RnoINT0124503 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004917 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307566]
Coordinates
chr13:74829110-74861166:-
Coord C1 exon
chr13:74861060-74861166
Coord A exon
chr13:74829220-74861059
Coord C2 exon
chr13:74829110-74829219
Length
31840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
GCTCTGCCTTTTCATTCTAGGGC
3' ss Score
10.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTTCTTCAGCAAGCGCCTGAAAGGTTCCATCAAGAGGACCAAAAGCCAGTCGAAGCTTGACAGAAACACAAGCTTTCGACTTCCATCCCTCCGCAATGCAGACGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004917:ENSRNOT00000033324:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.742 A=NA C2=0.568
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(15.2=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(30.5=97.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]