DreINT0121933 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103699 | ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-72]
Coordinates
chr21:9367881-9373617:-
Coord C1 exon
chr21:9373251-9373617
Coord A exon
chr21:9367979-9373250
Coord C2 exon
chr21:9367881-9367978
Length
5272 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGATG
5' ss Score
5.22
3' ss Seq
TTTGTTTGTTTCTCCTGCAGTTT
3' ss Score
10.2
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAACTCTCCGCTGAGCAGTCTGCAGTACTCTGATGGGATGGGTGCAGTTAGTCTGTCCCCCAGCTCTGAGCCTGAACTCTACAAGAGGATGTCCTACTCAGAGATGTCCCTCAGTAAGAGCTCATCCAGTCGGGTCTCTGTCCCATCTGAACCGCCCTATCCAGGGTTCAGCAGCAGCTCCAACCCCAGGATGAAGAGCCGTTCCCATCATAACCTGGGCCAGCTGCCAGAGTCGCCAGAGCACAGGATGGTGCCATTCAGTAGCCAATCACAGAGCAGCATGGCCCGATCACAAGTGCTCGCGTCATCACATCAGCGTGCAAATTCAGACACGGGATCCATCGCTGTGGCCAGACAACAAGAAAG
Seq A exon
GTGATGCATGCATGTGTGTTTTTAGTAAGCAGTTAGATGTTGCGTCTTGTTTTCTGTTTCTTGTGGCCTGTTGCACAGAACGAGTCAAACAAACTCCAGAGTATGTTTTGGTTTGACAAATCGAAACAAATTCAACCTGGTAAAGTGGTTTCACAATGCTTGATACAAACTTTCTTTGTTGACTCAGTTTACCCAGAGTTTGTTATTGACTTTTGGAGTACATTTACTTCTTTTAGTAGCTCTAATGTGGTTTCTCTTACGTCTTTACTAAGTTCTTGTGCTTATCTGCTGGTTCACAATATACCCGTCTCCTCCTTCTGGTTAAATCTAGTTCATTATGTCTTTACACTTCTGTTTTTCTCTCTAATTATTTATTCATGCTTTTGATTTGCATAACGGGACCTTGATATTTCTTCCAACAAATTCTAACGTTGAAAAGTTAACCTTGAATAGATTAAATGAGCAATATCACACGAGTAGCAGTGTGATATGGCTGTATTAAATTTATTAAATGCCTCAAAAGAGGTGATTGTAAAAACCCCTTAGACCACTATGAGTGGATCTCAGAGAACAGTGTAATAGAAAAAGCAGAGGTAGTTCATGACTACTTTAATTAATAATCTAGGGTTAAAATCATGAATGCAGTATTGTTACTGTAAATCTGTATATTAAATATTTATTCCTTACACTGTTAATGCATGCATTCATTGGATCCCTTAACAAAAAAGTGATGTGCATAGCATTGTCCAGCCTATCCTGTGATTTATCCACATGATGAGAATAAATCATCTAACATGCTTCACACTACTTAATCCTAAAATGTGGTATGCTGATTTAACTGTGCTCTCTTTCACTTTGAGGAGAGCAGTTACAGCATATACATGCGCTTCAGATGATCAAATTCAGCACAGTTCTAATAGCAAAGAGTGTCAAAAACTCTATTTCCAAACTTTGAAGAGTTACTTCATCCAAAACATTGATTGTCACATTTTACCAACTCTACTTGTGTTCTTGAACATTACACGAATTGAACTTCTGTGTTTACTAGAATATATGTGCATTGTAAATCTGTCATCAGTCGAGCGGTCTAATCTAAATCAAAGTCTTGTGAAGAGACAAATACACATTAAATGGAGGGATAGAAATCTCTGGTTTCATAAAAAAAGAATTAAAAGAAACCTTGCAGTTAGAAACAGTATAGGAGGTAAGTAAGTTGGCTCGAGTGCCTTAGTGTCCCACCAGTGCTGATATACAGCCATATCGTACTGCTACAAGTGTAATATTTTATTTATACAACAGTTCGACGGCATAATCAAGTATATAAAAAAGAAAATCAAACAGGGAGAGTCTCAAAAACCCTTTTGTAAGAGGAACTACTTTCTTCCACCATTCCTTCAAATCTGCAGCTGACATCTGAACAGCAGAAACCATTGCTACTTTAAAAATGCCACTTTAAAGCTAGTATATGAATGATTCTTTAGTGTAATGTCTAAAATTAGGACAAAACCTGTATTTTGCTGACATTTTAGGCTTATAAACCTGAACGGCATGAAATGCCATCAGTCTACAGAGATTTCCCAGTATTCCTCTGTATGTGCAAATCAAGATATCACAATAATTAACCCTGAAAAAGCCAAAGGAGAGCAAACACTACCAGTTTCTGCGGTATAAATACAGCACTACAAAATACAAAAGAGTGAGATCGACTCTTGTCCTGGTTGGTGTTGTATATTACAGTACAAAAACCCTGTAATAAACTGGAGGTACATGTTCTGTTATTTCACAGACTTATTACTTCATATATTATTTCTTCTACATTATATTATCTCACACCACAAAAATGTCAATGAGAGTTGAATTTTCAACCTCAAAAGTCGACAGGGCAGAGATCAAGTTCCCATAAAGCAATCCACAACTGTAAATAAACAGAAAACACTTGTGAATCTCACAATATGAAAACTGAATTAACAGATACGTTTTACAGTGTAGCTTTTTTGTAAATGTCTCACTCTCCTGATCCATGCAGTTTATTTTATCTTATCTTTTTGACAGTTTCTTTCATATCTTTCTATCCATCTTACTCTCTAGCTCTGACATGGTTTTGATCATGTTTTAAAACTCTTACAATCTTTTTCACTCCTCCTCATATACAGTTTTTCTGATGTCTCTGAGTCTGTCACACTCTCCTGTTCTGCATTTCTGTTTCTCCGTCGGCTCGGTGCTGGGATGCCTGCAGCCAGAAGCATAAATCAGCTCTCGGGGGAAGACAGACAGTCTGTGCGCATCTGAGAATGATGGTCTTAAACCATGTTTGCACATGTTTGGAGGCATTTAATACTCCTGTGAAGATGGTTGTAGTATTTCAGACTCTGGCCATAATGCATATTCACTAGAGCTTTCAAGTGTCTCATAGTTATGACTTGAACATTTAAAGTTAGAGTTATAAATCTGTAGTTTTCCTCTCTGGTGATATGCTGTGCCCTCCACACATTTTGGCATCATTAGTAAATGTGAGCTAAGAAAAAAATGTCTTGATTGTTTATTCCGCTTAAATATTTTGCTCAATTTTAACCAAAAAAAATAGAAACAAAGACAAAGATGACTGCATTTGTTTTTGGATAAATATTTTTTCAAATTTTGCGATCTTTTCAAATTATTCGTGGTGTTGTTTGTGATGTCAGTTTGTGGTTTTGAGACTTTCTCGCTCCAGGGCCTAACTAACATCTGCAATTCTCCTGCTGTGATTCTTGGAGGTTTTTTTTCTGTCTACTCCAACCATTATTTATGCAAAAGAACGCACATGTGCTCTTTCAGTTAACTGTAAGTGTTATGAATTAGTCTGGAATTTTTTATTGTTGTCCTGATGGTGGAAATTGACAATTTCAGTGAGAATTTCAGTTCTATTTGTATTTAATTTTTTAAACAGGAGCTCAATACAACTATACTTTAACTCTTTATTGGGCAAAATAGAAATAATCATAGGAAAAAAACCATGCAGTGTTACTGGGGCTATTACAAAACTTACTGTAAACATATACTTATGCTATGTCCTGGTTCGTAACTTATTAGACAATTTTTTTTTATGGAGAGAGACTGTAAAGGAATTATTTTTTGGTAAAATTGTTATTACAAGTAAGTCTTAAATTGTTTGTTTATGTTGATTTCTAACCTATTTGTTATAGAAATGTGTACAAAAAAATCCCTAAAAACATATATAAATATTATATATATAATACTTGTTGTGTCGTAAATTCGACGTCTTATCAATTAGAAATTATCAGACCAGAGGTTTTGAATATCAGAAAATAGACTTTATTCTCCATACTAAAGCCGAGAAAGAGCAGAGCAGACCCCAGAGCATTCTGAAGTCTCTCCTGGACACCTTCTAAAGTCTCTCCTGCTCCTTCTAAACTTTCAGTGTGTTTGTTACAATTTTTATACAGGATTATTTGACACACCCCTAAGTCTCTTTTTAACTCTTGACCATTTTTGAATAGGTTTCTAGTCTAAGGGGTCCTGCTATTCTTGGCTCTCAGCCCACTAGCTCATGTCAACAGAGATGTTACAGGTCTATGTCAGCAAAGTATAGATGCAACTTATGCAAAGGAACTAAGTGTTTACATACATTGTCATGATAGGATAATAACTTGATAATGTTACTCATTCTAACTTCTGACACATATAGCTTTATAGAAGTATTTAACATATATGATCAGTGCTTTACATATTCAGTTATTCTACACAATCAGTCACTCAGCCTTCTCCTAGTGTTGCTCCTTTGCAGGCACACTCATCTTACACAGACATATCACTGTATTTTTAACACACGCTGGCATGTTTGCTGCAAACACTACATACATTTTGAGAAGAGAAAATTAACTGCTTTACACTTAGAAAATACTTCATACAGAGAGAATAAAAAATCTTCTTCAGTTGTTGTTTTATTTTTTAAATAAAATATGCTGTGATTGTTGCACTTTTCATAGTGAGGCAACTATTTTTGTTAACATTTTGAGCAAAACATTAAAATGTTAAAGGTGGAGTATGTGAAGTTGGTGAAGTTTGACACCCAGTGGTTGAACTTGGTATTGCATTACAAACAAACTAGCATTAGCATTCCGAACAAACTTCCAAACCAGATTGAGGACCAACTAGAGCGAGTCTGACTATCTTGCCTTAATGCTGATTTAAGTCGTGTTCTAAATAAAAGCAACAGCACATGATAGAAGAAATATTTTCCATATCAAATGGAGTTTATGTTCTAACCAACATCTCGAATTGATATATTAGAAGCGGCATCTATTGCAGCTGAACAACAGGATAAACTGACAATGATCACCGCAGGTACACCTAATGTGCTTTATTCAGTGTTGAATCCTGACAATGTGAGTTTGAATGGCATTTTACATCACATTTATTGCCATATACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTCACCTCAGATCTGAAAAATAAAATAAACCGTTTGAAATTAAACTTTATAACTGTGACTCAAAACCAACACATTTTAGTGATTTAGCATCTACATTTAATAATGTTAAAGAGGTTTAATATGTATTAATTATATTATAAACTATAAAATTATAAATTGGAGTGCAGTAAGTGCAATATTCTGTGCTTCTGAATGGCTGTATTTAAATTTCCGCCATGTTGCATCTGATGCAAACAGCCAAATTACTTATCAGTGCAAATGTCATCACAGAGCATGTTGTTAGGACACGGGGTTACAATGTAACCTGCTCACCTAATGTTTACATTTGTAACATTTATACTATTTGCTAATTAATAACCACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCATCTCAGTTCAGAGTCTGCTACTGTCCACCGGACGTTGCATTTCGATGACAGACACATACTTTGACACATTTGCTGAAATATAATTGGCTAAAGTGACAATGGGCGGGCTAAATGGCCAAAACAAAGACAGCCGTTCCAGCACATAACTCATTTTCAAAGCAGAATATC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Seq C2 exon
TTTGTCGGTGGATGACAGCCCTCGCTGGAGCCCTAAAAGCCTAAAGAAAGAGTCAGACTCTTCATCCTGCGAGGACACGGGACAGGCATATGTCGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103699:ENSDART00000162225:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.822 A=NA C2=0.947
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]