Special

MmuINT0132043 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
RAS protein activator like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443881]
Coordinates
chr1:159122878-159160276:-
Coord C1 exon
chr1:159160170-159160276
Coord A exon
chr1:159122988-159160169
Coord C2 exon
chr1:159122878-159122987
Length
37182 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
ACTCTGCCTTTTCATTCTAGGGA
3' ss Score
10.71
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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CTATATCAAATTACAAACTCCTTTATGGCAGAATTTGCATTTATTTTCTCTTTATTTTTCTTAAAACTTTTAAATAAGAAATAAACAAAGTAAATTTTATTAAATAAATATTGCAGTAAAGTAGTGTGGTGAAATAAATGCCAATAAAAGGTAAAATTCAAAGGCTAGAAAAATAAACATCTACTAGGATACTTTTTAGTCAACTGCATAACTATATTTTTATTAGAAGTATATTAGTATTTAGTGAAGTCCTAGGCCTGAATCTCATCCAGCCCTAACAGTCCATCTAGAATTATGTCATTAAGTCTTGCTTGCTGAATACATTTCTGAGCCCATGAAGAATGCTTCTCAACACGTGGGTCACAACCCCAAAGGGTATCAGATATCCTGCATACCCAATATTTACATTACAATTCATAACATTAGGAAACAAATGAAGAAGCAATGAAATGATTTTATGATTGGGGGTCACCATAACATGACAGGGCTGCAGCATAGGCAGGTTGAGACCCACTAATGAGGGAAAAGTGCTGATGAGATGTAGTTAATAAAGCACATATCTTGAGGATTTATGGCAACTGTATCGCAATACTGGTACTGTGCAACAGATCAGGCAAATGACTGTTTAAAGAATTTTTAGGGACTGGAGAAATGGCTAAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTGCCAGAGGTGCTGAGTTAAATTCCCAGCAATTACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATCTAATGCATTCTTCTAGTGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGCACTCATATAAATAAAAAATAAATAAATCTTTTTAAAAAAAGAATTTTTAAAGATACATTTTTTCTCTTTTCTCAAATCTCTTAACTACTTATATTAAGAAGCTGGAATTTAAAATGTAGATAATTGCACCTCTATGGTATTTTTCTGAGTTTACTACATTCTTTCATCTTCTTTTTAAATTTTGTGCACTTAGTTATTTCTTGCACTGAGATTGATCCCTGGACTTCACACTTTCTAAACTTCTGAGCTACACTCTGAGTCTTACCCACACTTACCTTTCCAGGTAGCAAGAATAACCAAGTATAACATATGCATGTTTCTTCAGTCATTAAATAACTTTTTTCATCTTTCTCTCTTGAGTGGCTACAGCCCTAATGTGATTGATTGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACACACACACACACATTGAGAATGCTGGCCTGTGTTGGGCAAGGACAACAGGGAGGGGAATGATTGAGAACATGGTATATAACGTATGCATAATAAGACCAGAATGAATCTCATTGTTTCGTAGGTCTTGTAAATAGTGACCATCTTCATTCATTCTTGAATTTATGGAGCATTTTTTATTGTATGTTCATTATTTGCAAGGTGTTGAGGAGCTCTCTGTAGTTTGGTGCAGTGTCAGGAGGTCACCAAAGAAGACAGAGTACTTTTTTCGTTAACTTTTGAGTACTTTAATCATTGCATACATGACCTGTATTTCATGTAAAATAGTTTATCTGCATTTGAATGAATTTTATAAATAACAATATTCAAAGAGGTATGACTAAATTTTAATAACACTTTGGAGACTAAAAGTAGAGTCCTTGTGCTACTTAGTTAGCTCCCCATGCTCCTCCTGCAGTCTCTTCAGTTTCTGTAGTTCACCAGGTACAGTCCCATTTCAGGGACTTCGCACATGTTGTTTGTCTGTCTAACCATTTTTCTTAGTTTAGAAATCATGAGGTGTCATTTCTGTTGCTATTCAAATTGTTGATAATATTTTCTTAGAAAATTATATTTGTCTGTTTCATTGCTGTTTTAAAAGTCTATTTGTAAACTTATTTTTTTCCCCCTGCCACAACTATTATAAAAACTAAGATTGGTGCTATCAACAAGTTTAATTATCTCAGTTATTTTTTCACTAGAAAAAACTCTTTTACTACATTACCAAGAAATTTCAAACAACTAACATTTATAAAATGAAAAAGAAAAAGAAAAAGGAAAGCCAGATTCTGGCCCAGTCCTTCCTTCTCAGTCTCCACTCCTTTTGCAAGTTCATTGCAGAAGGCAATGCTCCCACGTAGTTCTCTCTCCCACCACTCTGCCTTTTCATTCTAG
Seq C2 exon
GGATTCTTCAGCAAGCGCCTGAAAGGTTCCATCAAGAGGACCAAAAGCCAGTCGAAGCTTGACAGAAACACAAGCTTTCGGCTTCCATCCCTTCGCAATGCAGATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000070565-Rasal2:NM_177644:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.858 A=NA C2=0.633
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0016924=PH=FE(15.2=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(15.6=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types