DreINT0124802 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036257 | rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-180]
Coordinates
chr2:35836406-35843281:+
Coord C1 exon
chr2:35836406-35836515
Coord A exon
chr2:35836516-35843168
Coord C2 exon
chr2:35843169-35843281
Length
6653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTGAGT
5' ss Score
7.21
3' ss Seq
TCTGCTCTTCTGCTTCACAGGGT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGAAGCGTCCGCGGAGCGCTCTCCCAGACGGAGGAGCATATCAGGGCTAGGCAGCTCAGAGAAGAACATTTCCATCGATGGCCCCAACTCATCTCCCTTCAAAGTGCCT
Seq A exon
GTGAGTTCATTCAGCAAAACACTCATATCAGCATTACACCAGTTCATCATCGCATCTCACTGACCTCAGTCATTTCTCTCAGGCTGCAGTGCCAGCACTCAATGTCCTTCAGCCATTATTTCACTTTTAGGCCCCAGAATGTATTTTTGTTCACTATTAGAGCTTCCTTGGCTGCACCCCAGAGTAAATTGTCCAGTAATTTTTTGAAAGTACATTATTACTTTTAATAGTTCATTTAAGTAAGCTGTCTGAATGAGCTGAATCACAGAATGAATCTGACTCAGCAATGCTACATGACTACTTGATTTAGGAGAGCATTTGATTATTGTCTCAACTCGCTATGAAGCTTAAGCATCAATTCAGTGTGACTTTAAAAAATAAAAAACTGATGTAAAGATTTGTTGCATTGCACTGCTAGGAAAGCATTCTTTTGAAAAAAAAAAAAATCAGGATAATTTATGCTAAAGTTGTCATTCTGCATACCTGTCAACATTGGGATGTGAAAATAAGGGATATGCCCACCATAATAATTGATTCCACCAACAGCCCCCCCCCTCCTGTTTTGAAGATTGTATAGGATGGGCAAGTGTTTTCATTCCTAAACAAAGCAAAAGCATAGAAGACTTGCATTTTAGAGCAAGGTTAGACCCCTGGTGGTTCGTCGGTATGGGTTTTGTATAGGGAGGATCGACTGTTCAGAGAAAGACTGAAAATACAGGAAAATACCTCTACAGGATGATAGCAGGATAGAACAGTAAAATATGGGAGAATCCCAGGAAAAACGGGAGGGTTGACAGGTATGCTATCTGTTCTCACGCTAATGTTGACTTTTTTAAATGATTAATGCTTGACAATGAGCATGTTTACAAGGACACCAATAATCCGTGATTAAAACAATACTCTGATTAAGAGTCTACCCTGTAAACAGGGATTTTTGATCACCTTAATCTGACTACAGTCATAATTGAACTGAACAGAAGTAGAATTAGGACATGTGGATTATGCCCATTTTATTTGCATTATTAAAGTGCAGTACAGACACCTTAATCAAACTATTACCGTCGAGTAGGATGCATTTTTATTACCGTCGAGTACGACGCATTTTCCAACAGGATAGTCTACACACACACGGCTGTTTGACACTATTCTTTGCACCTACCCAGTCAGTGAAGGATCACAGACACCTGCATCTTGAATGCGAAGCCTTTTTTTTCTATACGCCGTGCGATATCAAATTCCATTAAAACAACACTCTTCTAGAAGTTCATACTTGCATCCAATATCTTGTTTGTCACGAGGGGCATGCATCAAATGTTCCTGAATGAAAGTGAAAGTGCCAAACTGCAGTTTAAGTCGACAAATTGAAAAGGAAACACCCAAAATTACACAAAACTCCGAATGAAACGTGGATAGCATGTTGACTTAATGACGTTAATCGAAATGTGCTATAACATGTAAAACGGGATCATGAATGGAACTTTTAAAAAGCAACTTATGTAAACAGCCTAATCATATTATTGTCTTAATTAGATTAAGGCAAATAATTCAATTACTGATGTCCAAATAAACAGTTAATAGAATGCACCATTTAAGGTCATAGATCACATAACTTTAAATGGAGTTGTCTAGTGAAAATGTAGGTCTTTTTTTAAAAGACTTGTCGCCAGCTGAGCAGTATATTGTTGGCACAAAAATTTATTAAACTCTTTCTTTCCATAGAATACTTTATCTCAAAGCCACCTTTTTTCCTGGGATATAAGTCTGGTCAAAAAAAATTTTAATTAAATGTAATCTTCAGTTTTATCATTTTGTTTGCTCATAATGTGTGACCATTTTATAGATTTATTAAATTCAAATGTAACTACAACACATTTTTAAAGCATCAATCCTTTTATTATTCATTTGGTGAAAGAAAATTTTTTTCTATATGCAGTACAAATGTAAAAAAAATGACAGAATAGTTGCAGGAAATATTGTACAAACATTTTACAGTAAAACTTATTTTATTAGGGTTCCTACGGCTATTTTTAATGAACTGTTGTTGAATTTAATCATTTTGAATTCTATGATTTCAGTTAACTGGAGAAGATTTTTAATTGGCAAACGTCAATGCAAAGATGCAAATAGCCATCCTGCAGCAGGTGTTGTGCAATTTAAGTGGCGCGAATTAAGCATTTTGTTTGTTTGAGGGGAAATCCTCCTGCAACACCGGACAACAGCTCATCAAACTGGGCTCGGATCAGTCGGAAGCACTGCTGAAAGCTTCCATCACCCAGGTGTAGTTTCTGGAGGAGTTTATAAACTCACAGAGCTGGGTGCACCTCTGAAAGTATCTAGTGGACTCAGACTCGGCGACGGATGAATTTACGCTGTTTTTCAGCCTTCTTAAAGCACATAAAACACAACTACTATCTCAATAAAATCCATGTTAGCCATTTAGCAACAAAACTAGTCTCCAGGCAGACAGAAACCCTGCCCATGACCTGAATCAGCATCTACCGTGAATTAAATTTGATGTGCAAATGAAGCTCATAAACTTGTGGGTTTTTTGTTTCTTTTAATTCTTTTCATGTAATTGGATCATTTCTGTTCAACATCTTTTTCAAAGTATGTTTTATAATTTTCTCAAAAAGCCTATAGGTTTGGAATGATGAGCAAACTCATTTATTCAATATGTTAGTGTCACAACTCACAACTGTTGGTGTCCACCTCCAATTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAAATATGCTTGTTTCTCGCTACACCGCACTAAGGTAGAAATAGAGCAGAATTCCTGCATGGGATAAATGCCCCACTTTAATTACCCTCTTGAGCCTCTGATTAGTGAAGCATCGTCCTCCTTCATTTATCTCTAGCTACAAATGGCCTTCCTTATTGATATATTCTACCTATTGAGTTTGCAAGTCTATTTTGAGTTTTTGTGCAATGATTTCAATACTGCATTGCCTTAACAACCTCTAAAAACATCTCTGATACAAATATTTTAACAAAAGCACATTCTGGATACAGTCTCTGCCTCAGAGATGCCTTAGAAATTGTTTGATGATATTTTTAACCAGGCAGGAAGTAGGACAAGGCAGATATTTATATCCTCAGCATTTCTGTGTGTGTCATTTTTTATATTCGCAATTTTGTTTGTTTCCATGTCACACAATTCCTAGAGAAATAAAATGATTTGGGTGCACTCACATAAAAGGATGGTGGATGTCTTTATTAATGTAAAGTCTTATTACAGCTCCTTTTCTGTAAGTAATATGAAAGCAATGATTGACAGGTACACTGAAATGAATTGGCTCTATTGAGGAAGCATATAATTAATATATAAAATATGCGAGCACTGCATTGAAGCCTGTCAGTATATAGTATAGGCTGAATTTGAAGATGCATTAGCAGTCGACCAACGATTCCCAGAGGAATGGACACTGTTATGTAGTTCTAGCTTCATATTAATGTCTATTATTTCCATGTCAAGTTGATTGTTCTGCTGATTAGGTTTCTATATACTTCTCAAAGTGAACATTTGACAGGCATTTCAAAGGATTTCTCTGATAACCTTTCTTTTGCCTAGTTTGTCTGACTTTATCCAGTGACTCCTACACTTCGTTGTCTCACCAACAGCGCTTCTCTTTCTCTACCATATTTCACCCTCTCTCTAATTCACTTTTCCATCATAAAGCTTTCTCAAATCATCCCTCTGATGAGGAATGAGTAATTTATCACATACTTCTGTCTCAACTCTTGTCTGCTAATGGCCCTTTTGCCAGCCAAACAGTCTCCTACTTCTAGGCTGGCACTTATCTGGACAAGTGAAATCTTACTTCCATTTCCCAATTTTTTCAGGCTGTCAGTGTCATTTTAACATATTATTTTAATGTATAGCAGATTAGCAGCTCTACTAATACATTTGTGATCACTGCTCTTGGTTTTTTTTCCTTGTTTTGCAATTTACAATAACTGGTAATAATAATGATGCATAGCATTTTTTATGCGTGGGCATGCAAAAGAGAAAAAAACAACAGCGTACTTATTTTCTATATTAATTAAGCCTTAAATCTAAAGTCTTTGCAGTAAATGTTACACCCTCACTGTTTTTGCAATGAATACACATGTTAACATTTTTAAAGTTACATTTACTTGAGATGCAAAGTCAATATGTTAAATCATGTTATCTGAGAAGCCGAAGAAAACCGAGTTTATGCTTAGAAAAGGAAGAGATTTCTGTCAGTGCAATATGAAAATCACTTTTTCATTAGAATTAATTAGATTTTTTTCCGAGCCTTCTGGAAGGTATGAACAAATGTGTTCTTATTTTATTCATAAACTTGCTTTATTTTGATCAGTTTCACGGAAAATAAAACTCCTTATGTAATTTGCATCCCAAGTGTATCAGGATTTAACAATCTGGAAAACAAGATAAAAAATAACCTCTTTTTTTATGTTTTTGTGTTGAGGAGTAGAGTTATTTATGCCTTTTATTAGTTAAAGAAATAGAGATCATTATAAGGTTGTATTTTTAAACTTTCTCATAGACTCAATAATGCAAAGTTCGGACTGCATGATTTTCACACAGTGTGAACTATCAAAGACGCAATATGAGCGAATCGCCATTGATTCGCCAATACCCATGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGACCTGTCGACAATTCCAAATCCTGGCGTGTAAAATGTGTTCTGATTGAAAATAACATTTGCAATTACCTACAGTCAATGAGAGTGCAGCATCCAGTATCATGGGTATCTGCAGGCCAGCGGGTGTTTGTGGAGAATTTGAAAGTGCTTCTTTTTGGTATATTTGGAAAAACGACTGGAAATTTGGCAGGAGCACCCATGTCTGTTTGTCCGGTGTCACCTGAGCAATAGATACCACAAAGAAAAAAGTTGAAGAGAAATAAATTTCATTCAAAACACATGTCAGCAAAATAAGTACATTTTCTACCCCACT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Seq C2 exon
GGTTTTTTAAGTAAACGACTGAAAGGATCCATCAAAAGGACGAAGAGCCAGACTAAGCTGGACCGCAACACAAGTTTCAGACTCCCATCGCTGCGACCAACAGAAAATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036257:ENSDART00000113489:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.804 A=NA C2=0.678
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(14.3=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]