DreINT0125493 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044179 | rbms2a
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030912-2]
Coordinates
chr11:1890433-1900600:+
Coord C1 exon
chr11:1890433-1890590
Coord A exon
chr11:1890591-1900541
Coord C2 exon
chr11:1900542-1900600
Length
9951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCGTAAGT
5' ss Score
10.11
3' ss Seq
GAGTTTTTTGTGTTTTGTAGGTA
3' ss Score
9.75
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCAAGCCTATGTGTCCTCCAGCCAGCAGATGGCGCTGTCCAGTCCCAACAGTAGCAGCAGCAGTATTGCAGGAGAACAGCTCAGCAAAACCAACCTGTACATCCGCGGCCTTCATCCTGGCACCACTGACCAGGACTTGGTGAAGCTCTGCCAGCC
Seq A exon
GTAAGTCTCAGGATAATAATGTTCCTTTAATTTGCGATACGTCAGATTCGCTTCATTTGCAGTCAAATTTAATTCATTTGCACATCAAATTCACTTAATTTGCGCATCAAATTTTCTTTATTCGTGTGTCAAATTTGCTTCATTCATGCGTCAAATTCACTTCATTCGCATGTCAAATTTACTTCATTTGTGCGTCAAATTCGCTTAATTTGCGCATCAAATTTGTTTAATTTATTCGTCAAATTCACTTTATTTGCACGTCAAATTCGATTCATTTGGACATCAAATTTGATTCATTCGCCATTCAAATTCGATTCTTTTGCGCATCATATTTGCTTCATTCGTGCGTCAAATTTGCTTCATTAGCACATCAAATTAGATTTGTTCCCACGTCAAATTAACTTCATTAGCACGTCAAGAAATTGCTTCATTTGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCATGCATTAAATTTGCTTTATTTGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCGTGCGTCACATTCGCTTCATTCGTGCATTAAATTCGCTTTATTTGTACGTCAAATTCGCTTCATACGTCTAATTCACTTCATTCATGCATTAAATTTGCTTCATTTGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCGTGCGTCAAATTCGCTTCATTTGTACGTCAAATTCGCTTTATTCGTCAAATTAGCTTCATTCATGCATTAAATTCGCTTTATTTGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCGTACGTCAAATTCACTTCATTCATGCATTAAATTCGCTTCATTTGTACGTCAAATTCGCTTCGTACGTCAAATTCACTTCATGCATTAAATTCGCTTCATTTGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCATGCGTCAAATTCGCTTCATTTGTACGTCAAATTTGCTTCATGCGTCAAATTGGCTTCATTCATGCATTAAATTAGCTTCATTTGTACGTCAAATTCGCTTCATTCGTGCATCAAATTCGCTTCATTCGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCGTGCGTCAAATTCGCTTCATTCATGCATCAAATTTGCTTCATTTGTGTCAAATTCGCTTCATTCGTGCATTAAATCCGCTTCGTTTGTGCGTCAAATTTGCTTCATTTGTGCATCAAATTCTCGTCATTTGTGCTTTAAAGTCTCATTAGTAAACCCTAGTTAGTGCACTAAAATCAACCGATTTATTTCAGATTCTATGTTAATATTAGTTTTAAAAAATACTACATTTTATCAGTTATTTTCTCCATTTAATAACACGATTAAAGCTTGTCAATCAGATTGTAACTACGATTTTAATGAGCTAAAACATCATTATACACATTTATAATAGCAACAATCATGTTTATGATGGATATATGACAAGTTCAGATGTCTTTGAAATGTGAAGTTTTCATGACAAAGACAAACGCAGGTAGGGAAGTATTTGTTTATGTCAAGTTGTCATAACAAACAAGATCATCTTTGCACTTAAAATGACATAACAGACTGAATGACACTTAATAACACTTGTCATAAGCATGCATAAACTCTCAAATGTGTCACATCCTGATTATAAAGGTTTCATGACAGTCTTATGAACACCTCTTCAAGTAAAGTGTTTCAGAATCATCAGCAGACCCATTGCTTTGAGCATTTGATCTGTAAAGTTGACCGGACACAAGCACACATAAGCGCAGTGAGTCTGTCTGCTTGATAATGTGTGTACAGTCTGCAGATCTCTTCATCATGGTGTGTTTTGTTGCGCAAACGACAGTCGGCTCCGAGGTTTGAACTGGAGCCAGTTGCGGTTGAAAAGAGGAAACATGAGGGTGAATTCAGGAGACATTAATCAAACAGGAGCGGCAGAAAGGAAATGCTTCAGTTTCTTGACCTCGGATGACTTGTGATGAAGAAATGAGAGAATTTATTTCGGTCTGTGATTAAAATTAAATTCAGTGTGCGAGTGTTTATACTGTCTGAATTATTAGCCACCCTGTATGTTTTTCCTCCAATTTCTGTTAAACAGAGCAGATTTCTTCAGCACATTTATAAACATAATAGTTAAAATAACTGATTTATTTTCTCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTAGACTAGATATTCTTCAAGACACTAGTATTCAGCTTAAAGTAGGGTATTATTTTAAACAGTATGTTCTGAACATCTGATTTCACCTCAGTGATTATGTCCTTTAAATATATAAAGGATGATTATTTTAATGTTGATGAGGGACAATTTCAAAGAAAATATCTTAAAATTAAAAAGGAAACATAAATTTGACAACAGAAGATCCTATTATTGTCAAAGCAAATGCCCTTAAATAATGCAGCTTGTAGTTTACAGCATCAAGTGTTCATTGAGATTGTGTTGTCTGTCATGTTTAGTTTGTCTTTTCGGGGGCTTTTTCATGTAAGGCACGGCTTTCGAAAACGATGACATGAAACTCATTAAGGTTAATGAAACTTGTAAAGGTTATTTAGGGTAAAGTTAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGCTTAAGGGGGTTAAATATTGACCCTAAAATGCCTTTAAAACAATTAAAAACTGCTTTTATTCCAGCCAAAATAAAACAAACAAGACTTTCTCCAGAAGATGAATGTTAAACATCATCTGGGAAATAATTAAATAAGAATGATTGACCTAATATTTTTATATATTTAATGAAAGTTTAGTAGCAGTAATTTAGCTCTACATCATTGTTATTGTAACATTAATGTACTGAAGACAATCTGCTTGTTAAGTGTGACGTCACGCGAAGCGGCTTTCTGGTCCAAGCGCTCTATTCAACTGAATGGGGAGACTCTTGAAATGGCAATAATAAACGTTTACAAAGCGATTTAAGGCTTTCGAAAATCACCATCGCAGTATATATGTCCATGCCTAATATCCGATGACCAGAAAGTGATTATTTTTTTATAAATTGTTAAATTTTTGGTATTTGTGATGCAGCAAGCCCAGAGATTGTTGTGTACACTATGATTCTATATAAAATTAACTTTAATGTGTGATAGGAATAAAACATGATCATAAACGAATGATTTCTCCACTCAAATAAGTGGCGGCTTGGACCCAGAAACAGTATTACATACGTCACCAACACGTCACCACTTAACAAGCGGATACTGTACTTAACTGTACTGTACTATAACAATAGTTTGTCAGTAAAATCTTGTCAGTCTTATTTGATCACATAAAAGACTCACAACTGCCCAAAATCCTTTAAACCAATAGATTTCATTCATTTCTGGGTTTTTAAAAATCCCATTTAGTATAAAATGCAATAGGATCTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCAGCTTAACCCCTTTATTAATCAGGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAATACGACGGGACTTTATTTCAGATGTTATAATATAATTGACTTAATTGACTCTTGTTCTATTGAATTATTGGAAAATTAAGCACAACTGAATGGTGATGCGTTTTAACAGTTATCTAAAAGATCCATATTTGTTATTATATATTGATCTTTATTTTATTTATTTTTTTCATTTATTTAATTTCAAAGGGAATGTTCACCCAAAAATGAAAATTTTCCTATTAATTGACCATGCAGAGAGTGGACAGTAAAAATGTCTATTATAAACTTTGAACATCAGCGAACGTCTATTTATTTAGCTAAAAATCTTCTTAAAGGGATGGTTCACCCAAAAAAATCAACGTTTCCTTTCAATTTACACCCCCACAGGTCATCCAAGATGTGTTTTCTTCTTTCAGTAGAATATTAAGGATGATTTTTGAGTTGAATCTGTGGTCCTTGGTGATTTATAAAATAAATGCAGGCTCATTGTAGATACATACCCGTATATACATTTCTGGAGAGCGCGAATTATGTACCCAGAGGTGCATTTCTGGCTGCAATATTACCAGCTTGCCCAGTGACTTGCTGAGTACGCTGATGGACTTGGGATGTGGAGTAGGGTTGACCGGGAAAACAAGGTTCAAGTCCAAGGTTCAATAACAGTTCCAGAAAGCAGGTAAAAATATAATAAATAAATAAATTATTTAATAAACAACAGGCTGAAAACATGATGAAATTAGGGGGTCGCGATGACTTTTCTTTTTCTATATTGCTTTTGAAAACACTATTGGTTGGGTTTAGGGAAGGCGGTGTGGGTGGGTCAGTCGACAGCAAGCTGGCCTTGTCGGCTAAAGTGTATATTGCGCCCTCTGGTGAATTTATGCAAGAAGAGGACGCGCAAGGGAATTCATGATCATCAAAAAGCGTGTACAGCACCCTCTGGTGGATTTGCAGAAACAAAAACTGCAAGCAGACGTACCCCCGGTTACGTATTTCACTGTCCCCAGAAATGTAGACTTGAGTACACTTCAGCCAACAGGGCCAGCTTGTTGTCGACTGACTGACCCACGACCCCGTCTCTGAACCCAACCGATAGTGTTTTCAAAAGCAATCTGGAAAAAGAAAAGCTGTCGCAGCTGCGTGATTTCACCATGCTTTCAGCCTGTTGTTAATTTATTTATTGTTCACTTTTGTTTTACCTGGTTTCTGGAACCGTTCTTCGATGCACTTGAAACCTGTCATTGCAGTCAACTCCGCTCCGTCTTTCAAGTTCATCGGTGTACGCGGCGAGCTATTGGGCAAACTGATTACACTGGAAAAGCTGTCCACATGGAGGTAAGCGGTCGGTTGTAGCAAGTAAAGGAACAGAAGCCGTCGGAGGCATCATATCACCCCGTAGGGATTTTTTTACAGACAAAATGCAGCCAGACGTACCTCTGGGTACATATTTCGCGCTCTCTATAAATGTAGACAGGGGTACGTATTTACAATGAGCCTGTGTTGTTTTAATGCATTTATTTTAAATCTACTCCTTCACTGCTGATAAAAGACTCACCACAAGTTCAGTTAAACATCTTCTTTAATGATCTATTGAAGACAAAAGGACATCT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Seq C2 exon
GTATGGAAAGATCGTGTCCACCAAGGCCATTCTGGATAAAACTACCAACAAATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044179:ENSDART00000065470:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.453 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PU(29.4=37.7)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(29.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]