GgaINT0038828 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004323 | RASAL2
Description
NA
Coordinates
chr8:6787857-6799092:-
Coord C1 exon
chr8:6798986-6799092
Coord A exon
chr8:6787967-6798985
Coord C2 exon
chr8:6787857-6787966
Length
11019 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGT
5' ss Score
11.78
3' ss Seq
TGTATGACTTCTCATTCCAGGGC
3' ss Score
8.38
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGTCCCGGCAGAGAGATCTCCTCGCAGACGGAGCATCTCTGGGACCAGCACATCTGAGAAAACCAACTCCATGGATGCTGCAAATACCTCTCCTTTCAAAGTATCG
Seq A exon
GTAAGTGTGCCCTTCCAGCCAAGGGGGAATTGTGCTCACTGAATGGGAGGAGATTCGGCTATGAACAGCGTATAACTAGGATCTGAATAATGAGTAATTAGTTGTTATTTTCAGTAGAGTGTTGGTGTATCTTGTGAAATACCGTGCGTTATCAGTGAGATTTCTGGTACATCTCTAGTTTGCTGCCTTTCGTTGGATTGATCTAACGTTGGAAATACAGAACACCCATCTCAGTGTGGGCAGCGAGCTATATAAATACCTGTGTAGCTGCTGCCAGGGGTTGCATTCCATATTTGACTAGGCAGAAAGTTCCTTTAGGTAGGTCATAGTGTGTTGTTTTACCCTCAAGTCAATGTGCTATGTAGAAGACCAAAACGGCTTTATAGTTTACTTGGGAGCAGGTGAAATCTCTGCAGGTGTCTTAATTGCTCTTTATCTCTTCTGCTTTTGTTGCGAGTTCAGTTGGCTGAGAGTCTGCATGAGTTGTTTTCAGCTGGTGTGGATGTTCTTGCCAGTGTCAGCCTGTGGTCAGTTCAGCCAACAACACAAAAGCTTGTTTATTATCAGACCGAGGGCAAAAGCCTTGAGTTAAAATGAGAGGCTCAGTAAGCCTTCAGCAATGGGTTCTCATGATTTAAACATCTAACTTGAACATTAGGTACGTTTTTATTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTGCAAGAAATCTGTCTCTTTTAAAACCCGTGGAAATAAGGTACCTAGAGAACTCTGCTTTTGCTTTTATTCCCTATGGACCTGGGTACTATTTCTGTGCCTCAGTGTATACATTCTTGCCTTGTTTTAGATAACATCCACGTTAAGCACATTTGTTAGCCTGCCTCGGATATAAATGCGGAGTTTTGATTAACTTGTACGTTGTATCAGCTTTAAGAATGAAAATGGGAATTAACAAACATCAGCCAAGAGTTGGATGAGGGCTATTTTAATGATAAAAGGGTTAAGTCTGATCAGAGTGTATAGAATATAAGTCAGGATTGATTGGAATTAAGAAATAGAGCAAAGGGCTGTTTCACAGCTCTTCTTGACTTCTGGCAATGGGTGGTGAATGTGCTGGATGTCCATGCTTGGTTCCTTTTTAGAGTCGTTGAATAATATCGATTGGAAGGGACTTCTGGAACTCTCTGACCCAACCCCCTCCCCACAGCTAGACTAACTTACATCAGGTTGCTGATGGTGTTCTCCAGGCAGGTTTGGAAAGCCCCTAAGGATGAAGGTTGGATGCCTTGCTGGGCAGCCTGCTCCAACGTTTGGTTTCCTATTGTGAAGGGTGTTTCTTTTGTAGAGGCTTTCTTGTTGGGTTGTAATTGGAATTTCCAATATCTACTGAAAGACTAAGCATCACATTTTAATCTAGCGAGAAAAATAACTGAATTAACAGATGAAACAGAACATATTGCTTAGCCTGGAGGAGAGAAAGTTTGGGGGGAGGAGGGTATTCACAATGTGTACAGGTATCTGATGGCAGGGGGTAAAGGAAATGGACCCAGGCTCTTTGGAGGAGGGGCGATGAGTACAATGTGAAATACAAGGAATTCCACTTAATTGTAAGAAAAATCTTTTTTTACTGTGAGGGGGATCAGACACTGTAACAGGTTGTCCAGTGAGGTTCTGAAGTCTCCTTCCTCAAAGTTGTATTCAAAACCTAACTGGACACACAGTGCTATTGCTCGAGTTGAGCTCTGAGATGGGGGGTTGGACTAGACAGTCTGCAGGGGTGCCTTCCCACTTCAGCTGTTCTGAGATGCTAAGAACGATCCATCACTTCAGTGATCTCATTTCTGGGCAGTGCTTCTCGAGGCAGAAAGGGCCTCCATGTGGTTACATGCGAAGCTATCACAAGAACAGTCTGTTATGTCAGGTTCTGAGAATGTTATTCTGAACCCATGGTCTGTACAGCTCCAGGAGGACTTCTGAACTTGGAGAGAAAGCCTGGCTGTTCTCTTCTTTGTTTATGAGAAATTCTGTAGTCTTTGTCTTCATGTATAAGTCATTGCCTTGGCCTGTAGGTGTACCCATGTGCTGTGGTTGGAGTCTTCACTCAACTGCAAGCTGCGTAACCAGAGTGTTTGGTTACTATCTGTATTGTTTCTCTCTCTCTTTTTTCTTTGTTCCCATTTTTTGCTTATTTTTTGACATTAATCCCATCTTTGAGAAATGTTTCTTAGTTCCTGCTTCCTTTCAAAATAAGAGCTTTGCAGAACGATCCTCATTTCCCCATCAGTTTATTGTGCTATTTAGGACTGTGGCAAAGGGGTGAGGTAGTGGCACATGGCTGCGTTTCTTGGGCATAAACCAGGAGACATCTAGGAGCTTTGTGTGCCACGTGTAGCTGCTTTGTCTGTCTGGCCACCTGTATACCCAGAAGCATGATGCCACCCTCCTGTCCTTCTCACAGGGACAAAGCTTCTGACTTTGTAGGTTTTGTTCTGAACAGTCCATTTATGTGTTGTTACTCCTTGGCAGGTTGTGGTGCAGGTGGGGGCTGAGATCACCCTCTTTTAGAACATGCCAACTCCGGATCTGCTTAAAAGAGCAAGCTGCAATTAGAAGTCAGGTTGCTTGAGAATACAGATGAGCTCAAATCAAAACTACAGAAATAATATACCCATTAACCCTGTGGAATGGTGCAAATCTATTGAGTGGATGACAGGACAGGAGAGGAGGACTCGTGTTGCTTTGGTTGCTGCCTTCCAAACTCCCCAGCTCTCAGAAGCAGGGAGGGCATTTGAACGCCACATGGAAGACTCAGATCAGTGGTCTGGGAAGAGCTTCGAGTGAAGGATGGAAGTGGGACCTTTAATGGCTTCAAAAGGGTTTGTGCAAGGTGTCATCTGTGTTTGGAAGGGGTTTGTCATGTGCAAAAAGGAAATGAATAACACCAGAAGCTGCTGTTTTGTTTCTCCAATTGCTGACACCTGCTCCATGGGCTGGAGGGCTGCAAGCAGCTGCAGGGTAGTGCTGTTTCAATTCTGTCTGCAGACCTGACTCTGTGCCATACCTCTTCTCCTCCCTGCTTCAGCTTCCTCACGGAAAGCAGCTTAAGGCAGGGGACAGCTTAACCTTCATCCACACTGATGAAGAATTATGCTGAGACTTCCATAATAAGTTGCTTTTACAGCTTTTTAAGTTTGCATATCAGTAAAGCTATTTAAAAACTATCTTCTCAGTCGGGCAGTGGCTTCCAGCATGCTCTGTGCCATTTTTTCCCTTCAAATGCCAGGCTGTGATGCTCCCTCAGAACGAGGCATCTGTTTTTTTAATACTGCTAATTGGCATTTGTTTGGCATCTGGAATTTGGATTCATAACAGCGTAATGGCCTTTAAGCAAACGTTTCCTTGACGAGACATTTTTTTAATGCCTTCAGTAGCAGTGGTCAACGAAGGATTTATTTCAAGGAGCTGACGTGTAAAGCTCAGGAAATCTGCCTTCCGACCTCTTCCATGTGCACTGGAGGAAAAGAGAGAGATTTACACTTGGTGCCCTCCCTCAGGACCAACCACTCATGGATCAACATAAGAATGTGCCTTTTCTGGTTCCGTTCCACCTAGTTATGCACAGTGAGCCCTGCTGATACTATGCAATGTATGCAGAGATGGGGACTCCCATTGCTTGTCCTTCCTCTTTCTTCCCTACTTCCCCAACCATCATCCCCTGCAGTGACATCGGTCTCTATCTGGGTTCAGTTGTGCTAAGTGCCATTTTGCACTGTGTCTGTGCGGAGTACCAATAGAGGAGGGAATTGCCATGAAAGGCAGGAAAATGGTGAGGGTAAGTGTGTATGAGTGCTCTCTCACATTCAGACAGCTGTGTGCTGTTTATAGAGATTCATATATAGGAAAAGTCATATTTTTAATAATGGATATTACTTGATTGAGCAAATAGGAAGACAGACGGAACTGGCTCAAAGTAGGCACCATGACGCATAGGTGGGCGAGAAACCAGCTTTTCCCTTCCCACGCACGCTATGTCCTGGCAGTGTCTCAGTCTCAGTGCATCCCGTTCCCTACTGTTGCACTGCCGGGCTGCGTTCTCGCATTGCTCTGCCATTGGGCTGGAGCTGGGGATGGTTTCAGAGCTCCTGGCATGGCAGGGTGGAGGGCTGTCGGTGAACCGCTCTTCGGGCTCACGGCACGCTCTCCAGTTTGGCTTTTTTGGATGGAGTTGTTAGTGAATTGTTGCTACAAACAGTATATCATTTATGGTTATTAGTAAAAAAAAGAGACAAAAAGACACAGGCTTCGCAGTAAATAAAATGATTCTTATAGGAATCCGACGTGAATATGATGGGAAGACTGATCCTTACTGCTTGCCTTCCTTGGTTTGCTTTCAGTCGAGAATATAATTGGATCTATAGGAATACAGCCTCTTTGCTCTTTAAGAGTACTGCTAAATGGAACAGAAGACAATGCAGCCAGCCTAAGTGAAGGTCAAAGCCTGATGAGATCTCACGGCTGCCCAGCCTCATCTTTTATGCAGTCAGCAAGATTGTTGCTTCTCCCAGGCGCTGCTCCGCTGCCGTCATGCTGCCAGGTGGAGACGAGCGATCTTCCCCGGCCGTGTGACTCGATGGCCTACGAGTGCATCTTTTTAATTCTGCGACAGCGCCAATGCAGAGATGGGGCTGTTGATTTACATTAATGTGAGGCATCGCAGCATCCTTCATGAAAAAGCTGCTCAGAGCTGTCCTCCCTGTTGTAAGATTAACATTTCTCCTTCCTCCGCTCGCTCTGTCTTTCGTCACAATAACACGTTTGTTTAAAGCTGCTTTAATCTTCTGCCTGATATGATGAGGTTTGTTGGTCGTTACACCACAGGTCTGTGTCTTCAGGGGAAAGAAAGAAAGTTTGTCCATCTCCAGGATGCTTGCCAGGTTCTCATCTGTGCCTTTATTCTGGGATAAAGGCCCTGCAGAGGCTCTGCAGCCTTCACAACGTCTTTCTGCCAAAGCAGATTTGTTCATAACAT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Seq C2 exon
GGCTTCTTCAGTAAACGTCTGAAAGGGTCCATCAAGAGGACAAAGAGTCAGTCAAAGCTGGACAGGAACACAAGTTTCCGCCTCCCATCCCTCCGCAATGCTGATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004323:ENSGALT00000006891:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.778 A=NA C2=0.676
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(15.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]