTGTTTACAGATTACAAAACCAAAATACTTTTGTTTTTAAGTGTAGTTGGTTCAATTAAAAGTACAGATGTCAAGCTTTATGTGGATATATTTCTTATGTCTGTAAAGTTAGTATTCGCTGAGATTTCAGTGTGTTGTTGGCCACCAAACTGTTGTATAAGCACACATCTGGTCCGAGCTTCTCCCCCAGATAAACGTCAGTCTATAGCGGACGATGATTGGCTCCTGTACTTTAAGGCGGGGCTTCATTCATCATATGGACCGGTACACTTTTCCCTATTCAAAACTTTACCATTGACAAATCTTGTGTATTCTAAAGTGTTTGTTAATAATTAGTTATTACAACTATTGTTTAAAAATGTGTTCAAAATCTTTGTTTTACAGCACTTTAGAAATATTGGAAAAATAATTAATTTCACTGGAGGGCTAATAATTTTGTCTTTAACTGTAATAGCATTTCTTTTTTCTTTTTTTAACTCGTCTTGCTTTTTCAAAGTAACATAAGTGTGAAAACGCAGTCATAAACTAGTCAGCAGGTTATTGCTTTCTTTAAATGTATTGGTTATTTTTAAATGATGCTTATTTAAACCAGCGTTTTAGTTCAGATGCCACTCCATATACTGTACAGCTATGGGAAAAACCAAGAGCCCACTTGAAAATTTAGTTTTAATTTTGTGATTTATTGTGTTGTGATTGAATGAAATGTAGTTTGTGTTGAATTCTGTTAACTACTAATGCCATTTCTTCCAAATTTAAAATAAAAATGTTGTCATTAATAGTATTTTTTTTGTAAAAATATAAAAAAGGAGCCATGTTTATGGTCATTTTTAGACAAAACGATATAAATGTTTTACCAGAAGAGTAAAGAAACAAAATTTGGTGGAATAACAAAATAAATAGTGCTATAAAAACAATAGTTTTATTTGCATTATTATTATTTGAATAATTTCTGAAGACATTTTATCAGACCTTTATAGAATAAATCAAATGTCAACGATTGTTCTCATTTTAATTCTCATCTCTCTAAATCAAACCCATAGATCATAAATACAATAAATCCAGCATTTTCAAGTGCTCTCTTAATTCATTTCCAGCTGTGTTTACCGTCCACTAGTGGGCAGTGTGAACGTACAACTGCAGCAGTGAAGACTTT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Seq C2 exon
GCGGACACCAGGACAGCTATAAGGCGATGTGGTTCGATCGGTGTGTGGATCCGATGACCGGAGAGCCCACGCACATCTACAGAGGAGGATACTGGGAGACAAAAGAGCAGGGAAACTGGGACTCCTGCCCAGATATCTTCTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004634:ENSDART00000141530:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.801 A=NA C2=0.530
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0123713=Oxysterol_BP=FE(20.5=100)
A:
NA
C2:
PF0123713=Oxysterol_BP=PD(8.2=68.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]