DreINT0109297 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000034189 | oxsr1a
Description
oxidative stress responsive 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070620-25]
Coordinates
chr2:24062595-24070954:+
Coord C1 exon
chr2:24062595-24062659
Coord A exon
chr2:24062660-24065584
Coord C2 exon
chr2:24065585-24070954
Length
2925 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TTTATCTTTCTTCCCTTCAGGCA
3' ss Score
11.98
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCAGCCAACTTACAGAAAATTGTTGATGATCCACAAACTCACAAAAATGTCACTTTCAAGCTG
Seq A exon
GTAAGTTTGTTGGTTAAAGTTGGTGACCTGGGATTGTTTTTTACAAAACATCTTCTCCTACCTCTGAAAGTTCACCTTTAATAGCTTTAAATGTTTTTATCTGATAGTTTTCTCTTAAAGTCAATTCACAAAGCTGCTGAGACTAACTTTTCTAATCAATAGAAGATTTAAGGCAAAAGTAAGGGTAGGTTTGTCCTTTGTGGAACAGTTTTGCAGAACATAAGAACACACAGACCTCATTAACATTTAATCCATCAACAAATGAGAACAGTACAAACAATGACCAAACATACAAAATTAAGAGAAACTGTGTTCCTTGCTTTCAATGTTTTACACATCAAAAAAAAAAATTTCTTCCAGTGGTATGAATTGTTTTTTTCCAGTGTATGTTTTTTTTCTATTGATTGAGCAAATGTTTTTTTTTTTTTTTTAATGCTTTAAAAAATATTTTAAAATGGTTTTAAAAAGAAATCTTGGCATTTAAAAACATATTTTACAAAAAATTTTTTTGACAATTTGATTTCTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATAGAATTAATTAGCAAGTCTGACCATATAGGAATCATTGAAAGCTATTTAGGAGAACTTTCAGAGGTAGGAGATGTTTTGTGTGAAATTATTTTGTTCGGCCCGTCAAACTCTTCCAGAACGTCGATAGGTAATCTAGAAAAAATTTTCTATGAAGTCCTGGGTAAAAAATCTGGGTGTTCTAGATGGTAGCTTGAGCTTTGACAAACAGATAAATGCAGTGGTCAAATCCTGCTTCTTTCAGCTTCGACTTTTAAAAAGTCAAATCTATTTTATCCAGAAAAAAAATAAATAAACCATGCTTTTATTACCACTAGATTGAACTATTTTAACCCATTATACGGTCACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATTAATGCGTTTACTAAGATGAACAAACAATGAACATTACATTTACTACTGTATTTGTTCATGTTAGTTAGCGTTAGTTAATGAAAATACAGTTGTTCATTGTTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAACTAATGTTAACAAGCATGAACTTGGATGTTAATTATGCATTAGTAAATGTTCAATTATGATTAATAAATGCTGTACATGTGTTGTTCATGATTACTTCATGTTAGTAAATGCATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTTACCCATTATACTTTGGGATTAGTCAGAAAAACTTATCCCGGTTACTATTAGTTCAAAATGCTGCTGCAAGGCTTTTAACAGGTACCAAAAAACATGACCACATTACCTCAATTTTACGCTCACTGCACTGGCTGCCTCGTTACTTTTAAAATGCTTCTCTTGGTTTATAAATCTCTAAATGGCCTGGCACATTCTTATCTGTCAGAAATGTTAATTGAGCATCAGCCTGGTCGGTCTCGTCGGTCGTCTAACCAGAGACTGTTATGCATCCCTAAGTCAAGGCTGAAATGCAGAGGTGACCGTGCCTTTGCAGTAGCTGGTCCTGGGTTGTGGAATGCTCTGCCTCTCTGTATTAGATCTGTTTCATCCCTGTCTGTTTTTAAAACTTAACTCTTTGATTTGGCATCTTATCAGTGAAAATTGTTGGTTTTAGCTGTGCGTGTATAGACTATCCTGTCACAAAATGCAGTGAAAATTCTACACGATGGTGGTAGTTTTATTATAGTGTTTACATGTTTACACTTGGAGAGAAGTGGTGGATCTTTACAGTGGATCTTTCAGTCTATAATATTGAAGTGATATTAACGTACTGTAAACTTAGTAACTAAATCATTTTGACTAAGGTATTGTCTTTAGAAACTAAAAGAGTACTGCTGACGATACAAACTAACTTTGCCTCTGAATAAACAAACAAAGACCACTGATCGCTTACTCACCAAATCCGTAGAGACATGACAATCAACACGAAAGGGAAACACATCTTTTTTAAAAGAAGCCAAGCGGCAAATCTGGATTTCATCATTACCAGATGCGAAAAGTTCTTGGGTAAAAAATGTTTTGTGTAAACGTATTTGTCGTGTGTCGCGTGCACTGTAGTACACACAAGAGTCTAGCTGTGCTCTCATAGCGGCAAATGAAAACAAAACCTTCATTAAAGCACATTTATAAAAGCAACACTGACGACCTGTGTCTCCAAATTCTTGTTTTTCCACTTGTTTTGGCAACACAACGTGGCGTCTCTCTGCCGTCTGAACACTGTAACGGGTAAAAACAGTCTTCGAAGCTATCACGCATATTACTGAAGTTGCATCTCATACACAATAGAGCACGCTGATTGGTTTGAACCAAGTCTTTCTCATGAATTAATGCTGCACACTCGTCATGATGCACTCGCAGGTACAGACACTCTTCAAGCTGGAATACACGCAAGGATCTAATCAACACCATGCAGCTTCAAAAATTAGCTTGAAATGAGGCTAAAACAACCAATTTTCACTTTTTTGTGCAATTTATATGTGTCCTAATAGTGTTTTTAGCAGCGTGTGACACGTATATGATTGTCAACCACTCAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCATGACCCATTAAATGTTTTCTTTCCAAACAACAGAAACAGCCATTTTAGGATAGTTTGTGGTTTGGTCTTGGTATATAATGTTTCACTGATTTAGAAGCTAGTTTTAGCACTTTGTAAGTAATTTTACAGCATAATTTAGCACTCTCACAACCATTTTTAAAAAGATTTTCTCCTAAATCTGCAAGTTTGGAGCTACTTGCTTTAAGATGTTTTGTGAATACAATCCCATTTTTTTCATAACCGAGGTGTTTCATATTGGCGTCATATTTATCTTTCTTCCCTTCAG
Seq C2 exon
GCATCAGGAGTGGACAGCTCTGAAATTCCAGACGATGTTAAACTCATGGGATTTGCTCAGCTGAGTATAAGTTAAAACCTAGTATTACCAGCAAACGTAAAGAAAAGAAAAAAACCCAGACTTGTTTGCACACCAGTGCATTGTAAATGCTTTCATTGGCCTAAAGAAACCACTACTGCCAAAGAGACAGAAGGAACCTGACACCACATAGGATTAACAAATGTTGAATAGGACTGCATTCGAGTTCTTCATAGGAGCGCACCTCAGATGTTTACAGTATTCATGTATGTTTCGTTTTCTGTTGCTTTAAACATTTGCACAATCTGAACCAACTCTTAATACTGGTAGATGTCAAAAGAATGCCTTACTTTCGATAGAACTACTACTGAATTTACAACTGTAGGTAGATGGTAGCTGTGAAAATGAATGAGTGACCGACTGTGTGTGTTTTCAGCTGTGTTACCTCAGTGGAGGCTGGAGGGCAGGATTGCCATTCAATAGCGTTTAAGGGTGCATGTCGTCGGCAGCCTATAAAGTCAGCTGTTCACTGCACTGTTCTGCAATGTGCGCTGTCATCAACACCGTATGGTTTTCCACATTAAACACAGGAGCCATGTCACACGCACCTCACAGTTACACATTTGGGCTGCTCTCTCACTATCGGGATTACATTCCCATCATTTTGCATGGGCTAATGCCAGACTGCATGAATGATGTTTTGACGTAAGAAATGCTGATCATTTTGCTCTCGGTTCATTTTGTCGATTGGACTGTTCGTGAAAACAGAAGGTGGGAGAAGAAACGATTTTATTTAATTTATCCAATACATCTTTCTTCTTAAAGATATATATGCTGTTCTTTAGGAAAACGACTGAAATTCTCTGGAAATCGTGCGTTTTAATTCAATATGTTGGAAAACAGATGGTTATATGCAACTTTGGACTGAGCATTCGTTTTATTTACATGCATTCTATTATGTGTAGCGGCAGCTGTTTGGATAGTTCAAGAAATAGATTTACCATTTATTTGAAGGATTTACCAGTGCTTGCGAGGTAGCAAAAGGTTAGCTTTACCACTGGTCAAATAAATTGATCTTGGTTAAGTAGTTTCAATATGAAATATTTCAGTCTTCAGACCAGCATGAGAATGGTTTGTTAACCAGAAGCATTACATTTTACAATTATTAAGTGGTCATAGAGGATTTATTTATTTTTTGCATTATTTTGAATGTTATCTAGCAAACCCGTTACAGATCTTGGTATGCGAGGGATTGCATATTCTCAGATTTGGCAGTTAAATTTCTCAGTATTCATTTTCTCTATATTCTGCTATAGAGTGCATTAGTTCCTGTTGAATTTTAGCTGTTTTACCACTTTAATTTCAAATCTATTAAAACCCATAGTTTTTTTAAATGGTCTTAACGTGTCATAAGTTATGAACCAAACAAACCAGTTATTAGGACGAATCACAGCAATATTACAAACTTTGAATTATTTGAAGAGCATTTGAAAGTCTGACAAAGTTACAAGACTACTTAACAGCATTAATAAGAAAAAAACAAAACAAAAATATTGTTATATGAAGCACAAATAGCACAAATTAAATTTGGCAGGTAAATATAAATCCATCCATATAAAGTTGTTGGTTGTATCTGTAGAAACAACCTTTATATTTTATTGCAAAATGTGCATATACATATTTTTGGAGTGTAAGGAGATTGCTTTTTGGAAGTGGGCGGAGCTAAAGCCATCTTTTGACTTGCTCTGATTGGTGGAATGTTGTGCACATAAGTATGGGTAATATAGTTTGTTTAGAAATAAGTTGGTTTGAGGTATACCAATGGTCTCAAACTCAATTCCTAGAGGGCCTCAGCTCTGCTTAGTTTATATAGCTTAATATTCTACATAGTAGTCTTGAACACTTTGATTAGGATCAAAAGTGTTTGCTGTTTATCCTTTTTAGAAAATGGAAGAAACTGGGCTTGTAGCTGGTTAAAATGGGTCTATAAAATCACTGGCTGCCCTAAACCAGACATTGGCCAGTCAAAAATGACCATTAACAGATCAGACTGCACTTTAAAAAAATGCTGGGTTCTACACAATTTCTTCATGTTGTCTTAGCACAAATCGATTAAGTTAGTTTCATTGTTTTTATAAATTTTAGTAGATTAGACTTAAAACAATTAAGTATTCCCAGTAGAACGCTATAATTGTGGTGATTCAGCTCAGTTTAAACAAGTGATTTGAGCAAGTAGCAAAAAAATCATTTTTTGAGTGTAGGGTTGTAGCAAATTTTTCAGAGTTGCAGCCCTTAAAGAATCGAGTTTGAGACCTGTGATGTATACAATCGATTAACAACATCGGTCTGTCTTCAAACATTTAGCACTTTTTTTTTATATAAACAAATCTTTTTAGGGTTAGTTAATTATTCTGTAATCCAACTATTGCACTCTATTAAGTGTAATATTTTAAATTATGGCTCTAAATTGGTCCTAAATGAATGTCTTCATATGACCCATTTTTGAAAATGAGACGCATCTAAACTTAATTTTCTGAGATATTCCATCTTGATTTGATTTAGCGACATTTGAGCCTAAAAAATAGAGCATCTGATTATTTCGGTTGTGTTTAAGTGTGTGTCTAAATTTTTCTAACTTCTTCCCCATGTTTTAGCTCATTTACAGTCACAAACTGGTATAGTAGTAATATTGACCTCTTTTTTTTATTTTTATTTTTTAGGCACAGCCTAATTTATACATTTCTCAATCTGGAAATTTCAATGAAACCAAAACACTCTACACCTGTAATTACATGCATTCGAAGAGCTAAACTGCTGAAATGTGTAGATTTATATGATACAATACAGTTTGCTGACCTTGCAAGTGCTGATAATGAGGTGAAGACCAGTGAAATGACTCACTGACCAGCAAGAAATACAGGAAAAGTGATTTAAGGACCTATTCGGTGTCCAATGATCTTGGTAATAGGATCCTTTGAAATTGAAGTTCTGTTTTTGTAATATATGAAGTCCATCACACATTCGTCTTGCTTAATATCATTTGTCTCAGCTGTAGACTTATGTCAGATTCCATGTATATATCAGAAGAAAATGTGTTCACATGCAACTGGTATTTTATTCCATCAAAATTAAATAGCGTGATTATATTGCCAGTTGTCTTGGCAGGAACTGATTTTTTTTTTTTAACCGTTTTGCTGGACTTTTACTATATTGTCGTCTTTATCATACAAAGCATACACTCCATCTCACTTAATTTTAAACATTTTTTACAGTTATTTTTATCTCCTCGGCTTCCAACCAACTGTTAATTTGAAATTGTTTTTAAAACCGATAAATTGTAGACACAGTGATTCACGCGCTGTCACTTGTGTGTATGTGCAAATGACTGTTGGATTACTTTATTTTAGATATACTTTGTGTAAATTCAACAATGAATGTGGGTCGGGCATCAACAAATACTTCAACGAGTAAACATGAGTAAAAAAAGTTCTGTAAATAATCGAGTTGGTGTCGTTTATATAGAATATAAACAGTATACATACGGTTCACAGTTGGCCTTTCTATGGAGTGGACGTGGTGGTTTTGTCTTACGTCTTTTTGTTTGTTGGTTTCTCTGTTCAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCAAACGCAACACTTGCCGCAAAGGGTGTCATTACTAAAAATGTATCCCATAAAATATTACATTAGCATGACTTGAAAGTAGTTTTTTATGTACTTATTTCTTGGTCAACAGTGGAGGGCTATTATTTTCAAACATTTCAGTTTCTGCCTTGCTGTCTTCGTTTTCTTGACATTGTTGAAGTGGTTGGTTGTTTTATGTGTTTTTTTATGCTTAAATGGGCTCATATCAGTGGCATGCCACCTTGCTATTGTTACTATGATTTTTCCCCCTTAAGATACCTTAAGTGGACTATAAAGGCAAAGCCTAAACACAAGAATTAGATTTCTTTAACCATCAAAAAGACCCCAGATTCTCAAAAAACGTCTTCAAATATGTCTTGTAAAACACTTGTCATTCTCCTTCTCACCTTGGTGATATGAAAGTATTTTTTTCACTTCTGTGTAAGTGGTTGACCCTCTACTGGAAATCATTGGAAGTACTTCAACAGAAAATCTTCATAAAGAATATTCTTCATTCCTTATTTGTGTGAGACCTTCAGATTGATGCATCACAACTTGTTACATGTTTATCTCTGGTGATGTTTCTGTGTTGCATGGAAGCTTGATTCAGTATTGGAATAAAAAAAAACATTGAGTCAGTTCTGAAAATAAAATTCTGGGTTTCTGGGAAACACTATTGATGTGCAAATTTGAGACTTTTCCGAAAGCAGTTTAGTTTATTATTATATTTTCATCGTCATTATTTAGTTAACTTATTTTTATGATCCTGCACTTTTTCCCCCTGAGATTAGAGGGGAATTCTAAGGATAAAACCAGAACTACAATAAAGTCCCAACCTATGGGAAATAAAATAGAAACTAAATTGCAGATGCAAGTTAAAAATTCAAAAATTTTTCCCATAGAAATCTCGCTATTAGGATTATTTTTTTGTAATTTGAAGTTTTTCCTCAGAATTCTTTGTCCATTTCTCGCAATTTTGTCTTTTTTTACCCCCTCAGACTTATGAGTTTGCTTTGCAATTTTGACTTTTATGTCAGAATTGCAAGTTTTTTTGTTAAACTGTTCTTAAATTCAGAGTATTAATAAGTTGAGACAATTGCTAGCCTGTAAACTTGCAATTTCAAGATGTAACATTCCAGTTCTGAGGAAGTTCAAATTCCAAAACGTAAACTGCGAGATGTAAATGCAGTATTTTAAGGAAAATAAAGAACAGAAAGGTTTAAGTTCCTTTTCCTCAGAATTCTGCATTTATATCTTGCACTTCTGACTTCTTGAGCTCAGAATTAAGGAGAATTGAGAACTCAATCTAATTGAGAGATACTTTTTTTTATTCCCAGGTGG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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000034189:ENSDART00000047073:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.045 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]