DreINT0121949 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103699 | ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-72]
Coordinates
chr21:9325451-9333358:-
Coord C1 exon
chr21:9333214-9333358
Coord A exon
chr21:9325607-9333213
Coord C2 exon
chr21:9325451-9325606
Length
7607 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
GTCTCCTGTGCTGAAAACAGGAG
3' ss Score
5.01
Exon sequences
Seq C1 exon
TGATGTGAACAGCTCTAGCATTCGCATATCTGCTTCTCCAGCTCTTCCTGAAGGGGATCTCCTGAACCCCAGTCCAGACCCTCTTCCACCACCTTTGCCAAACCCAGTGAACCTCAGTCTGCCTGAACATGAGGACCTCATCCCT
Seq A exon
GTGAGTCTCTTTCAGCTCACTCATCTGCTCTGGACAATTTAGTTTATTTGTTATCAAGTATTCCAGACAGCAGTGGTATACGTTAGGGATAAAGTACATCTAGGAGGTTGTTATAACAGGATAAAGCCAAACACGAAGCAGAGCACTGTTGTATAGGACCAACGGGTTTTATTCTGCAATAACAACCGCCTGGATGTACTTTATACTGATTATTAAGCAGTTCCTTGCAACAAAATATATCAATTCAATACAAAGCATTGTTCTGGGCCTAATATTTTGTTAACTGTTTGATTAAACGCAAAGATGACTAAAACTGTTGAATGGAGCATGTACTAACCTACATACAGTAGGTGAGAGTTCAAAGTGGCTATTAACGCCGCGGCTGGTACCGCCGCCGTTTGAAATAGGTGCCGCTCTGTTTTTAGTGTATGACCGCAGTTTGTGAATGAGCCGCCAGGGGGCGCAAAGGGACGGGATGCGAACGGACAGAAATAGCCCATACAGCTACTGTGCTTGTAAATGATATTAAACAATAAGTCAAAGCATTATAATTCCTTCATTAATCATTTAAAATTTGTTAACACGCTTTATTGTAAACTTTTTAAGTGCAAAGAGGATTCGTTTTGGAAAATAGAATTGAAGAAGTAAAAGACAACTAAAATGAAAGCACAAACATTTAGTACAAATAAGTAGTCTTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAGCAGCCTAAATATAGAAAGATGTTCAGTGTTTGCTATTTTGATAGGACTAAGACAAGACATTTTCATTTATGTTTTATTTCTGTTTTTATTTCCATTTTCGTTGTTGATTATATTTTACTATCTCATTTTATGTCTCAACAATTATAGATAATAATAAACGAATAATGAAAATTAATGAATAATGAAAATAGGCCTAGATATATTATTTATTTAAAGACATTGCCGACATTGAGCTTAAGTTGAATGCAGCTTCATCAAAAGCAGAAAAAAATAAAATAATTTGACCTATTTTAAGCAGATTATAATAAAAATATTTTTGCCGCAGGACATAAATTAAGTCTAGCAGGTTTGTTTTTTTAATACTTTAGTTTCAGTTCAGTTTTTTTTTTTCAAAACGTCAATGTTCTCCTTTAAAGTAGCTATAACTGTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTACTTAATGGCTCAGTATGTTTTGTATTTGAATTTGACGCGTCAGAAAAAAAACCGCTGAATCTCTGCAAATATTTGGTTAACTTATAAAACAAATGTATGGTTTAGTGATGTTAGTAATGCATAGAAAAATGCAAAGCAGAATTATTAAAGTTATTATTTCATTGATCTGAACATAACCATTTATAATATAATTACTAACCCGTCGTCTAAAATATTAAAATAATAAAATAGTCTATTATTTTATTCATGGCTGGAGCTTGATTAAATTGATTAACAAGCCATGTGCTTTTGTTTGTTTGTTCTCGGTACTGGGTATACGCAAAACATTTTCTAAAATGTCAAGCAGTATTTGTCTATAGATCAGCATTTTGCTAATTATAATAGTCCTTTATATTTATATACATGTGTTTTTGCATATTCGTTATTTCACTTGATGCATTCCTTATTTAATGTTTGAATACTGAAATAAAAAGCCATCGTTTAAAAGGTTATTTCACCATCAAAATGTAGCCTGTTATATGTATCATTAACGTTTTATATAAAACTGCTGTGCAGTGTAAATGGGACCTTAATACAGTTTAAAGCGAAGTTGTCTGTAAGGATGATGGGCATGGCATGTCTATTGTTGTGGCTCGCGTTGTGAATATTAGAAAATAACTGTCGGGTGAAGGCTTTATGGTCGTGCGGAATTGTCTGCTGTTGTCATGGCTCAGCAGGCAACACCCTATTCAGCTAGGCTATGTTCGGTGTTTGTATGTACAAATTCGTTTTGGCGAATGCTAGAGCGTAATAGAGATATTTTAAATAACAAGTATAGTTCAGTCCAGAAGTTGCTGTGCATAGAAACATTCATTTTCATAAGGCCCCATTTGCGGTTTGGTTTTAAAACGCATAGGTTTTGCTATGGTTACGCCATCCGTCCTCGGGAGTTTTGGATTTTGTGTAACCATGTTTGTGGAAAACACTTGAGGGTGGAGACATACCCCTTCCCCCGTCTCATAACCAAAAGCTTGTCTTTCAGGTGTTAATGGGCATCGAGACCGAAGTCATGTCGCATTTCCACTGTCGGCCTATAGCTCGCAGCGCGTAACGCAAACCCAGCCCCCAGAACGTCCCCCGACTGTTGGCATCGTGCATCCGTTAATAACTCGGTAGAAAATGTATTTTATAATATCCTCATTTAGACACAGTCAAACATTCAGCCCAAATGCACTGGAGAGACCTGAAACGTGTTCCCAAAAATGCTCTGTTTGCACGATTTGATTATTATCATCATATCCAAATACTTTATAAATAATATTCTAAACCTTCTCTGGTGTTTATTGTTTTTAGAAAATATCTAAAATTTTTTTAAAGAAAATATCTTGTAAAATAAAAGTTTGATTTGGCTTTAACGGTTTTATTTATGTATAGGCCTACCTAAACTGTTATAGCTTGCTTTTGCTTGTTTTATATTGGTTTATTTATTTAATGCGATTTTATTATATCCGATAATGTAATTCTTTAAATTATATTTCAATGTGGCTTAGGCTTATCAAGATATGACACTTGTTTTGAGTCTACAAAAGGTAATTTGTAAAGTGATCAAAATCACTTATAAATTAAAATTGTATTATTCTATGCAACAGCCTTACATTTAAAACGGAAACATAAGGGCGATTATAAGCAAAAAGACCTCAGCGTATAAGTCTAGATGTTTTCTTTTCCTTTTTTATTTATTTGTTTATTTGTTTGGCGCATGTGTGCGATAGGAAAACTAGTGTAATTACGGCAAGCCATCTTTCCCAGACTCGGGGCAAATTCCTTTCACTCCGTCCCGAAGCCCCAGCTGGCCCTCCTGCCATCCACTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGACGGTTCATTCCGCTGTGGCGATCACAGACTAATAAAGGGACTAAACCGAAAAGAAAATGAATGAAGAATGAATGAATAAATTAATAATAATAAAATAAAAATAAGGTAATAATAAACACAAATGCCGCGTAAGCGGCCTTTTTTTAGAGATGGTACATTTGAATTGCCTCTTCCCACTTCCCCCACCTCGAAATTGAAAGTTGCAAAGAGAACTCAATAGCAAAGATCATAGCCCATTAACACATCAACACATAGTCCATTTACACATCAACACAGTGCAAGTTTAGCGGAAGAATGTCAAATCAGAATCACGCAGATGAAGCACACCAGCTACTATGAAACTATTAAAATTGTTTTGTCATAAATTTGCTTATTTGCAGCAGCTTTTTTTCGCGCAACAGAAATGCGACGTTGGGAAGCCGTCAATGAATAAAAACAGGGTCAATAGTGAAATCGGCTTTTCATTGTATCCCTATTACCTATATCAATGCATTGAAGGCCTTTTATGGTGTCATCTCGATAGAATAGCCTAAGTTATAAATAATTTAAAGAACAAAGTTATAAAAACTCACATTACATAAATAAACAATTAAAAATATGTTTAGGTTGTCTATTTAATTGCCCTCGTGATGATGGTGTGCTTTATCATTATGTGCGTTTTACTTATAACTAACCTGATTTAAATGATGGATCTGCGACAGAGAAACTAGGGGTTTTGGGGGACATGCATCACTATATCCTTTTTTTCCCCAAACTGTGCATAGTTCAGCTGCAAGTTACTGTACGTCTTTTTTTGGAAAAGCACCCCATGTCCGCCAGTGCCGCGCGCCTCTTTCTCTGGGCAAAAATGAGTTGATTTTTAAAATAATAAATATATAGATTGATTAAATTTTCAGCAAAAGAGACATTTATTTCATATTTCACTATGCATTTCATCTGATCTTTATAGCTTAATTAAACACATATTGTCAAAACCCACACATAGGCCTATTGTATGAAAATGAAAAGGGCATTTTTTGTTATTATTACACTACTATTTGTTATTTGTTGCCTAGGCTATTTTCACATTTGAGGTGCTTTATTGGCATGACAAGTAACTGTACATTCGTTTTGCCAAAGCAGTGCGCGTCTCACAAACAAGACAGTGCAAAAAGGGCAGTAGTGCAAACAAATATGAAAATAACATATAGGCTAATAAAAAAATGATTAATAAAAATAAAAATAGAATAAAAAATAAAAATATAATAATAAAAATAGATTTTTGATAACATTAAACAGGATAAAGGTAATAATAGTAGCCTATTATCAAAAGTAAGTCCACATAAAGAGTTCCAGTATTTGTGTGTTGGAGACAGGAGCGGGTATTGTTGGGTGAACACACAGCAGCACACACACTCCCCCAGTAAGATGGGTTCTGTTCGACAGGGACTCAAAGTTGTTTTGTATGTGTTGGATTATCGGGTAGAATTTCTCCCGGATCTCGGAGTATTTAGTGCACTCGGGATATGCAGCTCCATCTCAATCAGCTGCTGAGGGCACAGCCGCTTCTCCACCGGCAGCCATGTTTTTTTGTGCGGGCCCGTCTTTACGGCTAGCTGATGTCCGCTGCCCGCTTCTAACATGTTAGAAAATACTGCAAATCAAGCTGTCGGTATCTCCCCGCGGTTGAAATTGTTCGTTATTCCGAAAAAAAGAAGAATAAATATCAGCGCGCAGTAGTTGCTTTCTAGATTATTTAGGCCTATATTCAGCTGTTTTAATCTTGCAATTCTGATAATTAGAGATAATGTCTGTTCAACTTGTCTGTCATTTATTTCTCATTTGCTACTTATTTTATTAATTTGTTGATGTTAATATACATAGTCTTGTATATGCATATCTAAAATCCTTTGGCATTCAAATTTGCTTTGAACTTGAAAGAGAGAAAGAATCG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Seq C2 exon
GAGGTGGAGCTGAAGGTGTCTCTGGTCAAGTCTGATAAAGGAAGTTTAGGCTTCACCCTCACTAAAGGGACTGACGAGAACTGCTACATCCATGACATTATCCAGGACCCTGCTAAAGGAGATGGTCGGCTGCGTCCAGGAGACCGCATGATCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103699:ENSDART00000162225:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.937 A=NA C2=0.365
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PU(60.3=90.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]