HsaINT0137705 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000075391 | RASAL2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:9874]
Coordinates
chr1:178359235-178389755:+
Coord C1 exon
chr1:178359235-178359341
Coord A exon
chr1:178359342-178389645
Coord C2 exon
chr1:178389646-178389755
Length
30304 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
CCTTCTGCCTTTCCTTCTAGGGA
3' ss Score
12.81
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTGTTTATCTTCTTTATAAGAATATTTTACTTTTCCTTTTCTCCTTTCTTCTTAGAGTTAGGGGCAGCTACTAAGGAATCCAAACATTCTTCTCTTCAAGAATTTCTTTATAATTCTGTGATTAAAGGATAGACTCATCAACTTGTGTAAATTAACTGTGGTTAATTGTCAACTACTTTCTTTTTTTGAGACTGAGTCTCACTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATAACACTCACTGCAACCTCCCCCTCCCGAGTTTAGGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGAATTACAGGCGCATACCATCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGTTTTACCACATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAACCTCAAGTGATCCCCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTAAGCCACCATGCCCAGCCGTCCACTACTTTCAGTATAATATTTATTAGGTTTTAGGGAATATTATTTTTACTCACAGGGTACTTAACAAAATATGTAACTACATTAAGTTCAAATTCCTCTCAACTGTAGAGTTCAAATCCTTGCAGACATCTTTTTATCAAGTTGCTAGCAAAAACCTATCACAATTCTGTAAAGAATCTGGTGGCAGGTTTTTTTTTTAGGAACGGGATGTGGTTTTTTTTATTTTTCAGAGCTGGAACATAAGCAGAGAGTGACGAGACTCAGAAAGTTGCAGACTAAATTCACAGAGAATTAGACAATTGTGAATTCTAATCCTAAGACTTGGTCTGCACTTTGCTTAAGCTATCTTTTGGATGACCATGGAAGTGCTTAAGAAAAACCTTGAAAGAAACTAACTCCTTAAATTGACCAGGCAGTATTGAGAATCAGCATTAAATACAAAAGAGGCTGGGCCTAGTGGTTCACACCTGTAATCCTAGCATTTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTAATTAGACCTTAAGGATATTATTGTGTTCCAGGATGGTCTATAGTGCAGAAATTGACATTGATAATAATGATCCTGAATCATCAAGAAAAAGTGAGATTATATTTATTTCACTATTTTTTTAAAAAGTGGAACTATGTTTGTGACATGCATCCATTGAGAACATTTAAAATGTTGAAGATATGTGATGTTTATAAAACTTGTTATCCAGAAAAGTGGTTTGTGAAGTACCTCATTCCTTGGTCATGCTAGATAAATAATTTATTTTTTCAAGAGAAATCAAAATATGCTGGCTAAATGAGTACTTGGATATCTGTAGAAATTCATTGTATTTTCTTAAATTTTCATGTAATACCAATAGTAGTGTGATTTACATCACTTAAATATATTGCTGATTAGAAGAATGTCTAATTTTCAGGTCAACACACAATACATTTATAATTAATATCACAGTGGACTCTTTGAATTTGGGAAAGCAGTACAAAAAGGAGTCAGACTTTGAGATATTTAACTTAGAGTTGTTTATGCAATATCTGAATTTAGGATAGCAGTACAAAAAGGAGTCAGACTTTGAGATATTTAACTTAGAGTTGTTTATACAATATCTCAGATCGTTTCTATGTTAACTTTGTGGAGAGACAGAACCAATATTTTACCACAAGTACCAGTGGTTCCAGGATTCAGATGTCATTGCTATGGTGAGCAGTAGGTTTACCACTCATCAATTGGACCCCAAAATTATAGTAGTGGACTCTCACAAAGGACCTTATTCTTCCGAGCTCCATTTTCAGACTAACTGAGAGCAGATAAAATAGATTTTAACAAGTCCTAAATGAAATTATTTACAATGACACACTTATTGAATGCTTACTTTGGGCAAAGTATTGGTGATTCATCAATTGATACCTTCTTGGCATACTGTGCGTGGTATAAAAAAGTTTTCCATTCTGAGACCCTATATATAGCCTAGTAGCAAGAGATAGAAAAATGACCAGATTCATAAAGAGATAAGTGAGCATGGTAACACAAGTTATTAACAACACAATGTGTAAGTTAAGGCTTTGACAAGGAGCAGCATTTGAGCAGAGTTTCAAAGTCTGAAAGAAAATAATTGACAGGGGAAGAAAGTACTCCAGGCTGTGGGAATGGCATTTTGGAAAGACACACAGTCATGGGATGACTGATGCTTCCAGGGATTATAGAAAGAACTGAGTGAGACAGGAATTGAAAAGTATGTGGGCAAAAATCGCAGGTGAGAAGGCCGGAAAGGTAGGTGGGGGCAAGACTGTGATTGAGTTTGTTCATCAAACTTAACTAAATTATACTTGCTGCTGAAGCATTAAAGATGTGTTTATTAGAATATTTGTCTTTGACTCTAAAACTGAACAAAGTGGCATGAATACTGTGAAATATGGGTAAATTACTTGACTCTTCTCCTAAGTGAGTCTTTTTTCCTCTTGCTGTCACTATTCCAACTCAGGGTGATAGGTAAGGGGCTATCATTCAATAGAAGGCCAGCCCAGCACTCACCCCTGGCCTTTCAGCTGATACTACTGATTTTTCTAGAATAATATTTAGCCTTAAGGAGATCAAGGAGAAGCCAGTGGGTAAGGATCACTCATATCCTGCTGGTTGATGCCAAGTTAGGCAGAAAGAAGAATAACTGTAACAGTGAGCTCAAAGCAGGGAACCCTAAAAAACCTTTGTATGCCTTCCTCATTCACAAAAATTTATACTTTTAAAAACTTAAAATAGGCAACTGGTACAGCAGGGTATTCATGTATAATAACATTCAAAATGTGGGAAGAAGAGGAAATTTATATGGCTACTGAACCTGTAGGTTAAGGCAATGTCTTGGTTTTCAGCAATATTTAAATGTATTTGTACTCTTATCTAATCATAGCCATAAGAAAAAGTAGTGGTCCCCAACCTTTCTGGCACCAGGGACCAGTTTTGTGGAAGACAATTTTTCCACGGACCAGGGTTGGGTTGTGGGGGATGGTTTGGGGATGATTGAAGTGCATTACATTTATTGTGCACTTTATTTCTGTTATTATTAGGTTGTAATATATAATGAAATAATTATGCAACTCACCATAATGTAGAATCACTGGGAACCCTGAGTTTGTTTTTCTGCAACTAGACGGTCCCATCTGGGGGTGATGGTAGACAGTGACAGATCCTCACGCAGTAGATTCTCATCAGGAACACACAACCTAGATCCCTCGCATGCGCAGTTCACAATAGGGTATGTGCTCCTATGAGAATCTAATGCCACCGCTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGCTGCAAGTCGATGGGGAGCAGCTGTAAACACAGATGATGTTTTACTCGCTCACCTGCTGCTCACCTCCTGCTGTGCCGCCCAGTTCCTAACAGGCCACAGACCAGTACTGGTCCATGGCCCTGGGGTTGAGGACCCCTGATCTATAGGAGAGTTTCTTCCTTCTTTCGCTCTCATTCCATATTTCTTCACACATACCGTAATTCCAATTGCAATTATTTGTTTGTAGGTTCTGTCCCTCATTAGACAACAGATAATCTGTTCCGATCATCTTTATAACAACCCCAGTGCCTAACACAGTACCTCCCACAGAGCAAACATTCAACAAATAATTGTTGAATAGATAAAATATGCATGAATTATCAAAGACCAGAATCGAACGAGTTTATCTCACACATATTCTCTTGGTATTACTGATAATGTCCCTAGTCAAATGGAATATTAAATATGTAATTACATTTAATAAACATTTAATAAGAGATCATGTGGGATAAGAGCAGAATGGATGGATTTTTTTCCTTAAAGAGAGATTTTAATTAATATTTGAAATTCAGAACTATGGTGTTTTAGTTATATAGTGTATACTTTGTCTACTTATGTTGGTAACTGAAACTAGATAGAATTCTTTATTATTTAATGATTTGTTTCTGTGGCTATTTCTTGGAACCTTTTAGGTGTTATACATATGTATAAATTCACAATGTTTTTGCACATCTGAGTTTTGACTGTTCTTCAAAAACAACTTTAGTCATTTGACATTTTCTCCTCTTTTAAAGATCATTTTTCATTTTTTCTTTAACATCGTGCTAGACTTTCATTTAAATGAAATTACTGGGATGATGAGGAACAATTGAATAAATAATGAAAAGTTATCCAGGTACATACTTAAGTTTAATTCAGAAAGAGAAAATGATTATGTCTTGTAATTGTGTATATTTGTTTCACAGTGCCTGATATTTTGGAACAGGCTTTTTTCTTTATACTCTATTTATAAAGTGACTATTGATATTTATGATTTGTTTAATCACTTCTACTTACATGATACCATCAATTTGGCTTCGGTCAAGAGGGAACTGCTTGTGTTCTGGGCCAGGTGCTAGGCTTAGTGTTCTGATTTTCATAACACAATGGTCTAACTTGGCCTTTCATGTAAGTATAACACAATACAGTTGCAGCTGCTTCATTTGTGTTTGCTTTGAGCTTGGCTCTGAAAGAATTCAGGCACCAAAAATTATGCCAAGACATCCAGAAAGCATAATTGAACTAAGGCAGTAGCTGAATATTCCTATGTAACTCTCCCTGTGCTCTTGTCACTGTGACACCTAAGCATTCCCAATCAAATAAATACACTAGAAAGAAAACATTGTCAAAAAAACAAATCTTTACATAGTTTTTAGAAGAATCTAAAGCCCTGGGAAATAAGATATAGGCTAAGTTAAAGTCCTGTGTAAAAAGAAATGTGTCTTAAGTATCGAGATTATCAGACTCAGTTGCTATTGGTTTCTGTTTTGAATCCTCTATAAGATCCTATGTAAGTGTTTTTCCAAGTTAAACAAAGAGATAGAAAGCTTCACGTCCACTATTTAATAAAGACTAGTAAGTGTCCATTGTCCAAACTAGGGGTTTTCAACTCTGGCCATACATGAAAATCACCTAAGGAACTTCAAAAAATATACTGATGCTTAGACTCCACCTCAGACCAGTTAAATCAAA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TGCTTTTTAGAAATCTACCAGTAAAATTAGAAGTTTTTCTTCCATAACTAATATAAACATTAATAAATAATAAATTAGGTGCTACTAGAAAGTTTAGTTATCCCAATTCTCACAGAAGAAAATTTTCTCATCACATTGCCAGGTGGTTTCAAGTGACTATTATTTACAAAATTAAAAAGCTTAAAAGCTAGTTTCTATTTCTGGTCTTTATTGTAAAAGTCTAAATACCTTTTGCAGAGATAGTGTGGACGAGTAACATTCCCTTTTGGTTCTCTCTCCCATCACCTTCTGCCTTTCCTTCTAG
Seq C2 exon
GGATTCTTCAGCAAGCGCCTGAAAGGCTCCATCAAGAGGACCAAAAGCCAGTCAAAGCTTGACAGAAACACGAGCTTTCGGCTTCCATCCCTTCGCAGTACAGATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000075391-RASAL2:NM_004841:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.889 A=NA C2=0.676
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(15.0=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(15.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)