DreINT0119252 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074468 | prdm11
Description
PR domain containing 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061221-1]
Coordinates
chr25:7574283-7578421:-
Coord C1 exon
chr25:7578234-7578421
Coord A exon
chr25:7574817-7578233
Coord C2 exon
chr25:7574283-7574816
Length
3417 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
ACAGCACCATTGTATTACAGGAG
3' ss Score
4.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTATCCACATTACTTCTGATGAGAGTGAACAGAACCTGAGTGCGTTTCAACATGGTGATCAAATCTACTTTCGAGTGTGTCACAGACTGAAGGTGGGCGAGAAACTTGGTGTTTGGTACAGCAGCGAGTACATGAAGCGACTGCAGAGTGTGTCCCGGGACAGCATTGACCACAATCTGGACACAG
Seq A exon
GTGAGACACCCTTTGTTGGTGTTTGAGACAAATACTTTTAATTGATGAAAGATGCTTTGAAAGGTTTTAAACTGAACAGTTCATAAAGTAATAGATTAAGATTTATGCAAGCACATGATATCTTTTATGGGTCAACAAACGATATCATGTCGAATTGGGACAAAATTTATTTCGATAACGATGATAAGCTCTGGACATTTTTACTCGATATTGATCTAGGAGCCAATCACACAGCAGCAATATGCGACAACAACAACCAATCAGCATGAAGTCAAAAGACCATTTCCTATCACACTTTGCTAGCTAACTCGACAAGGTGAAAAAAATAAAGAAAAAATGAGTGGAAGCAGTGACAAACGTAAACTAACCTATTATTCAAAGATGATGAAATTATCGACAAAAAAGGCAGCACGAATTCTGTTATATGGAAGTGGTTTAGCTATCTGAAGTGTCACATGGAGCAAATTAAAACGATCTGTAAAGTATGTCAATGGTTTGTGAAAACCAAGTATGGCAACAAAACCAACCTATTCACTCACCTAAAACAATATCAGCCCCAATAAAACTGAAAGTTTTACAATGTGTCGACAGATGTACTGTATATTTTTATTGTTTTTGTTTTGCACATTTAACTAACCTCATAATGCTAGATTAGTCTTTTTAAATGTATTTTACTATTAATTTAAATGTGTAATCTATTTTAGCTAATAAACAATATTGTAATTTATTGAACCCTCTATTTTTGGTTGCATCAGACATTGTTGGGATAGTAACTTTTAAAGCTGGAAGCATTAACAACTTACATTGAAATTTATCGTTATTGTTCAATATCTAAAAAATGATCAGGTTTGCATTTTTGCCATAACGCTCAGCCCTAATCACAAGGCTAAATCCAGGTATGGCAACTCATGATCTATAATAATAAATCATATTTATAAAAACACAGCAAATGAATACCAAATTTGGCTAACACTTTATAATAGCTACACTCTATGAATCATCTGTTAAGCATTAGCAAATAGTTTATTCATCGTCTGTAAAGTATTAACTCTACATTAATAGACGTTAGTAAGCAGTTAACTGCAGATATAAATGCTCTATTCTTGACTTGTAAGCACATGTATAATGTGCTTAATCATTGTACTTACATAGTTTGTAATTATTATTTTTTCATTTCTTAAGTATTGCATTATTTACAAACTAGTTATTTAAGAATAGTTGGTGTTTTTGAAGATCATTCAGAATGTGTAAGTAAATGATTAAAATTAACATTAATATAACTTATTATTCAGGCATATACTAATAGTTAATTTGTATATTAATAAATGCTTTATTAAGTCAATTTTTCCAGTTTTGTGACCTAATCTGAAGTGAGGTATATTTATGCTTTGTAAATCCCTAATAAATAACAATTAAAGGCTCAGTTATCTTCTAAACAGGGAAAAAAGAAAGTAAACAACTTTATTAATTTCTGTTCATTTGAAGATACACAACTGAAACTTTATCAAGTGAAAAATAAATATTTGCAGTCTTAGCTTAAATAAAATGACTGTGCAGTTTAAACTTTGCTAAATAACATTGAAATGTTGTAACATAAAATATTGTTAAATTATTATATTGTTGTTTAATTTAATTGTATTTATTTATAATTGTATTTTGACACTCCTGTTATTCAGCAATGTTTAAAGTTTACAGTAATTTTATTTTTTTACATAAGATTTCAAACATTTATTGTTTATTTGATACTGAGCCTTTAATTGTCATTTATAAGGGATTTACAAAATATAAATAGTCCTCACTTTAGTCCCCTACTTTGGATTAGGTCAAAAAACTGCCTGAAGTTGAATTAATAAAACATTTATTAACATAAATATTAACCATTACTATACTCCTGAGGTGAGGCAGTGGCGCAGTAGGTTGTGCTGTCCTCGACTTAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCTTGTTCTCTCTGCCTTCGCGTGGCTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGTGAATGTGTGTTTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTAGAAGGGCATACGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCCGGATTAATAATGGGACTAAGCCGACAGGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAACTATTTTCCCGAATAGTAAAATATATAAATGTTGATATGAATAGTTTAATTATTATTTACTAACTCATTCTGAATGATTGTCAAAGCCACCAACTACTCTTAAATACAAATGGTTTGTAAATAGTGAAATACTGAATGTAGTAATGTTAATTAACAAGTAATAAAGTATGATAATATAATTATTAAGCAACTTATAAATGTGCTTATAAGTCAAAAATAGAGCATTTGTAGCTGCAGTTATAAACTGCTCACTAACGTCTAATAATGTAGAGTTAATGCTTAACGAATAATGAGTTAGCTGTTTGATAATTATTAATAAAATGATTGGTAGTGTGTAGTTATTATAAAGTGTTACCAAATTTTGCAAAACTCATTGTGAATTGAAACTATCTTCTAAATAATAAACAGTTCTGCCATTTTAAAATCTCATTTACTAAAAGGTGCATTTTATTTAGCAGTAACGAACTGAATCTCACACAATCTCTATTGCTTTCTTAGTAGACATTAACACAATATTATAAAAAATGAACAGAAAATATATTATATATGACTTTCATCATCATAGTCAAAACACAAAAGCAGACGTTATGTTCAATTGCTGTTTTTATACAGCCCCAAGAAATGCAGAGTTAAGGTTTTAAGCTTTTTTTTAAAGGGATTTAAAATAGAGGTGTCCGAACTAGTGTCCTGCATACTTTAGCTTCAACTTTCTGCAACACACCTGCGTGGAAGTTTCTAGTATACCTAGAAAGAGCTTGATTAGCTGGTTCAGGTGTGTTTAATTGGGGTTGACACTAAAATTTGCTGGACACCGGCCCTCCAGGATTGAGTTTGGACACCCCTGATTTAAAAGAACAATTAAAAAGTATACTACATGTCATCCATAATTATTGTTGACAATATATCAAGATATATTTTAAATTGAACATTCTTGAGCAACCAAAATGTACCCAGAAGACGTTTTCCAGGCCTGCAATGGTTTAACAGGTAAGTGAAGTGGGATTATATATATATTTTTTAATATATGAAAATGCTTACCTGTTCTGCCATCATATCTTTTTTCAAATCTAATGTTATTATCTTTTATCACACTGCTTATTTTTAAAATATAATATAGTGAAAGTATTACATGCATTTCACTTGTTAACACACAGCACCATTGTATTACAG
Seq C2 exon
GAGTAAAATCAGAAGACCAGGAGGAGCCTAAAGGCCCAGTGTTAAGATCCGCAATGCACGGTAGAAGGACCCTAAGCAAGCATGGAAGCGATGAGGCAGAAAACCAGCCCCAGGCCAAGAAAAAGAAGATTGACCTCATTTTCAAAGATGTCCTGGAAGCATCTCTAGAGGCTAATCAAAGTCAGAACAACCCCCTGAACAGCACCTTGTCTTTTCCAAGAGCACGAACAAATGTCTGCCAGGTTTTCTGCCATCCTGACGCAGAGAGTAAAGAGTCCGTCTTCACCTCTGGGTTGGTTTCAATGGATCACCACGAGATTGGCTTTGATGGGAAATGCATTAAAATGGAAAACACGGAAGAGGATGAGGCCTTGACCAGTGAAGGACCATCCACATCTTTCTGCCCAAACTGTGTGAGGCTAAAACGTCGAATCCGTGAGCTGGAGGCCGAACTGCACCGTCTCAGAGGACAGGGGCATGCGGAGGTTAAGCCTGTACCAGCTTCTGAGATGCTTGCTGGTGAGGACCACAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074468:ENSDART00000157076:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.125 A=NA C2=0.570
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]